今年1月2023 Nucleic Acids Research Database Issue上線，包含178 篇涉及生物學(xué)和相關(guān)領(lǐng)域的論文：其中90篇論文報(bào)告了新數(shù)據(jù)庫(kù)；82篇更新了該期先前發(fā)表的資源；6篇提供了最近在其他期刊發(fā)表的數(shù)據(jù)庫(kù)的更新。

2023NAR特刊-單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù)合輯

ABC Portal

ABC portal是ABC研究計(jì)劃的重要組成部分，共計(jì)收錄了國(guó)際上公開(kāi)發(fā)表的198套人和小鼠的血液/免疫相關(guān)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集，涉及文獻(xiàn)150篇，涵蓋了血液/免疫細(xì)胞的發(fā)育、分化和疾病相關(guān)的大量數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)來(lái)源覆蓋了骨髓、外周血、胎肝等各種造血組織。為了方便用戶對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行探索分析，所有數(shù)據(jù)都使用人工矯正后的單細(xì)胞參考數(shù)據(jù)進(jìn)行了統(tǒng)一注釋。

ABC portal提供基于網(wǎng)頁(yè)的交互式分析模塊，可進(jìn)行基因表達(dá)、細(xì)胞比例、細(xì)胞相互作用和疾病相關(guān)的基因特征分析。特別是，ABC portal支持基于樣本信息的個(gè)性化的樣本篩選，細(xì)胞類型篩選，并對(duì)篩選后的數(shù)據(jù)進(jìn)行進(jìn)一步分析；支持跨數(shù)據(jù)集的比較分析。交互設(shè)計(jì)簡(jiǎn)潔易操作，分析內(nèi)容多樣，并且可以設(shè)置個(gè)性化參數(shù)以滿足不同的數(shù)據(jù)分析目的。

數(shù)據(jù)庫(kù)地址：

👉 http://abc.sklehabc.com

AgeAnno

AgeAnno是一個(gè)綜合性的數(shù)據(jù)庫(kù)，旨在通過(guò)使用scRNA-seq和scATAC-seq測(cè)序數(shù)據(jù)為人類不同組織細(xì)胞類型的衰老相關(guān)基因提供全面的特征。

當(dāng)前版本的AgeAnno包含來(lái)自28個(gè)健康組織樣本的1678610個(gè)細(xì)胞，年齡從0到110歲不等。開(kāi)發(fā)團(tuán)隊(duì)從以往的資源中收集了5580個(gè)衰老相關(guān)基因，并對(duì)細(xì)胞環(huán)境進(jìn)行了動(dòng)態(tài)功能注釋。對(duì)于scRNA-seq數(shù)據(jù)，開(kāi)發(fā)團(tuán)隊(duì)進(jìn)行了包括差異基因表達(dá)、基因變異系數(shù)、細(xì)胞通信網(wǎng)絡(luò)、轉(zhuǎn)錄因子(TF)調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)和免疫細(xì)胞比例的分析。AgeAnno還提供差異染色質(zhì)可及性分析，motif/TF富集和足跡分析，以及scATAC-seq數(shù)據(jù)的共同可及性峰值分析。我們還提供針對(duì)衰老相關(guān)基因的疾病和藥物。AgeAnno將成為系統(tǒng)表征人類不同組織細(xì)胞類型中衰老相關(guān)基因的獨(dú)特資源，有助于抗衰老和衰老相關(guān)疾病的研究。

數(shù)據(jù)庫(kù)地址：

👉 https://relab.xidian.edu.cn/AgeAnno/#/

HTCA

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HTCA是一個(gè)基于web的交互式健康人類單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜，包含19個(gè)成人組織及其匹配的胎兒組織，展示了跨組織的所有細(xì)胞類型的不同和深入的轉(zhuǎn)錄組圖譜。HTCA也是一個(gè)單細(xì)胞剪接變異圖譜，包含16個(gè)成人和胎兒組織的異構(gòu)體表達(dá)譜。同時(shí)，HTCA作為一個(gè)多組學(xué)單細(xì)胞圖譜，包含來(lái)自空間轉(zhuǎn)錄組的11個(gè)成人和胎兒組織的表型特征，以及來(lái)自scATAC-seq的27個(gè)成人和胎兒組織的表型特征。

HTCatlas提供了 9 種在線分析工具，供用戶執(zhí)行典型scRNA-seq分析中的主要步驟。通過(guò)提供對(duì)人類轉(zhuǎn)錄組譜的快速和簡(jiǎn)單的探索，旨在為世界各地的研究人員提供有價(jià)值的見(jiàn)解，以了解胎兒和成年人群組織中細(xì)胞類型的多組學(xué)概況。同時(shí)，圖譜的廣泛分析特征可以為研究人員快速識(shí)別自有單細(xì)胞數(shù)據(jù)中的表型特征提供一個(gè)快速而簡(jiǎn)單的解決方案。

數(shù)據(jù)庫(kù)地址：

👉 https://www.htcatlas.org

HUSCH

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Human Universal Single Cell Hub(HUSCH)是一個(gè)scRNA-seq數(shù)據(jù)庫(kù)，用于分析和可視化不同組織中的人類基因表達(dá)。HUSCH數(shù)據(jù)庫(kù)包括來(lái)自7個(gè)不同平臺(tái)的45個(gè)人體組織的185個(gè)數(shù)據(jù)集。HUSCH中的所有數(shù)據(jù)均采用標(biāo)準(zhǔn)工作流程進(jìn)行統(tǒng)一處理、注釋和分析。

HUSCH為用戶提供了兩種探索路徑：組織探索和數(shù)據(jù)集挖掘。在數(shù)據(jù)集模塊中，HUSCH為每個(gè)細(xì)胞類型簇提供交互式基因表達(dá)可視化、差異表達(dá)分析、功能分析、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子預(yù)測(cè)和細(xì)胞間相互作用分析等。在組織模塊中，HUSCH集成了不同的數(shù)據(jù)集，并進(jìn)行了數(shù)據(jù)整合、批次校正和細(xì)胞類型統(tǒng)一，從而提供了基于來(lái)自多個(gè)來(lái)源和平臺(tái)的單細(xì)胞數(shù)據(jù)集的組織內(nèi)部基因表達(dá)可視化和分析。HUSCH提供了用戶友好的探索界面，用戶可以搜索、可視化、分析和下載人體組織圖譜的單細(xì)胞基因表達(dá)。

數(shù)據(jù)庫(kù)地址：

👉 http://husch.comp-genomics.org

SPEED

SPEED是一個(gè)覆蓋127個(gè)物種的單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù)，旨在更好地理解和利用所有目前已知的多個(gè)物種的 scRNA-seq 數(shù)據(jù)集，讓研究界通過(guò)一個(gè)用戶友好的界面免費(fèi)訪問(wèn)關(guān)于跨物種進(jìn)化、發(fā)育和疾病的單細(xì)胞數(shù)據(jù)。

SPEED分別在“Pan”、“Evo”、“Devo”和“Diz”模塊中提供了關(guān)于泛物種、進(jìn)化、發(fā)育和疾病的單細(xì)胞圖譜。“C2C”、“G2G”和“S2S”三個(gè)分析模塊允許探索細(xì)胞間通訊、基因間串?dāng)_和跨物種分子進(jìn)化。最后四個(gè)功能模塊“sSearch”、“sUp”、“sDown”和“sMarker”分別允許用戶檢索特定數(shù)據(jù)集、獲取不同細(xì)胞類型的共同標(biāo)記基因、自由上傳和下載單細(xì)胞數(shù)據(jù)集。

數(shù)據(jù)庫(kù)地址：

👉 http://speedatlas.net

CNGBdb時(shí)空組、單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù)

STOmicsDB

STOMICS DataBase是一個(gè)與時(shí)空組學(xué)主題相關(guān)的綜合平臺(tái)，通過(guò)對(duì)公共數(shù)據(jù)庫(kù)的6000多篇文獻(xiàn)進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘，聯(lián)合時(shí)空數(shù)據(jù)匯交系統(tǒng)，策劃了140個(gè)時(shí)空組學(xué)數(shù)據(jù)集，收錄超1000張時(shí)空切片數(shù)據(jù)。

STOMICS DataBase提供一站式服務(wù)，包括：文獻(xiàn)追蹤→ 數(shù)據(jù)獲取→ 可視化探索 → 在線分析 →? 數(shù)據(jù)歸檔→ 時(shí)空專輯數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)布，覆蓋時(shí)空組學(xué)數(shù)據(jù)全生命周期。目前其已支撐Nature、Science、Cell在內(nèi)的11篇文章發(fā)表，包括【時(shí)空組學(xué)聯(lián)盟第一批生命發(fā)育時(shí)空?qǐng)D譜】覆蓋小鼠、斑馬魚、果蠅、擬南芥四種模式生物胚胎或器官發(fā)育，【蠑螈腦再生時(shí)空?qǐng)D譜】等。

數(shù)據(jù)庫(kù)地址：

👉 https://db.cngb.org/stomics/

CDCP

CDCP是一個(gè)單細(xì)胞數(shù)據(jù)集成、共享、分析的綜合平臺(tái)。其主要功能包括：1. 用戶可以在線獲取CDCP收錄數(shù)據(jù)集中樣本的詳細(xì)信息，并允許下載每個(gè)單細(xì)胞數(shù)據(jù)集的原始序列和表達(dá)矩陣；2. 與UCSC單細(xì)胞瀏覽器和ASAP等其它平臺(tái)不同，CDCP提供了一個(gè)共享和集成單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)集平臺(tái)，并允許用戶上傳數(shù)據(jù)，可以實(shí)時(shí)更新；3. CDCP允許使用tSNE細(xì)胞降維圖、不同細(xì)胞類型的聚類分析圖以及顯示不同細(xì)胞類型數(shù)量的直方圖對(duì)每個(gè)單細(xì)胞數(shù)據(jù)集進(jìn)行可視化，其中多個(gè)基因在不同細(xì)胞類型或簇中的表達(dá)模式可通過(guò)聚類圖和小提琴圖顯示。此外，CDCP還提供一個(gè)用戶友好的分析流程，通過(guò)提供單細(xì)胞表達(dá)矩陣，用戶可以在線對(duì)感興趣的細(xì)胞數(shù)據(jù)集進(jìn)行重新分析，包括數(shù)據(jù)質(zhì)控、注釋高度可變基因、降維/聚類、分析用于表征群體特征的標(biāo)記基因等。

數(shù)據(jù)庫(kù)地址：

👉 https://db.cngb.org/cdcp/

首發(fā)公號(hào)國(guó)家基因庫(kù)大數(shù)據(jù)平臺(tái)

參考文獻(xiàn)

[1] Gao,X., Hong,F., Hu,Z., Zhang,Z., Lei,Y., Li,X. and Cheng,T. (2022)ABC portal: a single-cell database and web server for blood cells.Nucleic Acids Res., https://doi.org/10.1093/nar/gkac646.

[2] Huang,K., Gong,H., Guan,J., Zhang,L., Hu,C., Zhao,W., Huang,L.,Zhang,W., Kim,P. and Zhou,X. (2022) AgeAnno: a knowledgebase ofsingle-cell annotation of aging in human. Nucleic Acids Res.,https://doi.org/10.1093/nar/gkac847.

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[4]?Shi,X., Yu,Z., Ren,P., Dong,X., Ding,X., Song,J., Zhang,J., Li,T. andWang,C. (2022) HUSCH: an integrated single-cell transcriptomeatlas for human tissue gene expression visualization and analyses.Nucleic Acids Res., https://doi.org/10.1093/nar/gkac1001.

[5]?Shi,X., Yu,Z., Ren,P., Dong,X., Ding,X., Song,J., Zhang,J., Li,T. andWang,C. (2022) HUSCH: an integrated single-cell transcriptomeatlas for human tissue gene expression visualization and analyses.Nucleic Acids Res., https://doi.org/10.1093/nar/gkac1001.

[6]?Xu Z, Wang W, Yang T, et al. STOmicsDB: a database of Spatial Transcriptomic data[J]. bioRxiv, 2022.

[7]?Li Y, Yang T, Lai T, et al. CDCP: A visualization and analyzing platform for single-cell datasets. J Genet Genomics. 2021 Dec 29:S1673-8527(21)00374-X.

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的2023NAR数据库特刊：单细胞数据库合辑的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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