指纹图谱相似度评价软件_基于指纹图谱和网络药理学对当归四逆汤中桂枝的Qmarker预测分析...
摘? 要:目的? 基于指紋圖譜和網絡藥理學分析預測當歸四逆湯(DSD)中桂枝的質量標志物(Q-marker)。方法?建立桂枝水煎液和DSD的指紋圖譜,利用中藥色譜指紋圖譜相似度評價系統軟件(2012年版)進行分析;采用網絡藥理學篩選和分析桂枝相關成分的作用靶點和通路,構建“成分-靶點-通路”網絡,預測DSD中桂枝潛在的Q-marker。結果?建立了15批桂枝水煎液和15批DSD的指紋圖譜,相似度均>0.96,并指認出7個共有成分,分別為原兒茶酸、香豆素、肉桂酸、桂皮醛、桂皮醇、2-甲氧基肉桂酸和2-甲氧基桂皮醛;通過網絡藥理學篩選出桂枝的5個活性成分、7個核心靶點和15條關鍵通路;基于Q-marker“五原則”分析預測2-甲氧基桂皮醛、桂皮醛、肉桂酸為其潛在的Q-marker。結論?通過指紋圖譜和網絡藥理學分析預測DSD中桂枝的Q-marker,為全面控制DSD的質量提供依據,為進一步研究DSD的作用機制提供參考,同時為經典名方中復方及單味藥的Q-marker的關聯性研究提供示范。
當歸四逆湯(DSD)是張仲景《傷寒論》中的經典名方之一。《傷寒論》第351條言:“手足厥寒,脈細欲絕者,當歸四逆湯主之。”DSD由當歸、桂枝、白芍、細辛、甘草、木通、大棗7味藥組成,具有溫運血行、散寒通脈等功效,主治血虛寒厥證[1-2]。現代臨床在內科、外科、婦科等疾病上都有廣泛的應用,主要用于治療痛經、糖尿病周圍神經病變、腫瘤、腎病、慢性肺源性心臟病、胃炎和蕁麻疹等疾病[3-10]。方中桂枝辛溫,溫經散寒以通脈,與當歸共為君藥;白芍、細辛共為臣藥,助桂枝溫通血脈。桂枝來源于樟科植物肉桂Cinnamomum cassiaPresl. 的干燥嫩枝,味辛、甘,性溫,具有發汗解肌、溫通經脈、助陽化氣、平沖降氣之功效,主要用于風寒感冒、脘腹冷痛、血寒經閉、關節痹痛、痰飲、水腫、心悸、奔豚等癥[11]。研究表明,桂枝在臨床上一般用于治療腫瘤、類風濕關節炎、痛經、糖尿病周圍神經病變、心血管、痙攣等疾病[12-14]。
中藥質量標志物(Q-marker)是劉昌孝院士[15-16]于2016年針對中藥生物屬性、制造過程及配伍理論等特點提出的新概念,是中藥質量評價與控制的核心概念。Q-marker具有有效性、特有性、傳遞與溯源性、可測性和處方配伍“五原則”的特點,能夠反映中藥的安全性和有效性,有利于建立中藥全程質量控制及質量溯源體系。中藥指紋圖譜是一種綜合的、可量化的鑒定手段,具有整體性和模糊性的特點,能夠反映中藥及其制劑內在質量的穩定性和均一性,是控制水煎液、復方制劑等失去中藥外表特征的中藥制劑的有效手段[17-18]。中藥和復方制劑成分復雜,具有多成分、多靶點及多通路的特點,使其作用機制研究困難。網絡藥理學具有系統性與整體性的特點,運用網絡藥理學對中藥進行系統分析,有助于反映及闡釋中藥的活性成分與靶點之間的作用關系[19-22]。本研究通過建立桂枝水煎液和DSD的指紋圖譜,采用指紋圖譜和網絡藥理學相結合的方法分析預測DSD中桂枝的Q-marker,為全面控制DSD的質量提供依據,為進一步研究DSD的作用機制提供參考,同時為經典名方中復方與單味藥的Q-marker的關聯性研究提供示范。
1? 儀器與試藥
1.1? 儀器
Waterse 2695型高效液相色譜儀,包括四元泵、柱溫箱、自動進樣器、PDA檢測器和Empower工作站(美國Waters公司);MS-105D型1/10萬電子分析天平(瑞士梅特勒-托利多公司);TD5001C型電子天平(天津天馬衡基儀器有限公司);KQ-500B型超聲波清洗器(昆山市超聲儀器有限公司);H1650-W型臺式高速離心機(湖南湘儀實驗室儀器開發有限公司)。
1.2? 試藥
桂皮醛(批號SSELDLI,質量分數>98%)購自東京化成工業株式會社;肉桂酸(批號AA0807DA14,質量分數≥98%)、桂皮醇(批號Y04N7C23850,質量分數≥98%)、香豆素(批號Y29M9C57109,質量分數≥98%)、原兒茶酸(批號H21J9Z64031,質量分數≥98%)、2-甲氧基肉桂酸(批號RA0424FA14,質量分數≥98%)、2-甲氧基桂皮醛(批號S28D9G78359,質量分數≥98%)均購自上海源葉生物科技有限公司。乙腈(色譜純,德國Merck公司);純凈水(杭州娃哈哈集團有限公司);其他試劑均為分析純。
DSD由當歸、桂枝、白芍、細辛、甘草、木通和大棗7味藥組成,均購自于道地產區或主產區。每味藥共收集不少于3個產地,總批次不少于15批。本實驗前期已按照《中國藥典》2015年版項下各味藥的檢測方法和檢測要求對藥材進行檢測,選出優質產地的藥材,并按照《中國藥典》2015年版項下炮制方法將藥材炮制成飲片。當歸(甘肅岷縣,批號TA180074001);桂枝(廣西東興,批號TA180185001~TA180199001);白芍(安徽亳州,批號TA180099001);細辛(遼寧新賓,批號TA180145001);甘草(甘肅隴西,批號GC17111412);木通(河南洛陽,批號MT2019030505);大棗(山西聞喜,批號DZ1807162)。經南京中醫藥大學藥學院陳建偉教授鑒定分別為傘形科植物當歸Angelica sinensis(Oliv.) Diels. 的干燥根、樟科植物肉桂Cinnamomum cassiaPresl. 的干燥嫩枝、毛莨科植物芍藥Paeonia lactifloraPall. 的干燥根、馬兜鈴科植物北細辛Asarum heterotropoidesFr. Schmidt var. mandshuricum (Maxim.)Kitag. 的干燥根和根莖、豆科植物甘草Glycyrrhiza uralensisFisch. 的干燥根和根莖、木通科植物木通三葉木通Akebia trifoliata (Thunb.) Koidz. 的干燥藤莖和鼠李科植物棗Ziziphus jujuba Mill. 的干燥成熟果實。本實驗共研究桂枝和DSD各15個批次。
2? 方法與結果
2.1? 色譜條件
色譜柱:Merck Purospher Star LP RP-18 endcapped(250 mm×4.6 mm,5 μm);流動相:乙腈(A)-0.05%磷酸水溶液(B);梯度洗脫:0~8 min,5%~10% A;8~15 min,10%~13% A;15~24 min,13%~15% A;24~28 min,15%~17% A;28~32 min,17%~20% A;32~40 min,20%~30% A;40~47 min,30%~45% A;47~60 min,45%~70% A;60~75 min,70%~95% A;體積流量1.0mL/min;檢測波長270nm;柱溫30 ℃;進樣量10μL。
2.2? 對照品溶液的制備
分別取桂皮醛、肉桂酸、香豆素、原兒茶酸、桂皮醇、2-甲氧基桂皮醛、2-甲氧基肉桂酸對照品適量,精密稱定,加甲醇溶解并稀釋,得到質量濃度分別為0.300、2.525、2.250、0.613、0.325、1.473、0.316 μg/mL的混合對照品溶液。
2.3? 樣品的制備
DSD出自于東漢?張仲景《傷寒論》,原方組成:“當歸三兩,桂枝三兩(去皮),芍藥三兩,細辛三兩,甘草二兩(炙),通草二兩,大棗二十五枚(擘)”。用法用量:“上七味,以水八升,煮取三升,去滓,溫服一升,日三服”。經文獻資料考證,按一兩等于3 g,大棗二十五枚為8枚(約62.5 g),一升等于200 mL,稱取處方藥味置陶瓷鍋中,加水1 600 mL,加蓋,武火煮沸并保持微沸煎至600 mL,以80目篩網濾過,絞渣,即得。按照煎煮方法,煎煮得到15批DSD(編號D1~D15)、15批桂枝水煎液(編號S1~S15)和1批缺桂枝陰性水煎液(編號YX)。
2.4? 供試品溶液的制備
分別取桂枝水煎液、DSD和缺桂枝陰性水煎液搖勻,精密量取3 mL,置10 mL量瓶中,加入甲醇定容至刻度,稱定質量,超聲處理30 min,放冷,再稱定質量,用甲醇補足減失質量,搖勻,濾過,取續濾液,即得。
2.5? 方法學考察
2.5.1? 參照峰選擇? 肉桂酸是桂枝的主要成分之一,化學性質穩定,峰面積較大,色譜峰保留時間穩定,故選擇肉桂酸作為參照峰,計算各共有峰的相對峰面積和相對保留時間。
2.5.2? 精密度試驗? 取DSD(D1),按照“2.4”項下方法制備供試品溶液,連續進樣6次,按“2.1”項下色譜條件進行測定,記錄色譜圖,計算共有峰的相對峰面積和相對保留時間。結果顯示共有峰的相對峰面積RSD<2.8%,相對保留時間RSD<0.14%,表明儀器精密度良好。
2.5.3? 穩定性試驗? 取DSD(D1),按照“2.4”項下方法制備供試品溶液,分別在0、4、8、12、24、48 h按“2.1”項下色譜條件進行測定,記錄色譜圖,計算共有峰的相對峰面積和相對保留時間。結果顯示共有峰的相對峰面積RSD<3.0%,相對保留時間RSD<0.54%,表明DSD在48 h內穩定性良好。
2.5.4? 重復性試驗? 取DSD(D1),按照“2.4”項下方法制備供試品溶液,平行制備6份,按“2.1”項下色譜條件進行測定,記錄色譜圖,計算共有峰的相對峰面積和相對保留時間。結果顯示共有峰的相對峰面積RSD<3.0%,相對保留時間RSD<0.11%,表明該方法重復性良好。
2.6? 指紋圖譜的建立與相關性分析
2.6.1? 桂枝水煎液和DSD指紋圖譜的建立? 取15批桂枝水煎液和15批DSD,按“2.4”項下方法制備供試品溶液,按“2.1”項下色譜條件進行測定,記錄色譜圖。通過中藥色譜指紋圖譜相似度評價系統軟件(2012年版),分別以S1和D1為參照圖譜,采用中位數法,得到15批桂枝水煎液和15批DSD的指紋圖譜疊加圖,結果見圖1、2。
2.6.2? 桂枝水煎液和DSD相似度分析? 將15批桂枝水煎液和15批DSD的指紋圖譜均導入中藥色譜指紋圖譜相似度評價系統軟件(2012年版),計算相似度,結果見表1。15批桂枝水煎液和15批DSD的指紋圖譜相似度均>0.96,表明桂枝水煎液和DSD的質量穩定均一。
2.6.3? 共有峰的指認及相關分析? 根據指紋圖譜分析結果,將DSD、桂枝水煎液、缺桂枝陰性水煎液和混合對照品的指紋圖譜進行疊加,結果見圖3。由圖可知,桂枝水煎液共確定10個共有峰,DSD共確定29個共有峰,經對照品指認其中7個共有峰。7個共有峰分別為4號峰(原兒茶酸)、17號峰(香豆素)、20號峰(桂皮醇)、21號峰(肉桂酸)、22號峰(2-甲氧基肉桂酸)、23號峰(桂皮醛)和26號峰(2-甲氧基桂皮醛)。由于復方成分復雜,17號峰(香豆素)未達基線分離,19號峰和22號峰(2-甲氧基肉桂酸)在缺桂枝陰性水煎液中存在一定干擾。2.7? 基于“成分-靶點-通路”的網絡藥理學分析
2.7.1?中藥靶點預測? 通過檢索中藥系統藥理數據庫(TCMSP,http://tcmspw.com/tcmsp.php)、PubChem Compound數據庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/)、Swiss Target Prediction數據庫(http://www.swisstargetprediction.ch/)中香豆素、原兒茶酸、桂皮醇、肉桂酸、桂皮醛、2-甲氧基肉桂酸和2-甲氧基桂皮醛7個候選化合物的作用靶點,共得到與7個化合物相關的116個靶點。2.7.2蛋白-蛋白相互作用(PPI)網絡構建將篩選出的116個靶點,導入在線STRING 11.0數據庫軟件(https://string-db.org/cgi/input.pl)進行PPI網絡分析,選擇物種為“Homo sapiens”,蛋白交互參數評分值為“high confidence>0.7”,隱藏網絡中無聯系的節點,其余參數設置不變,獲得核心靶點PPI網絡圖(圖4),結果共獲得116個節點,199條邊。將PPI結果以TSV文本格式導入Cytoscape 3.7.1軟件中,并利用Cytoscape 3.7.1軟件中的“Network Analyzer”功能對PPI網絡進行拓撲屬性分析,計算選取“度值”(degree),“介數中心性”(betweennesscentrality)和“接近中心性”(closenesscentrality)3個重要拓撲參數均大于中位數且degree≥9的靶點作為核心靶點。經篩選得到12個核心靶點,結果見表2。經分析發現,這12個靶點與肉桂酸、2-甲氧基肉桂酸、2-甲氧基桂皮醛、桂皮醛、香豆素和原兒茶酸6個成分有關。2.7.3? GO功能富集分析和KEGG通路富集分析? 利用David 6.8數據庫(https://david.ncifcrf.gov/)對12個潛在的核心靶點進行基因本體(GO)功能和基因組百科全書(KEGG)通路富集分析。GO功能富集分析主要包括基因產物細胞功能、分子功能和生物功能分析,對基因進行注釋和分類;KEGG通路富集分析可以得到DSD中桂枝核心靶點的信號通路。GO和KEGG分析均根據P<0.05表示具有統計學意義。
GO富集分析共獲取24個GO條目,其中生物過程(BP)占16個、分子功能(MF)占4個、細胞組成(CC)占4個,根據顯著性程度P<0.05進行部分展示。BP主要富集在白細胞介素-12生物合成過程的正調控、神經遞質分解代謝過程、RNA聚合酶II啟動子轉錄的正調控、炎癥反應等;MF主要富集在血紅素結合、鐵離子結合、氧化還原酶活性等;CC主要富集在細胞質核周區。結果見表3。KEGG富集分析共得到26條通路,根據顯著性程度P<0.05,篩選得到15條相關通路,主要包括類固醇激素生物合成、化學致癌、酪氨酸代謝、色氨酸代謝等。結果見表4。
2.7.4? 成分-靶點-通路網絡構建? 根據篩選得到的6個成分、12個靶點和15條通路,運用Cytoscape 3.7.1軟件構建“成分-靶點-通路”網絡圖,結果見圖5。根據Cytoscape 3.7.1軟件對網絡圖進行分析,以化合物、靶點蛋白、信號通路的連接度為參考,發現肉桂酸、2-甲氧基肉桂酸、2-甲氧基桂皮醛、桂皮醛、原兒茶酸的連接度相對較高,均可能是桂枝發揮藥效的活性物質;MAOA、MMP9、TLR4、CYP1A2、PTGS2、CYP1B1、RELA的連接度較高,可能是桂枝發揮作用的關鍵靶點;15條信號通路的連接度差異不大,均可能是桂枝的關鍵信號通路。
3? 整合分析
本研究通過建立桂枝水煎液和DSD的指紋圖譜,指認其共有峰,對指認出的成分進行網絡藥理學分析,篩選得到桂枝的關鍵靶點和信號通路,運用Cytoscape 3.7.1軟件構建“成分-靶點-通路”網絡圖,根據degree分析肉桂酸、2-甲氧基肉桂酸、2-甲氧基桂皮醛、桂皮醛和原兒茶酸5個成分均可能是桂枝發揮作用的活性成分。基于Q-marker的“五原則”進行分析,其中2-甲氧基肉桂酸在缺桂枝陰性水煎液圖譜中存在一定干擾,原兒茶酸是桂枝和白芍的共有成分,肉桂酸、2-甲氧基桂皮醛、桂皮醛是桂枝的特有成分。結合指紋圖譜和網絡藥理學對DSD中桂枝的Q-marker進行預測分析,初步預測桂皮醛、肉桂酸和2-甲氧基桂皮醛是DSD中桂枝潛在的Q-marker。
桂枝揮發油含量較高,主要成分為桂皮醛和2-甲氧基桂皮醛,其他有效成分為肉桂酸、2-甲氧基肉桂酸、桂皮醇、香豆素、β-谷甾醇、多聚體糖苷及多種二萜類化合物等[23]。經研究發現,桂皮醛和2-甲氧基桂皮醛,具有抗炎、抗病毒、抗腫瘤和抗癌等作用;肉桂酸具有抗炎、抗菌、抗腫瘤和抗氧化能力等作用[13,24]。Chao等[25]經過研究發現桂枝揮發油能夠減輕炎癥反應,其作用于NF-κB通路,通過減輕炎癥因子的產生來發揮作用。Ka等[26]經過研究發現桂皮醛能夠抑制人類早幼粒細胞白血病HL-60細胞,誘導細胞凋亡。臨床研究表明,桂枝一般用于治療腫瘤、類風濕關節炎、痛經、糖尿病周圍神經病變、心血管、痙攣等疾病[12-14]。利用BATMAN-TCM數據庫(http://bionet.ncpsb.org/ batman-tcm/)查找發現DSD可通過調控TNF信號通路、HIF-1信號通路、5-羥色胺能突觸、酪氨酸代謝、類固醇激素生物合成、癌癥通路、色氨酸代謝、NF-κB信號通路、多巴胺能突觸等信號通路進行疾病治療。程邦[27]經研究發現DSD通過調控TNF信號通路、HIF-1信號通路、癌癥通路等信號通路干預類風濕性關節炎;程思宇[28]經研究發現DSD通過調控NF-κB信號通路治療糖尿病周圍神經病變;劉澤宇等[29]經研究發現DSD通過調控TNF信號通路、HIF-1信號通路等信號通路治療肝細胞癌。綜上分析,推測TNF信號通路、HIF-1信號通路、癌癥通路、5-羥色胺能突觸、酪氨酸代謝、類固醇激素生物合成、色氨酸代謝、多巴胺能突觸和NF-κB信號通路均可能是桂枝在DSD中發揮作用的信號通路。
4? 討論
中藥和復方制劑成分復雜,具有多成分、多靶點、多通路的特點,使其作用機制研究困難。中藥指紋圖譜是建立在中藥化學成分系統研究的基礎上,分析中藥和復方制劑的化學成分類型,對中藥進行整體質量控制;網絡藥理學基于疾病、基因、靶點、中藥相互作用網絡的基礎上,進一步闡釋中藥的作用機制;質量標志物是中藥質量評價與控制的指標,有利于建立中藥全程質量控制及質量溯源體系。
本研究依據劉昌孝院士[16]提出的“質量標志物”的理念,采用指紋圖譜和網絡藥理學相結合的方法分析預測DSD中桂枝的Q-marker。通過建立桂枝水煎液和DSD的指紋圖譜從傳遞和溯源性、可測性的角度對桂枝進行分析,指認出原兒茶酸、香豆素、桂皮醇、肉桂酸、2-甲氧基肉桂酸、桂皮醛和2-甲氧基桂皮醛7個成分,其中桂皮醇未達基線分離,2-甲氧基肉桂酸在缺桂枝陰性水煎液的指紋圖譜中存在一定干擾;運用網絡藥理學從有效性的角度對其進行分析,發現肉桂酸、2-甲氧基肉桂酸、2-甲氧基桂皮醛、桂皮醛和原兒茶酸5個活性成分通過調控MAOA、MMP9、TLR4、CYP1A2、PTGS2、CYP1B1、RELA等關鍵靶點,作用于TNF信號通路、HIF-1信號通路、癌癥通路、NF-κB信號通路、酪氨酸代謝等關鍵信號通路發揮桂枝治療疾病的功效;從質量標志物特有性的角度進行分析,原兒茶酸是白芍和桂枝的共有成分,桂皮醛、肉桂酸和2-甲氧基桂皮醛是桂枝的特有成分。綜上所述,初步預測桂皮醛、肉桂酸和2-甲氧基桂皮醛為DSD中桂枝潛在的Q-marker。為后期深入研究桂枝和DSD的作用機制提供參考,有助于建立全程質量控制體系,提高中藥產業質量控制水平。
參考文獻(略)?
來? 源:? ?夏金鑫,梅? 茜,郭? 爽,嚴國俊,王巧晗,季? 德,趙曉莉,陸兔林,毛春芹. 基于指紋圖譜和網絡藥理學對當歸四逆湯中桂枝的Q-marker預測分析 [J]. 中草藥, 2020, 51(10): 2634-2633.
總結
以上是生活随笔為你收集整理的指纹图谱相似度评价软件_基于指纹图谱和网络药理学对当归四逆汤中桂枝的Qmarker预测分析...的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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