給定一個基因表達矩陣和樣本分組信息，如何繪制樣品整體表達箱線圖、單個或多個基因表達箱線圖。

獲取示例數(shù)據(jù)

我們從中截取前面4行作為演示例子。

利用工具Wide to Long把表達矩陣轉(zhuǎn)換為長表格

把數(shù)據(jù)表粘貼到http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27OA%3D%3D%27的文本輸入處，點擊Check data，確認數(shù)據(jù)無誤，點擊Submit獲得結果，下載下來，為文件bd3ebbe9-935d-4629-82bd-6d134c2aa386.WideToLong.txt。

文件內(nèi)容如下：

利用工具Merge Matrixes合并表達信息和樣本表

把上一步獲得的長矩陣和最開始的sampleFile粘貼到http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27NQ%3D%3D%27的2個文本域（順序沒有關系），點擊Check data，確認數(shù)據(jù)無誤；

選擇共有的列用于合并，如矩陣1的variable列（這個名字是上一步默認生成的，可以修改）和矩陣2的Samp列。圖中標黃的為我們修改過的參數(shù)。

獲得文件 40e4af19-206e-4f64-b21b-d0e78936fee1.matrix_combined.txt，文件內(nèi)容如下：

繪制樣本整體表達箱線圖

把上一步獲得的文件粘貼到箱線圖繪制工具http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27MQ%3D%3D%27，點擊Check data，確認數(shù)據(jù)無誤；

選擇variable列，也就是樣本名字列，作為X-axis variable；

選擇value列, 也就是表達數(shù)據(jù)列，作為Y-axis variable；

選擇conditions列，也就是樣本分組信息列，作為Legend variable，默認通過這一列上色作為圖例。

點擊Submit，就可以獲得繪制的圖（png，pdf）格式和對應的代碼。

除了看整體，連上單個基因查看下，增加一個參數(shù)Group variable for lining points，設置為id列，也就是基因名字列。

繪制單個/多個基因表達小提琴圖

數(shù)據(jù)無需變動

選擇id列，也就是基因名字列，作為X-axis variable；

選擇value列, 也就是表達數(shù)據(jù)列，作為Y-axis variable；

選擇conditions列，也就是樣本分組信息列，作為Legend variable，默認通過這一列上色作為圖例。

在Layout and colors面板下，設置:

設置Plot type為Violin plot;

繪制單個基因表達小提琴圖

數(shù)據(jù)無需變動

選擇id列，也就是基因名字列，作為X-axis variable；

選擇value列, 也就是表達數(shù)據(jù)列，作為Y-axis variable；

選擇conditions列，也就是樣本分組信息列，作為Legend variable，默認通過這一列上色作為圖例。

設置variable order

X-axis variable order為ENSG00000109906，默認帶篩選功能，只選擇這一個基因繪制；

設置Legend variable order為untrt,trt，對照在前，處理在后。

增加統(tǒng)計標記

通過預設的顏色集修改顏色

直接選擇多個顏色進行上色

這兩種修改顏色的方法是互斥的，一次只能用一種，一次也只能用一種。

繪制單個/多個基因表達小提琴圖(分面)

數(shù)據(jù)無需變動

選擇conditions列，也就是樣本分組信息列，作為X-axis variable；

選擇value列, 也就是表達數(shù)據(jù)列，作為Y-axis variable；

選擇conditions列，也就是樣本分組信息列，作為Legend variable，默認通過這一列上色作為圖例。

在Layout and colors面板下，設置

設置Plot type為Violin plot;

設置Facet variable為id列，也就是基因名字列，按基因名分面顯示。

測試數(shù)據(jù)獲取：https://gitee.com/ct5869/bic

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的无代码绘制基因表达箱线图的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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