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1、1、 ranhou 名詞解釋1， 先導化合物Lead compound,又稱為原型物prototype,是通過各種途徑、方法、手段獲得的具有某種藥理學或生物學活性的化合物。其不一定為實用的優良藥物，可能因其藥效不強、特異性不高、毒性較大等而不能直接藥用，需要進行結構修飾和改造，使之成為實用的高效、低毒、可控的優良藥物，這一過程稱為先導化合物的優化。通過高通量篩選(high-throughput screenings)可發現先導化合物，或通過天然物的次級代謝產物找到先導化合物。2， 系綜由J. Willard Gibbs在1878年提出的。指在一定宏觀條件下，大量性質和結構完全相同、相互獨立的出。

2、于各種運動狀態的系統的集合。系綜是假想的概念，并不是真是的客觀實體，理論上是抽象的，真正的實體是組成系綜的一個個系統，這些系統具有完全相同的力學性質。每個系綜的微觀狀態可能相同，也可能不同。根據能量或粒子數是否守恒，分為：微正則系綜(N,U,V)確定的系統能量和粒子數均守恒孤立系統正則系綜(N,T,V)確定的系統能量不守恒、粒子數守恒閉合系統巨正則系綜(,T,V)確定的系統能量和粒子數均不守恒開放系統在熱力學極限下，用三種方法計算同一宏觀系統(臨界點除外)的熱力學量是，會得到相同的結果。可以不管系統所處的實際環境，采用任何一種系綜來計算。3， 遍歷假說(統計力學)Ergodic hypothe。

3、sis,是統計力學的基本假說，時間平均Time average等于系綜平均Ensemble average。運動軌道均勻地覆蓋相空間的允許區域, 從而使動力學相互作用對時間的平均可以被相應相空間的平均所取代。統計力學(又叫統計物理學)是研究大量粒子(原子、分子)集合的宏觀運動規律的科學。在物理學和熱力學中，表示在很長一段時間內，處于一定微觀狀態的相空間中具有相同能量一定體積的粒子的時間與這個區域的體積成正比，常用于統計分析中。分子動力學模擬得到的軌跡文件記錄的是體系內各個粒子的位置坐標及相應速度，根據時間平均=系綜平均&體系的性質可以通過對其不同微觀狀態(系綜)求和得到，即可計算體系的全部熱力。

4、學性質和動力學性質。4， 蛋白-配體相互作用指紋(Protein-Ligand Interaction Fingerprints)PLIF,將P-L的相互作用的三維信息轉化為簡單的一維指紋形式。廣泛用于藥物的篩選，也可用于Docking等其他虛擬篩選結果的后處理，并且結果更好。MOE中的PLIF記錄了復合物的氫鍵、粒子間相互作用和表面接觸三種作用力。MOE中PLIF模塊對復合物中蛋白的每個殘基有如下規定：a) 任意殘基可以參與一下相互作用：邊鏈氫鍵給體/受體、骨干氫鍵給體/受體、離子相互作用和表面相互作用。b) 對于以上6中任意一類，MOE中PLIF設置兩個閾值：較高&較低閾值。c) 計算氫鍵。

5、的強弱和距離時考慮了距離和方向，值的大小=該鍵成為好的氫鍵的概率。d) 離子相互作用=兩個離子鍵庫侖力的大小，正比于兩個離子的形成電荷，反比于其距離平方。e) 表面相互作用，配體存在和不存在的情況下，殘基溶劑暴露表面積之差，疏水相互作用的指標。2、 流程、方法、原理描述題(一) 計算機輔助藥物設計的方法基礎； P4(二) 空間多樣性子集法一種空間取樣的方法，可用來拆分樣本為訓練集和測試集。1. 缺省設置數據庫中第一個樣本的排序號為#12. 在剩下的樣本中，找出與第一個樣本距離最遠(可通過計算剩余樣本與第一個樣本的相似性得到)的，將此樣本設置排序號為#23. 再從剩余樣本中找出同時與#1和#2距離最遠的樣本，將其排序號設為#34. 依此類推，紙質設置完總樣本65%的排序號，或是設置完全部樣本的排序號。(三) 同源模建 P47，48(四) 定量構效關系 P643、 判斷題(2*6=12分)4、 論述題1， 簡述四聚體如何進行同源模建。2， 談談“計算機輔助藥物設計”有哪七大研究方向，并對這些研究方向在“計算機輔助藥物設計”中的角色進行描述P2 P35、 方案設計題(14分)假有現有一套數據集，針對HCV的兩個不同靶點(其中一共有 5個不同蛋白)，分別測量得到 80個化合物的活性數據，且已經獲得這些靶標的序列，請給出據此信息，你能為HCV抑制劑研究設計的研究內容。

總結

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