snomed ct
SNOMED CT(Systematized Nomenclature of Medicine – Clinical Terms,醫學系統命名法-臨床術語,醫學術語系統命名法-臨床術語)
SNOMED CT包含四個主要核心組件:
SNOMED CT 中每個概念都存在唯一的標識,可以存在多種描述;同一概念的所有描述有關聯。概念與概念之間通過層次關系彼此相連,同一概念可存在于多個層次中。關系還可應用于編碼化的 SNOMED CT 數據的分組和歸類。概念、關系和描述是 SNOMED CT 最基本的組成單元。
SNOMED CT是世界上最全面、多語言的臨床醫學術語產品,包含19個臨床領域,超過32萬個概念,在超過50個國家使用。SNOMED CT可以靈活支持不同的應用需求,SNOMED CT結構框架如下:
舉個栗子:
概念有一個唯一的數字標識符(Concept ID),完全指定名稱由概念名稱和概念語義類型組成。Tuberculosis(disorder)----肺結核(紊亂)
(查一下在別的地方的意思)
關系:通過屬性(關系)表達來源概念和目標概念之間的的關聯關系。
主要講解定義屬性
(1)“|is a|關系”:174041007 | laparoscopic emergency appendectomy |:116680003 | is a | = 80146002 | appendectomy | (腹腔鏡闌尾緊急切除術是一種闌尾切除術)
(2)|概念模型屬性|(Concept model attribute) :|偏側性|(Laterality) ,|操作部位|(Procedure site) ,|發現部位|(Finding site) ,|相關形態學|(Associated morphology)
“| Kidney disease | | is a | |Kidney finding| and | is a | |Disorder of abdomen | and | is a | |Disorder of body cavity | and | is a | |Disorder of kidney and/or ureter | and has | Finding site | |Kidney structure |” (腎疾病是一種腎臟臨床表現、腹部疾病、體腔疾病、腎和(/或)輸尿管疾病,其發生部位為腎臟)
每一種概念關系都通過特定的屬性來表達, 形成 “概念 A+屬性+概念 B” 的三元組結構。三元組結構不僅可以用來表達一個明確的臨床事物,而且能夠揭示出兩個概念間語義關系的具體含義,三元組結構中的概念 B 實質是對概念 A 的屬性進行賦值。
深挖概念
概念是否真的像我們之前講的那樣
當然是了,只不過概念內部更加復雜,需要我們深入的的挖掘
***概念***分為兩個部分:先組概念和后組概念
為啥要那么復雜呢????因為要保證臨床事物能夠被正確的描述呀!!!
既然后組概念那么好,那么他有沒有什么表達規則??
來了來了來了規則來了
具體表達規則如下:
(1)概念標識符是概念表達規則的基本組成單元。
(2)概念也可以用概念標識符聯合概念名稱的形式表達,概念名稱首尾用“|”進行分隔。
(3)主體概念與關系概念之間用“: ”分隔。
(4)關系概念與客體概念之間用“=”分隔。
(5)主體概念可以來組配多個關系概念,關系概念與其他對應概念形成一個組合,各組合之間用“, ”分隔。
(6)關系概念劃分為不同類型時,相同類型的關系概念以及其他對應的客體概念通過大括號“{}”來分隔。
(7)客體概念本身可通過后組概念來表達嵌套結構。
那么接下來來看看后組概念的具體作用吧~
1.表達相同含義的先組概念
例如“腹腔鏡闌尾緊急切除術” (174041007 | laparoscopic emergency appendectomy |)在 SNOMED CT 中為先組概
念,其包括闌尾切除、使用腹腔鏡、緊急處理等方面,可通過定義屬性描述其具體的含義:
174041007 | laparoscopic emergency appendectomy |:116680003 | is a | = 80146002 | appendectomy | (腹腔鏡闌尾緊急切除術是一種闌尾切除術)
174041007 | laparoscopic emergency appendectomy |:260870009 | priority | = 25876001 | emergency | (腹腔鏡闌尾緊急切除術適用于緊急情況)
174041007 | laparoscopic emergency appendectomy |:425391005 | using access device | = 86174004 | laparoscopic | (腹腔鏡闌尾緊急切除術使用腹腔鏡)
同時也可以通過其上位概念“闌尾切除術” (80146002 | appendectomy |)的后組合概念表達形式來等位表達:
80146002 | appendectomy | :260870009 | priority | = 25876001 | emergency |, 425391005 | using access device | = 86174004 | laparoscopic | (緊急情況下進行的闌尾切除術&使用腹腔鏡進行的闌尾切除術)
2.表達新概念
后組概念表達最主要的用途是標識 SNOMED CT 先組概念中不存在的概念,通過后組概念表達方式,就可以利用先組概念精確地表達含義更為具體得我概念。
舉個栗子:SNOMED CT 沒有先組概念“腹部腹腔鏡拆除裝置” (laparoscopic removal of device from abdomen) ,可采取后組概念表達方式。
通過先組概念“腹部拆除裝置” (68526006 | removal of device from abdomen |)進行等價表達:
68526006 | removal of device from abdomen | :425391005 | using access device | = 6174004 | laparoscope | (腹部拆除裝置時使用腹腔鏡)
數據下載
因為我們不是成員國俺也沒有錢所以沒有從官網下載,從偉大的凌老師那里得到SNOMED CT的數據
數據里面有什么??
1.“Concept”文件,包含一組概念相關的文件;
2.“Relationship”文件,包含表示一組概念定義的分布范式推斷視圖的關系;
3.“Description”文件,包含一組描述,描述類型為同義詞和完全指定的名稱,這兩種描述類型的最大字符長度都是 255 個字符;
4.“TextDefinition”文件,包含一組描述和描述類型,此描述類型的最大字符長度為 4096 個字符;
5.“StatedRelationship”文件,包含表示一組概念定義的聲明視圖的關系,這個文件很可能會被淘汰,取而代之的是一個包含更豐富的OWL 表示的概念定義的參考集;
6.“Identifier”文件,此文件不包含國際版中的任何數據行。
查看數據之前應該知道的事情
1.所有元數據概念都是頂層概念 “900000000000441003 | SNOMED CT Mode |(SNOMED CT 模型組件) ”的子類型后代。
2.在發表的文件中, 每個組件都有一個相關的 active 字段, 該字段可以接受 true (1) 或 false(0)的值。
概念、描述和關系的文件規范及處理
1. Concept表
該概念文件包含構成 SNOMED CT 的臨床概念。概念由其完全指定的名稱賦予含義,該名稱在描述中包含。一個概念可以通過與關系中的其他概念相關聯來區分或提煉。
SCTID:SNOMED CT Identifier,SNOMED CT 標識符
2. Description 表
描述包含描述 SNOMED CT 概念的描述。描述是用來給一個概念賦予意義,并當引用一個概念時,提供理解和標準的方式來。
3. Relationship 表
關系文件每行保存一個關系。每個關系都是特定類型的,并且有一個源概念和一個目標概念。
舉個栗子:371883000 | Outpatient procedure | 116680003 | is a | 71388002 | Procedure |(門診流程是一個程序) ,其中,371883000 | Outpatient procedure |(門診流程)是源概念,116680003 | is a |是關系類型概念,71388002 | Procedure |是一個目標概念。
SNOMED CT 的 international 版本與 US 版本進行比較,可以發現,US 版本比international 版本多出了 7996 條概念和 19505 條術語。
4. 入庫處理
以SNOMED CT 的international版本為例
dms_id:根據 concept表中的 effectiveTime 和 active 兩列,篩選出最新的更新時間和 active 為 true(1)的作為所需要的主鍵
dms_ids:“dms_id”與 description 表中的 conceptId 列進行匹配,篩選出最新的更新時間和 active 為 true(1)description 的 id 列,將此 id 作為“dms_ids”中的除自身的 concept 外的另一 id 號
dms_name:在相同的 conceptId 號中,篩選 typeId 為 900000000000003001 | Fully specified name |(完全指定名稱)的 term 作為“dms_name”
dms_synonym:typeId 為 900000000000013009 | synonym |(同義詞)的 term 作“dms_synonym”
dms_ids_extend:“dms_ids_extend”與“dms_ids”一致
dms_synonym_extend:“dms_synonym_extend”與“dms_synonym”一致
relation:將 concept 與關系表中的 sourceId 列進行匹配,同樣篩選出最新的更新時間和 active 為 true(1)的 destinationId 和 typeId。每一橫行表示一種關系,將每一橫行的這種關系分別列入“relation”中,標清 sourceId、destinationId 和typeId。
此外,由于| Is a |關系比較重要,我們將其再單獨列出,存在“Is a”字段中。篩選出“relation”字段中 typeId 為 116680003 | is a |的 destinationId 存儲于“Is a”字段中
鑒于“dms_ids”中存儲的除“conceptId”外還包含有“descriptionId”,所以,將descriptionId 也作為一個“dms_id”進行錄入。在“dms_ids”中把自身和對應的“conceptId”放進去,“dms_ids_extend”與“dms_ids”中內容一致。將此“descriptionId”對應的 term 存儲在“dms_name”,“dms_synonym”和“dms_synonym_extend”中。
為了便于查看,在最后添加“concept”字段,將與錄入的“descriptionId”對應的“conceptId”錄入。
SNOMED CT應用領域
SNOMED CT通過提供語義豐富的臨床術語來滿足各種應用需求。
電子病歷:SNOMED CT作為術語詞典支持電子病歷后結構化處理和存儲、輔助醫生醫囑錄入、語義檢索。
臨床決策支持:輔助生成診斷方案、創建醫療警報,如藥物過敏等供醫生臨床診斷。
醫療數據互操作:SNOMED CT作為編碼系統應用于各醫療機構,促進醫療數據互操作。
統計分析:基于SNOMED CT語義豐富的臨床概念及多層級結構提供更準確的統計分析報告。
SNOMED CT的受益對象
SNOMED CT在醫療領域的不同應用,醫療領域的各個參與者都是受益者。
患者:標準化并共享個人健康檔案及電子病歷,減少重復檢查和治療,提高個人診療效果。
民眾:通過數據共享提高民眾疾病監測水平及疾病預防能力。
臨床醫生:輔助醫生臨床診斷,減少誤診情況。
醫療機構:優化醫療機構資源分配。
政府及研究機構:基于SNOMED CT提供更精確統計分析報告及研究報告。
總結
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