基因在细胞系当中的表达数据库,CCLE使用简述
生活随笔
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基因在细胞系当中的表达数据库,CCLE使用简述
小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.
? ? 相信大家都聽說過CCLE(Cancer Cell Line Encyclopedia)。簡單來說,這個數據庫做了很多細胞系當中基因表達、突變、拷貝數以及DNA甲基化的結果。利用這個數據庫我們可以了解一個細胞系當中某一個基因的基本情況。那么這么豐富的數據要如何使用呢?下面我們簡單介紹一下。
根據官網鏈接進入主頁面,如下圖所示:輸入基因名或者細胞系名后檢索即可。
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這里我們以基因YTHDF1為例,輸入后提交。
可以看到YTHDF1的相關信息簡介及通往其他外部gene數據庫的鏈接。
其中可以看到共包括5個菜單欄,下面我們就每個菜單欄的功能進行簡要介紹。
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1.?????Distribution by Lineage
該模塊數據按照細胞系分布。
默認選項打開后可得到如下結果:顯示給定數據集的基因表達數據的分布。箱形圖通過不同細胞系中基因表達的平均分布進行分類和著色。高表達分布在左側,并用紅色顯示。
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總結
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