除了之前提到的，使用GDC 官方提供的gdc-client.exe對TCGA數據進行下載外(TCGA數據分析(1))，還可以使用R包對TCGA數據進行下載，這個神奇的R包叫做TCGAbiolinks。

注: 它下載數據成功率非常低，官方API中也未推薦，所以這也是我沒用它的原因，但是做出的分析結果相當豐富

01 TCGAbiolinks 安裝與加載

運行如下命令即可

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)

02?TCGA數據下載

以下載TCGA-GBM數據為例，完全不需要gdc-client.exe的命令行操作，數據下載如下

proj?"TCGA-GBM"query project = proj,data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expression Quantification", workflow.type = "HTSeq - Counts")GDCdownload(query)data

在這一步，你極有可能會出現以下幾種情況：

2.1 網絡鏈接超時

--------------------------------------o GDCquery: Searching in GDC database--------------------------------------Genome of reference: hg38Error in is.response(x) : Timeout was reached: Operation timed out after 10000 milliseconds with 0 out of 0 bytes received

或者這種

2.2?Server down

Error in value[[3L]](cond) : GDC server down, try to use this package later

2.3 下載成功

也有可能很幸運，出現了這種，這個時候就說明數據開始下載了。

--------------------------------------o GDCquery: Searching in GDC database--------------------------------------Genome of reference: hg38--------------------------------------------oo Accessing GDC. This might take a while...--------------------------------------------ooo Project: TCGA-GBM--------------------oo Filtering results--------------------ooo By data.typeooo By workflow.type----------------oo Checking data----------------ooo Check if there are duplicated casesooo Check if there results for the query-------------------o Preparing output-------------------Downloading data for project TCGA-GBMOf the 174 files for download 2 already exist.We will download only those that are missing ones.GDCdownload will download 172 files. A total of 43.787024 MBDownloading as: Fri_Apr_17_22_27_19_2020.tar.gzDownloading: 44 MB

03 數據下載結果

下載數據的速度還可以，一共有174套數據，會下載到當前工作目錄下的，這個文件夾。

TCGA-GBM\harmonized\Transcriptome_Profiling\Gene_Expression_Quantification

如果你出現2.1，2.2 的情況怎么辦呢？采用之前gdc-client.exe進行下載嘍。為什么會出現2.1,2.2 的錯誤，一方面是自己本身網絡的問題，可能需要設置代理才可以訪問并下載數據，另一方面可能是數據庫不穩定。關于2.2 網上給出了這個解決方案

devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")

注：我試了，依然不行🙇

TCGAbiolinks看起來真的很香！有機會還會繼續嘗試。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的tcga数据下载_使用R下载TCGA数据的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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