文章目錄

• 一、引入所需庫
• 二、增刪H原子
• • 2.1 增加H原子函數(shù)解析
  • 2.2 增加H原子
  • 2.3 刪除H原子函數(shù)解析
  • 2.4 刪除H原子
• 三、芳香共軛鍵和庫里單雙鍵
• • 3.1 將芳香鍵的類型修改為單雙建的類型

一、引入所需庫

#! /usr/bin/python # coding: utf-8 # rdkit 修改分子from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw

二、增刪H原子

mol = Chem.MolFromSmiles('OC1C2C1CC2') # 畫分子結(jié)構(gòu) Draw.MolToImageFile(mol,'/Users/zeoy/st/drug_development/st_rdcit/img/mol5.jpg' )

分子結(jié)構(gòu)圖：

2.1 增加H原子函數(shù)解析

將氫添加到分子圖上

rdkit.Chem.rdmolops.AddHs((Mol)mol # 要修飾的分子[,(bool) explicitOnly = False # （可選）如果設(shè)置了此切換，則僅將顯式Hs添加到分子中。默認值為0（添加隱式和顯式Hs）。[,(bool) addCoords = False # (可選) 如果設(shè)置了此開關(guān)，則Hs將設(shè)置3D坐標。默認值為0（無3D坐標）。[,(AtomPairsParameters) onlyOnAtoms = None # （可選）如果提供了此序列，則僅將這些原子視為具有添加的Hs[,(bool)addResidueInfo = False # （可選）如果為true，則將殘基信息添加到氫原子（對PDB文件有用）。]]]] )

2.2 增加H原子

注：3D構(gòu)象優(yōu)化的時候，需要采用顯式H原子

mol2 = Chem.AddHs(mol) # 畫分子結(jié)構(gòu) Draw.MolToImageFile(mol2,'/Users/zeoy/st/drug_development/st_rdcit/img/mol6.jpg' ) print('mol smiles:', Chem.MolToSmiles(mol)) # mol smiles: OC1C2CCC12 print('mol2 smiles:', Chem.MolToSmiles(mol2)) # mol2 smiles: [H]OC1([H])C2([H])C([H])([H])C([H])([H])C12[H] print('num ATOMs in mol:', mol.GetNumAtoms()) # num ATOMs in mol: 6 print('num ATOMs in mol:', mol2.GetNumAtoms()) # num ATOMs in mol: 14

加氫后的分子結(jié)構(gòu)圖：

2.3 刪除H原子函數(shù)解析

從分子圖中除去所有氫。

rdkit.Chem.rdmolops.RemoveHs((Mol)mol # 要修飾的分子[，（bool）implicitOnly = False # hiddenOnly ：（可選）如果設(shè)置了此切換，則只會從圖中刪除隱式Hs。默認值為0（刪除隱式和顯式Hs）。[，（bool）updateExplicitCount = False #（可選）如果設(shè)置了此切換，則將更新具有Hs的原子的顯式H計數(shù)。默認值為0（不更新顯式H計數(shù)）。[，（bool）sanitize = True # （可選）如果設(shè)置了此切換開關(guān)，則去除Hs后將對分子進行消毒。缺省值為1（進行消毒）。] ] ])

筆記：
未與重原子連接的氫將不會被去除。這樣可防止分子[H] [H]除去所有原子。
標記的氫（例如原子序數(shù)= 1，但同位素> 1的原子）將不會被去除。
兩個坐標Hs，例如C [H-] C中的中心H，將不會被刪除
連接到虛擬原子的Hs將不會被移除
屬于雙鍵立體化學(xué)定義的Hs將不會被移除
未連接到其他任何對象的HS將不會被刪除

2.4 刪除H原子

mol3 = Chem.RemoveHs(mol2) print('mol3 smiles:', Chem.MolToSmiles(mol3)) # mol3 smiles: OC1C2CCC12 print('num ATOMs in mol3:', mol3.GetNumAtoms()) # num ATOMs in mol3: 6

三、芳香共軛鍵和庫里單雙鍵

RDKit 默認把芳香體系的鍵的類型識別為芳香鍵。

# 以苯為例 mol4 = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1') # 畫分子結(jié)構(gòu) Draw.MolToImageFile(mol4,'/Users/zeoy/st/drug_development/st_rdcit/img/mol7.jpg' )

鍵類型

for bond in mol4.GetBonds():print(bond.GetBondType()) # AROMATIC # AROMATIC # AROMATIC # AROMATIC # AROMATIC # AROMATIC

3.1 將芳香鍵的類型修改為單雙建的類型

Chem.Kekulize(mol4) # 畫分子結(jié)構(gòu) Draw.MolToImageFile(mol4,'/Users/zeoy/st/drug_development/st_rdcit/img/mol8.jpg' )

for bond in mol4.GetBonds():print(bond.GetBondType())# DOUBLE # SINGLE # DOUBLE # SINGLE # DOUBLE # SINGLE# bond 1 is aromatic True print('bond 1 is aromatic', mol4.GetBondWithIdx(1).GetIsAromatic()) # atom 1 is aromatic True print('atom 1 is aromatic', mol4.GetAtomWithIdx(1).GetIsAromatic())

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的rdkit 修改分子的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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