科學(xué)計算軟件編譯安裝方法說明 --- atat 篇 （提供免費測試QQ 178068275）

官網(wǎng)地址：

http://www.brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw/atat/

截止目前（2017.5.4）最新版本：

http://www.brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw/atat/atat3_23.tar.gz

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1. 什么是atat？

ATAT is a generic name that refers to a collection of alloy theory tools developped by Axel van de Walle, in collaboration with various research groups and with various sources of financial support.
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2. atat編譯環(huán)境

Intel Compiler /GNU Compiler? + MPI Compiler

3. 安裝 Intel Compiler 編譯器，設(shè)置編譯環(huán)境

如果使用的是Intel的CPU，建議使用Intel的編譯器。

詳細(xì)安裝方法參見博客相關(guān)文章。

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例如使用TH-1A的Intel 2013編譯器編譯lammps，可以加載如下環(huán)境變量：

source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/bin/iccvars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/bin/ifortvars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/mkl/bin/mklvars.sh intel64

4.安裝 MPI Compiler，設(shè)置編譯環(huán)境

編譯并行版的程序需要并行編譯器，例如MPI并行的程序需要MPI編譯器，常用的MPI例如Intel MPI 、MPICH 、OPENMPI等。

不同的機器可能針對自身硬件進(jìn)行MPI優(yōu)化，天河系統(tǒng)的MPI是基于開源MPICH進(jìn)行的二次開發(fā)優(yōu)化，進(jìn)而支持性能卓越的天河自主高速互聯(lián)網(wǎng)絡(luò)。

詳細(xì)安裝方法參見博客相關(guān)文章。

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例如使用TH-1A的Intel 2013編譯器編譯的mpich，可以加載如下環(huán)境變量：

export MPI_HOME=/usr/local/mpi-intel2013 export PATH=$MPI_HOME/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

5.編譯atat

tar atat3_23.tar.gz cd atat vim makefile#BINDIR=$HOME/binBINDIR="/path/to/install/atat/bin" # 修改安裝目錄#for g++ compiler on all platforms#CXX=g++CXX=icpc # 修改編譯器#for MPI: limited implementation at this point#MPICXX=mpiCC -DATAT_MPIMPICXX=mpicxx -DATAT_MPI # 修改編譯器make all make install

6.配置~/ezvasp.rc

#!/bin/csh #enter name of vasp executable here set VASPCMD=/path/to/bin/vasp # 設(shè)置vasp可執(zhí)行程序 #enter the directories containing the pseudopotentials here set POTLDA="/path/to/pot_lad" # 設(shè)置為實際的路徑 set POTGGA="/path/to/pot_gga" set POTPAWLDA="/path/to/paw_lda" set POTPAWGGA="/path/to/potpaw_gga" set POTPAWPBE="/path/to/potpaw_pbe"

備注：

如果是使用例如TH-1A系統(tǒng)，那么VASPCMD命令請修改為實際申請計算資源時候的命令，例如：

set VASPCMD="yhrun -N 2 -n 24 -p debug /path/to/bin/vasp"

7.配置輸入文件（舉例）

輸入文件：

lat.in

3.394820 0.000000 0.000000 0.000000 3.394820 0.000000 0.000000 0.000000 3.394820 0.500000 0.500000 0.500000 0.500000 -0.500000 0.500000 0.500000 0.500000 -0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 Al,Ti
vasp.wrap

[INCAR] PREC = high ISMEAR = -1 SIGMA = 0.1 NSW=41 IBRION = 2 ISIF = 3 KPPRA = 1000 DOSTATIC USEPOT = PAWPBE

8.編寫提交腳本（舉例）

sub.sh?

#!/bin/bash export PATH=/path/to/install/atat/bin:$PATH exportrm -rf ~/.machines.rc maps -d & touch ready sleep 5 cd 0 runstruct_vasp cd .. pollmach runstruct_vasp

9.提交腳本

yhbatch -N 2 -n 24 -p debug sub.sh

歡迎交流！

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的atat 编译安装测试说明的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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