领域应用 | 英文抗生素药物医学知识图谱 IASO1.0 版发布 线上试用正式启动
本文轉載自公眾號:PKU自然語言處理前沿。
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近日,由北京大學互聯網信息工程研發中心(CIRE)開發的英語醫學知識圖譜英文抗生素藥物醫學知識圖譜IASO1.0發布,面向公眾正式開放試用。IASO是利用自然語言處理與文本挖掘技術,基于大規模醫學文本數據,以人機結合的方式研發的英文藥物醫學知識圖譜。
IASO知識圖譜基于DO,IDO,NCBI,HPO和DrugBank等數據庫,以及在線百科,權威醫學文獻等高質量醫學數據資源構建而成的。涵蓋507種傳染病及其治療方法,332個不同的感染部位,936種系統相關癥狀,371種并發癥,838,407種細菌,341種抗生素及其介紹,1,504對抗生素和細菌之間的反應速率(抗菌譜),431對藥物相互作用關系,以及86對抗生素特異性群體的禁忌關系。
基于藥物醫學知識圖譜IASO,課題組還進行了藥物開發中的關鍵一環——藥物相似性計算的相關探索,包括研究抗生素與其副作用之間的關系和探討NDF-RT藥物基本藥理學特性的作用機制等。為驗證基于IASO的藥物相似性計算的準確性,我們邀請至少3名醫生對1326對最常用的抗生素進行了標注,其范圍為[0,1]。每位醫生所給評分與平均評分之間的Pearson系數范圍為0.827至0.864, Spearman系數范圍為0.792至0.888,均證明了醫生評估的可靠性。
課題組未來還將不斷添加更多的醫學實體及其層次化類別信息,繼續迭代更新完善知識圖譜,歡迎大家多提寶貴意見!在未來的工作中,我們將致力于建立大規模、高質量的中文/英文醫學知識圖譜,為智能醫學奠定專業知識基礎。
附1:IASO 1.0鏈接:?
http://www.iasokg.com/
附2:IASO藥物知識圖譜和藥物相似性數據標注下載:
http://www.iasokg.com/dataDownload#dataSet
歡迎大家試用并提出寶貴意見!IASO僅供學術研究使用,不做商業用途。
研發者團隊
北京大學互聯網信息工程研發中心(CIRE):雷凱副教授、沈穎助理研究員、研究生袁凱琦、溫德斯、張麗珠、陳道源、鄧揚、戴競超、黃濟樂。
雷凱
1998年畢業于北京大學計算機系,獲學士學位;1999年畢業于美國哥倫比亞大學計算機系,獲碩士學位;2015年畢業于北京大學計算機系統結構專業,獲博士學位?,F為北京大學深圳研究生院信息工程學院副教授。
沈穎
2011年7月獲歐盟Erasmus Muduns自然語言處理(英國/法國)雙碩士學位。2015年7月獲法國巴黎第十大學醫學信息學博士。2017年9月于北京大學深圳研究生院繼續科研工作。主要研究方向包括醫學信息學,自然語言處理,數據挖掘,機器學習,人工智能等。
OpenKG
開放知識圖譜(簡稱 OpenKG)旨在促進中文知識圖譜數據的開放與互聯,促進知識圖譜和語義技術的普及和廣泛應用。
點擊閱讀原文,進入 OpenKG 博客。
總結
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