关于RNA-seq数据集的小结
生活随笔
收集整理的這篇文章主要介紹了
关于RNA-seq数据集的小结
小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.
關于數據集的小節:
1、reads:測序得到的小片段(類似:ATCCTA..GCTA)2、counts:與已知序列(基因)比對上的reads個數(為整數,可能是個位數也可能是幾千,與基因表達情況和測序深度有關)
3、由于不同基因的reads長度不同,從統計角度上看,需要采用FPKM或RPKM來排除隨機抽樣帶來的偏倚。并且,不同的測序深度,直接影響counts的個數。
4、通常,如果數據集都為整數,基本上可以判定是counts值,如果是小數,基本上可以判定是做整理后的FPKM或RPKM,這個就需要找到數據集的源頭(NCBI或其它數據庫)查看數據的說明
總結
以上是生活随笔為你收集整理的关于RNA-seq数据集的小结的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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