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寫在前面：

之前mac不小心升級了一下java，然后igv就不能用了，要寫教程必須降級java首先，看官方說明，需要安裝Java -8，9以上版本不支持。我的mac不知道什么時(shí)候更新到了java 10，按說可以向下兼容，但是事與愿違，igv不能正常使用了。

需要降級Java，mac用戶可以直接參考，windows可以試下直接下載安裝IGV：先刪除原來的javaterminal打開終端，復(fù)制粘貼一下三條命令：sudo rm -fr /Library/Internet\ Plug-Ins/JavaAppletPlugin.plugin

sudo rm -fr /Library/PreferencesPanes/JavaControlPanel.prefPane

sudo rm -fr ~/Library/Application\ Support/Java??：不要通過/usr/bin 刪除 Java 工具來卸載 Java。此目錄是系統(tǒng)軟件的一部分，下次對操作系統(tǒng)執(zhí)行更新時(shí)，Apple 會重置所有更改。

finder中進(jìn)入 /Library/Java/JavaVirtualMachines，然后刪除之前的jdk.版本號

【W(wǎng)indows用戶下載，解壓后，點(diǎn)擊igv.bat文件即可啟動；如果啟動失敗，用記事本打開并編輯igv.bat文件，在文件的最后新起一行輸入pause，保存后，再嘗試打開，就可以在Windows下的命令行界面(cmd命令提示符)看到錯誤信息，再根據(jù)信息提示去解決問題；不過一般問題不大】

IGV安裝

正文開始：

好啦，問題解決啦，開始正式IGV介紹！

什么是IGV

它是一款本地的探索基因組數(shù)據(jù)的可視化瀏覽器，有多個(gè)系統(tǒng)版本，支持多種不同類型的輸入格式，包括芯片測序、二代測序、基因組注釋文件等。推薦使用BAM與SAM格式，主要格式見下表數(shù)據(jù)來源文件格式序列比對SAM/BAM

顯示覆蓋率TDF

拷貝數(shù)SNP、CN

基因表達(dá)GCT、RES

基因注釋GFF3/GTF、BED

突變數(shù)據(jù)MUT

追蹤參考基因組覆蓋度、測序深度(UCSC)WIG、BW

一睹IGV

每次打開會自動加載hg19.fa文件，也就是人類基因組，一會進(jìn)入主界面

主界面

自己構(gòu)建基因組信息

這里我會舉一個(gè)昆蟲中一種——棉鈴蟲，這個(gè)基因組是17年2月更新在NCBI傷的，屬于小眾物種，IGV并沒有收錄。正好拿來練手，當(dāng)然如果你研究的領(lǐng)域也有基因組被測出來，也可以試一試【注意：在提交基因組文件到IGV之前，要先構(gòu)建索引】

這些工作都可以在本地進(jìn)行，只需要打開你本地的git_bash或者putty/xshell或者terminal，解壓縮基因組文件=》下載samtools(推薦用conda管理)=>構(gòu)建索引samtools faidx genome.fasta=>IGV中 輸入fasta文件路徑=》提供注釋文件(可以是組裝基因組預(yù)測的基因注釋文件，也可以是拼接轉(zhuǎn)錄組用的gtf文件)=〉其他選項(xiàng)可以忽略=》點(diǎn)擊OK推彈出一個(gè)框讓你輸入存儲路徑

自定義基因組

查看注釋文件這里以人類基因組注釋文件為例，下載gtf到電腦

下載完不要急著導(dǎo)入，需要先構(gòu)建索引

導(dǎo)入注釋文件

然后會生成gff3.idx或者gtf.idx文件，說明構(gòu)建了索引，接著導(dǎo)入File -> Load from file，選擇sorted的注釋文件

查找基因

查看bam文件

我這里準(zhǔn)備的bam文件大小是2.8G，是由人類轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)得到的，準(zhǔn)備的參考基因組是hg19，注釋文件是gencode.v28lift37.annotation.sorted.gff3bam文件在導(dǎo)入前，要先使用samtools進(jìn)行sort和index，samtools sort test.bam test.sort``samtools index test.sort.bam,生成一個(gè)后綴為“.fai”的文件，它根據(jù)文件名自動和.bam關(guān)聯(lián)， 另外這兩個(gè)文件要在一個(gè)文件夾下，最后將bam導(dǎo)入IGV中

載入bam后，默認(rèn)會出現(xiàn)兩個(gè)track(翻譯的話，可以理解為不同的軌道，顯示不同的信息)Coverage track和Alignment track。

載入bam后

另外基因組信息也可以有collapsed、expanded、squished三種展示形式

基因組信息查看Coverage track

它的意思是顯示比對文件的覆蓋率和測序深度。橫坐標(biāo)是基因組上的位置，縱坐標(biāo)是該位置的測序深度。【鼠標(biāo)放在每一個(gè)位點(diǎn)都會顯示一個(gè)小方框，其中的的內(nèi)容就是顯示總共有多少reads在這個(gè)位置，每個(gè)堿基各是什么】

點(diǎn)右上角+放大reads可視化窗口后，track會以灰色的條形圖來顯示每個(gè)位點(diǎn)的測序深度。如果某一個(gè)核苷酸與參考序列相比，有超過20%的reads是不同的，條形圖會顯示不同的顏色

Coverage track

顯示特定位點(diǎn)變異

關(guān)于上圖中的右鍵菜單，解釋如下功能含義Rename Track更改track名

Change Track Color更改背景色，比如把Coverage Track灰色變紫色

Change Track Height改變每一個(gè)track的高度

Change Font Size改變IGV最左側(cè)字體大小

Set Data Range覆蓋深度的范圍設(shè)置

Log scale用對數(shù)尺度作圖

AutoScale是否自動縮放比較多個(gè)基因

比較多個(gè)基因

這里看到有許多顏色,這些顏色是根據(jù)定義不同比對類型而不同，

不同比對類型顏色也不同查找結(jié)構(gòu)變異

灰色：與參看基因組可以比對的reads

紫色I(xiàn)：插入(鼠標(biāo)查看插入的堿基信息)

黑色橫線：——缺失

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的打开 igv java_必备可视化Integrative Genomic Viewer(IGV)的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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