大家好，我是小馬老師。

本文介紹從dump文件導(dǎo)出data文件的方法。

在lammps模擬中，可能會(huì)遇到從前一個(gè)模擬dump文件中提取data文件的情況。

平常用的最多的方法是用ovito打開dump文件，點(diǎn)擊“file”-“export file”的方式導(dǎo)出data文件。

如果模擬的體系沒有鍵角，用這種方式是可以的，但如果模擬的是聚合物體系，用這種方法導(dǎo)出的data文件只有原子坐標(biāo)，沒有鍵角等信息。

顯然，這樣導(dǎo)出的data文件無法作為下一步模擬的data文件。

下面介紹一種方法，可以很方便的從dump文件中導(dǎo)出包含鍵角信息的data文件。

使用的軟件還是python和ovito模塊。

python ovito模塊不僅可以一次性的讀入dump文件，也可以分別讀入包含鍵角信息的拓?fù)湮募桶M結(jié)果的軌跡文件。

在本例中，包含鍵角的拓?fù)湮募梢杂贸跏冀Y(jié)構(gòu)文件pp.data，軌跡文件就是模擬產(chǎn)生的dump.xyz文件。

讀入代碼為：

pipeline = import_file("pp.data") traj_mod = LoadTrajectoryModifier() traj_mod.source.load('dump.xyz') pipeline.modifiers.append(traj_mod)

讀入以上兩個(gè)文件后，使用export_file（）命令輸出data文件。

export_file(pipeline, "output.data", "lammps/data", atom_style="full")

打開output.data文件可以看到，data文件包含鍵角信息：

在ovito中也可以看到鍵連接情況：

所有代碼為：

from ovito.io import import_file, export_file from ovito.modifiers import LoadTrajectoryModifier #讀入結(jié)構(gòu)和軌跡文件 pipeline = import_file("pp.data") traj_mod = LoadTrajectoryModifier() traj_mod.source.load('dump.xyz') pipeline.modifiers.append(traj_mod) #輸出data export_file(pipeline, "output.data", "lammps/data", atom_style="full")

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公眾號：lammps加油站

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的lammps教程：如何从dump文件导出带键角的data文件的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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