R语言 forestplot 包画森林图
生活随笔
收集整理的這篇文章主要介紹了
R语言 forestplot 包画森林图
小編覺得挺不錯(cuò)的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個(gè)參考.
這是一段使用forestplot包畫森林圖的一段程序,已測能跑,需者自取~
tips1: 首先需要安裝和加載forestplot包,如果通過常規(guī)途徑無法加載,請檢查一下自己是否有裝Rtools
install.packages("forestplot")#安裝forestplot包 library(forestplot)#加載forestplot包tips2: 用于畫森林的數(shù)據(jù)列(lower,or,upper)需要是數(shù)字形式,當(dāng)無法跑出圖片時(shí),可以檢查一下是不是這三列里面摻進(jìn)了文本(筆者的血淚教訓(xùn))
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tips3: 以下代碼只是forestplot的一小部分,但應(yīng)該夠用了(之后學(xué)習(xí)了會再加的)
senlin <- read.csv("D:\\analysis learn\\forest2.csv",header=T,sep=",")#導(dǎo)入數(shù)據(jù) labeltext <- as.matrix(senlin[,1])#將數(shù)據(jù)框的第一列轉(zhuǎn)換成矩陣 attach(senlin)#綁定數(shù)據(jù)框 library(forestplot) windowsFonts(myFont1 = windowsFont("Times New Roman"))#調(diào)用Times New Roman字體 forestplot(labeltext,#圖形文本部分mean=HR,#圖形HR/OR部分lower=LowerCI,#95%CI下限upper=UpperCI,#95%CI上限is.summary=c(T,F,F,T,F,F,T,F,F,T,F,F,T,F,F,T,F,F,F,F),#指定突出顯示和非突出顯示align=c("l"),#文字對齊方式,l,r,c,分別表示左對齊、右對齊、居中對齊graph.pos=2,#表示圖形元素在第二列(也可設(shè)置為left 或 right)hral_lines = T,clip=c(0,1.4),zero=1,#設(shè)置無效線的橫坐標(biāo)lwd.zero=1,#設(shè)置無效線的線條寬度lty.zero="solid",#這個(gè)好像是設(shè)置線條類型,但是我不知道虛線用什么表示title="森林圖",xlab="Risk ratio(95%CI)",#設(shè)置x軸的標(biāo)簽lwd.xaxis=1,#設(shè)置x軸的寬度xticks=c(0,0.2,0.4,0.6,0.8,1.0,1.2,1.4),#設(shè)置x軸的刻度lty.ci=1,#設(shè)置置信區(qū)間的線條類型lwd.ci=1,#設(shè)置置信區(qū)間的線條寬度ci.vertices=T,#兩端是否有豎線ci.vertices.height=0.2,#兩端豎線的高度boxsize=0.2,#設(shè)置箱體的大小col=fpColors(box = "red",#箱體的顏色為黑色lines = "orange",#置信區(qū)間端點(diǎn)線條的顏色summary = "yellow",#文字的顏色zero = "green",#無效線的顏色text = "purple",#文本的顏色axes = "black",#x軸的顏色hrz_lines = "black"))#設(shè)置線條的顏色總結(jié)
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