1. branch-site模型的多個(gè)前景枝設(shè)定

有兩種檢測(cè)方式：

多次分別檢測(cè)，每次檢測(cè)一個(gè)前景枝，并且去除其他目標(biāo)前景枝；
一次檢測(cè)多個(gè)前景枝，將所有感興趣的枝都標(biāo)記為前景枝。這兩種檢測(cè)方式意味著不同的生物學(xué)假設(shè)，如果是對(duì)某一個(gè)基因做正選擇分析，那么第一種是假設(shè)這個(gè)基因在目標(biāo)枝都受到正選擇，但受選擇的位點(diǎn)不一定是同一個(gè)；而第二種檢測(cè)方式則是假設(shè)目標(biāo)枝在同一個(gè)位點(diǎn)受到了正選擇。

https://groups.google.com/g/pamlsoftware/c/CO6a-eu__q0/m/oVR_WPgtFQAJ
https://groups.google.com/g/pamlsoftware/c/aVj2opOg7PA/m/Wx_5fzRfBAAJ

2. 祖先節(jié)點(diǎn)vs整個(gè)clade的所有葉節(jié)點(diǎn)標(biāo)記為前景枝

前景枝只標(biāo)在祖先節(jié)點(diǎn)：(((rabbit, rat) #1, human), goat_cow, marsupial);
這表示適應(yīng)性進(jìn)化發(fā)生在祖先，之后該基因/位點(diǎn)受到純化選擇，從而在該祖先節(jié)點(diǎn)下的所有物種都是保守的；
前景枝標(biāo)在一個(gè)clade下的所有葉節(jié)點(diǎn)：(((rabbit #1, rat #1), human), goat_cow, marsupial);
前提假說將是該基因在所有分支上處于相同的選擇壓力下，并且一直處于不斷變化或多樣化的壓力之下，參與防御或免疫相關(guān)的基因可能是這種情況。

https://groups.google.com/g/pamlsoftware/c/QC8nlkid5As/m/9UMu69RsGeMJ
https://groups.google.com/g/pamlsoftware/c/NHwsHBfd8_A/m/G32P5JQjDAAJ

3. 是否要做FDR校正

https://groups.google.com/g/pamlsoftware/c/vty5QrRCUCk/m/unAIoRXbCwAJ

4. 樹對(duì)正選擇的影響

https://groups.google.com/g/pamlsoftware/c/4xB2-yUX4mo/m/zkD85AVXc3cJ

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的正选择分析-PAML discussion group的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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