福利公告：為了響應學員的學習需求，經過易生信培訓團隊的討論籌備，現(xiàn)決定安排擴增子16S分析、宏基因組、Python課程和轉錄組的線上直播課。報名參加線上直播課的老師可在1年內選擇參加同課程的一次線下課?。期待和大家的線上線下會晤。

目前可以通報的信息：

• 轉錄組線上直播時間：2020/07/17-2020/07/19
  

• 宏基因組線上直播時間：2020/07/24-2020/07/26
  

• 擴增子線上直播時間：2020/08/14-2020/08/16
  

• 報名鏈接：http://www.ehbio.com/Training/

在廣大粉絲的期待下，《生信寶典》聯(lián)合《宏基因組》在北京于2020-08-14到 2020-08-16推出《擴增子16S分析》專題培訓第九期（線上課已開通，可以報名，線下課程時間待定），為大家提供一條走進生信大門的捷徑、為同行提供一個擴增子分析實戰(zhàn)學習和交流的機會、助力學員真正理解分析原理和完成實戰(zhàn)分析，獨創(chuàng)四段式教學(3天集中授課+自行練習2周+集中講解答疑+上課視頻回看反復練習)，“教—練—答—用”四個環(huán)節(jié)統(tǒng)一協(xié)調，真正實現(xiàn)獨立分析大數(shù)據(jù)。

關于學習生物信息學分析的重要性，請閱讀《生物信息9天速成班—成為團隊中不可或缺的人》。

課程簡介

宏基因組/微生物組是當今世界科研最熱門的研究領域之一，為加強本領域的技術交流與傳播，推動中國微生物組計劃發(fā)展，中科院青年科研人員創(chuàng)立“宏基因組”公眾號，目標為打造本領域純干貨技術及思想交流平臺。成立兩年，分享專業(yè)技術原創(chuàng)文章1800+篇，關注人數(shù)90,000+，累計閱讀量14,000,000+。

請詳細閱讀課程簡介，如果以下內容您全精通，不必參加此培訓。

本課程一共3天，每天6節(jié)課，共18節(jié)課，全部課程均理論與實戰(zhàn)結合(只要課上講的內容，都是要帶你親自實現(xiàn)的分析)。從分析平臺搭建、Linux和R基礎、圖表解讀和繪圖實戰(zhàn)、擴增子分析標準流程、功能預測、差異統(tǒng)計分析以及各類高級分析(進化樹、網(wǎng)絡、環(huán)境因子、隨機森林、Adaboost和來源追溯等)，和CNS級圖片編輯和排版。3天時間，老司機帶您完成自學需要3個月甚至是3年的崎嶇之路，助力您真正玩轉擴增子分析。

課程大綱

每節(jié)課1小時一個主題，理論結合實戰(zhàn)，學懂原理，實戰(zhàn)操作，全是老司機多年經驗和代碼的無私分享。下面是課程安排，如11代表第一天第一節(jié)課，26代表第二天第六節(jié)課，41為兩周后的線上集中視頻答疑。

編號主題簡介

11	分析平臺搭建	Win10:git、R、Rstudio、R包、STAMP、AI等
12	Linux基礎	簡介、優(yōu)勢、常用操作、序列處理、軟件安裝等
13	R基礎	發(fā)展史、生物學中應用、ggplot2繪圖、模板
14	圖表解讀	常用16種圖表意義、使用場景
15	結果可視化	16種圖表的數(shù)據(jù)整理和在線繪制
16	發(fā)表級圖版制作	Adobe Illustrator制作CNS標準圖版
21	擴增子介紹	背景知識、分析原理、科學問題
22	擴增子分析流程	vsearch+usearch跨平臺分析流程
23	STAMP統(tǒng)計分析	玩轉樣本篩選、差異比較和統(tǒng)計圖表保存
24	多樣性分析	R語言實現(xiàn)多樣性、物種組成和差異比較圖表
25	QIIME2	Linux平臺QIIME2私人定制流程
26	網(wǎng)絡分析	文章解讀，實戰(zhàn)網(wǎng)絡繪制和屬性比較
31	PICRUSt功能預測	KEEG功能組成預測和統(tǒng)計繪圖
32	Faprotax,Bugbase	細菌元素循環(huán)和表型層面功能挖掘
33	機器學習	隨機森林分類回歸，重現(xiàn)兩篇Nature分析、來源追溯
34	進化分析	序列篩選、比對、進化樹構建和美化
35	環(huán)境因子	文章解讀，高分文章重現(xiàn)
36	研究熱點展望	總結、把握研究熱點、展望技術發(fā)展趨勢
37	考試50題	自評學習效果、知識點回顧
41	答疑-線上	答疑、考試內容串講

教程內容簡介如下：

一、生信基礎知識和技巧

還在為沒有Linux服務器而無法分析擴增子數(shù)據(jù)而苦惱嗎？其實你的個人電腦就是擴增子分析的利器。易生信團隊獨創(chuàng)實現(xiàn)了跨平臺的分析流程，在大家的Windows筆記本上可以輕松實現(xiàn)擴增子領域的絕大多數(shù)分析，第一節(jié)課帶你輕松在自己的本本上搭建數(shù)據(jù)分析平臺。

圖1. 易生信首創(chuàng)基于Win10優(yōu)化的擴增子分析流程，筆記本秒變大數(shù)據(jù)分析平臺

推薦使用Windows10系統(tǒng)，8G及以上內存分析更流暢。 我們也會分享給大家在Linux上配置整個分析流程的代碼 (Mac跟Linux類似，無須區(qū)別對待，但部分軟件可能安裝方式不同，未做深入測試，不建議參加培訓時使用）。

同時講解生物學家必要掌握的Shell和R語言基礎知識，保證你高效、穩(wěn)定的使用擴增子分析平臺。

圖2. Shell和R學習大綱，首創(chuàng)Rstuio中鼠標點擊可完成Shell腳本和R語言分析，既打開生信的大門，又不會增加生物學家時間成本

二、圖表解讀和繪制

針對很多老師缺少系統(tǒng)的生信背景，看不懂分析文章圖表，更對繪制各式圖表手足無措。

我們推出過如下兩個系列，共16篇原創(chuàng)文章，對8種圖形進行講解和R語言繪圖。

• 擴增子圖表解讀-理解文章思路

• 擴增子統(tǒng)計繪圖-沖擊高分文章

但這些只是入門，在培訓上，我們將結合發(fā)表高水平文章，進一步講解16種常用分析圖型結果的原理和使用范圍，讓您不僅讀懂圖，更知道如何應用于自己的研究，并親自輕松完成繪圖。

針對大家使用R語言繪圖學習時間成本較高的問題，易生團隊針對常用16種圖開發(fā)了免費繪圖網(wǎng)站，一鍵出圖，更可鼠標點選參數(shù)修改圖形的個性樣式。

圖3. 16種常用圖形的繪制。可使用我們的在線繪圖工具實現(xiàn)。

為了讓各種統(tǒng)計圖片實現(xiàn)出版級的組圖，特開設了一節(jié)Adobe Illustrator修圖排版課，講述基本使用技巧，輕松掌握精髓，讓你文章圖版檔次向CNS看齊，輕松成為實驗室的修圖和拼圖達人。

圖4. AI排版本子圖為CNS出版級組圖示例(Science, 2016封面文章)

三、擴增子基礎和分析流程

圖5. 典型的擴增子結構模型圖

• 擴增子背景知識

背景：國際微生物組(人類HMP、環(huán)境EMP)計劃、中國微生物組計劃

研究對象：人、動物、植物、環(huán)境

研究方法：培養(yǎng)組學、擴增子測序 (最常用)、宏基因組、宏轉錄組、宏蛋白組、宏代謝組、宏表觀組等

宏基因組學的研究熱點：微生物多樣性、宏基因組、培養(yǎng)組、腸菌與疾病、MWAS

擴增子基本原理：細菌/古菌 16S、真菌18S/ITS結構、引物選擇等

實驗設計：樣品制備和建庫中的誤區(qū)

文章套路：擴增子分析SCI文章的物種組成、功能預測常用套路

主流方法優(yōu)缺點比較：QIIME、QIIME2、mothur、Usearch-unois3、dada2等方法

• 擴增子分析流程

之前我們發(fā)布了基于QIIME(引用16000+)+USEARCH(引用10000+)組合的史上最詳細中文擴增子分析流程，累計閱讀10000+。

• 擴增子分析流程-把握分析細節(jié)

同時在去年也推出了2018年正式接檔QIIME的最新流程QIIME2的官方中文幫助文檔，累計閱讀5萬+。

• QIIME2中文教程-把握分析趨勢

想使用QIIME和QIIME2的小伙伴可直接點擊上方鏈接學習。課上也會帶大家用服務器操作，分享最新私人定制流程。

但上面兩種分析流程仍有很多缺點，如需要Linux服務器，安裝和操作復雜，學習時間成本過高等不足。

易生信團隊組織宏基因組、生信寶典的一線生信專家，為廣大生物學家，定制了一套安裝部署簡單、鼠標點擊編程、支持主流操作系統(tǒng)、學習成本低、又靈活的擴增子分析流程，助力生物學家輕松分析數(shù)據(jù)，更專注生物學現(xiàn)象的挖掘。

圖6. 擴增子分析流程金字塔，數(shù)據(jù)量從下向上逐漸減少

• 擴增子流程如下：

實驗設計的編寫

Illumina測序數(shù)據(jù)的質控：fastqc, mulitqc

質控流程：雙端序列合并、切除barcode和引物、質控

生成OTU/ASV：序列去冗余、聚類clust_otu生成OTU或unoise3去噪生成ASV(Amplicon Sequence Variants)

OTU篩選：嵌合體生成原理及去除方法、去除線粒體、葉綠體和宿主非特異擴增污染、生成代表性序列和OTU表

物種注釋及進化樹構建

常用Alpha多樣性指數(shù)計算

常用Beta多樣性距離矩陣計算

現(xiàn)在你可以在自己筆記本或臺式機上輕松分析擴增子啦！并且支持最新的去噪生成ASV方法，想自己親自分析的朋友，快來北京參加擴增子專題培訓班吧！

圖7. 常用宏基因組統(tǒng)計作圖軟件STAMP & LEfSe

引用過千次的STAMP繪制Extended barplot大家應該很常見，帶你半小時速成。LEfSe引用超2700次，它的柱狀圖和圈圖隨處可見，但服務器超級難用，即上傳痛苦，又要久等。我們?yōu)閷W員定制了國內專享服務器，隨時為你服務。有服務器的伙伴還可以獲得安裝和使用的教程，在自己的服務器上可重復計算，不受網(wǎng)絡和地域限制自己隨時隨地使用。

四、可重復計算和統(tǒng)計繪圖

對于可重復計算要求比較高、對細節(jié)有進一步分析要求的學員，我們還會教大家當前最頂級的R語言統(tǒng)計分析框架，讓你零基礎輕松實現(xiàn)可重復計算，滿足頂級文章的代碼公開和網(wǎng)頁可重復要求(這些資源在生信公司是價格幾十萬的絕密流程代碼，一般人是沒有機會見到的)。

圖8. 數(shù)10種高質量圖的R源代碼實現(xiàn)可重復計算

在自己電腦上輕松修改輸入文件、參數(shù)。可全程記錄分析過程，保證從數(shù)據(jù)到發(fā)表級圖形的可重復計算，讓團隊分析水平上升到大牛級別。

Alpha多樣性各種指數(shù)：Shannon、Chao1、Observed OTU、PD whole tree等，并配合Anova，LSD統(tǒng)計；

Beta多樣性各種距離矩陣：Bray Curtis、Jaccard、Weighted Unifrac、Unweighted Unifrac等結果的樹狀圖、箱線圖、散點圖展示樣品間差異；并配合Adonis, Anosim, MRPP統(tǒng)計

有監(jiān)督的主坐標軸分析 (CCA/RDA)，展示組間差異，anova.cca統(tǒng)計

DESeq/edgeR/t.test/wilcoxon統(tǒng)計組間差異，計算Pvalue和FDR

熱圖、曼哈頓圖、火山圖展示兩組間比較差異分類單元、OTU/ASV

韋恩圖、三元圖、網(wǎng)絡圖展示兩組及多組間相同與不同

五、功能預測和機器學習

學習PICRUSt分析原理、常用結果展示樣式及文章解讀。實戰(zhàn)進行官網(wǎng)、本地、在線分析，并對結果進行整理，方便STAMP、LEfSe以及R分析。下圖為預測結果經STAMP快速分析的結果展示，學員可以在老師帶領下35分鐘內完成以上分析。

圖9. 功能預測結果使用STAMP統(tǒng)計和可視化

對于不滿足用KEGG功能預測和統(tǒng)計結果的小伙伴，我們還進一步講解FAPROTAX (2016, Science)的分析，適合研究環(huán)境、元素循環(huán)的同行；此外還有BUGBASE分析，實現(xiàn)細菌代謝、厭氧性、革蘭氏分類等表型預測，適合醫(yī)學領域的同行使用。

圖10. 重現(xiàn)兩篇Nature文章機器學習分類和回歸分析

上圖：Wilck-2017-Nature，采用Adaboost進行分類和測試集驗證準確率。
下圖：Subramanian-2014-Nature，采用隨機森進行回歸、交叉驗證、測試集檢驗模型準確率和熱圖展示特征OTUs時間序列變化。
高分文章離我們并不是遙不可及，在你的本本上，1個小時輕松重現(xiàn)每一個子圖的分析和繪制。讀懂這兩類分析的結果。

六、網(wǎng)絡和環(huán)境因子分析

圖11. 兩組網(wǎng)絡比較、以及網(wǎng)絡屬性比較(Wang-2018-Gut)

還以為隨便畫個網(wǎng)絡就能當文章的主圖嗎？這個時代早已成為歷史。現(xiàn)在的高分文章，至少要求多網(wǎng)絡比較，標配網(wǎng)絡屬性比較。在這里有微生物所微生物網(wǎng)絡研究方向的博士，帶你進入網(wǎng)絡的世界，四步走實現(xiàn)即美觀又有意義的網(wǎng)絡分析：讀懂網(wǎng)絡——繪制單個網(wǎng)絡——繪制多個網(wǎng)絡——網(wǎng)絡屬性比較及可視化。這么前沿的技術，估計世界范圍內只有這里會教你。

圖12. 環(huán)境因子分析(Metcalf-2016-Science)

環(huán)境因子分析是很多研究的標配，常用的Vegan包引用過萬次就知道它的重要性。但平時看到的圖不是低分文章，就是不夠美觀。易生信團隊精選Rob Knight團隊2016年Science雜志中經典環(huán)境因子分析為例，讓你的分析和可視化一步到位，向CNS看齊。

往期精彩回顧

主講教師

主講老師包括中科院微生物所、遺傳發(fā)育所、基因組所、生物物理所等多名本領域一線技術專家。

劉永鑫 中科院遺傳發(fā)育所 工程師

劉永鑫，博士。2008年畢業(yè)于東北農業(yè)大學微生物學專業(yè)，2014年于中國科學院大學獲生物信息學博士學位，2016年中科院遺傳發(fā)育所博士后出站留所任工程師。目前主要研究方向有微生物組數(shù)據(jù)分析、方法開發(fā)和科學傳播。目前以第一作者(含共同)或微生物組數(shù)據(jù)分析負責人在Science、Nature Biotechnology、Cell Host & Microbe 等雜志發(fā)表論文20余篇，引用千余次。作為中國唯一單位代表參與微生物組分析平臺QIIME 2開發(fā)。受邀以第一作者和/或通訊作者(含共同)在Protein & Cell、Current Opinion in Microbiology、遺傳 等雜志發(fā)表微生物組研究方法綜述。2017年7月創(chuàng)辦“宏基因組”公眾號，目前分享本領域相關原創(chuàng)文章1800余篇，代表作品有《微生物組圖表解讀、分析流程和統(tǒng)計繪圖》、《QIIME2中文教程》等系列，關注人數(shù)9萬+，累計閱讀1400萬+。

陳同 易漢博基因科技 CEO

陳同，博士，2015畢業(yè)于中科院遺傳與發(fā)育生物學研究所，生物信息專業(yè)博士，在Cell Stem Cell(IF=23.2，第一作者兼封面文章)、Nucleic Acids Research X 2、Protein & Cell、Stem Cells and Development?等高水平雜志以第一作者或主要作者發(fā)表文章，運營有數(shù)萬人關注的《生信寶典》微信公眾號，給你不一樣的學習生信體驗。

周欣 中科院微生物所 博士在讀

周欣，中科院微生物碩博連續(xù)在讀博士生（5年級），曾在加拿大農業(yè)與農業(yè)食品部-渥太華研究發(fā)展中心微生物生物信息研究組聯(lián)合培養(yǎng)一年。熟悉高通量擴增子和宏基因組數(shù)據(jù)的處理及下游差異統(tǒng)計分析工作。目前主要研究方向為植物病害（土傳病害）相關的微生物組學研究。在宏基因組公眾號發(fā)表《再這么配培養(yǎng)基，你的細菌都被毒死了！》、《VSEARCH操作實戰(zhàn)-免費使用價值萬元的USEARCH》、《iTOL快速繪制顏值最高的進化樹！》等。

助教團隊

十余名中國科學院、清華、北大博士(含在讀)，輪值講師和助教，輔助學員學習和矯正培訓過程中不足的點。

授課模式

本課程以講解流程和實際操作為主，采用獨創(chuàng)四段式教學：

• 第一階段 3天集中授課；

• 第二階段 自行練習2周；

• 第三階段 在線直播答疑；

• 第四階段 培訓視頻繼續(xù)學習；

• 實現(xiàn)教-練-答-用四個環(huán)節(jié)的統(tǒng)一協(xié)調。

培訓時間

2020-08-14到 2020-08-16(線上講解實戰(zhàn)，線下開放待定)
每天早9點到晚6點，半封閉式教學 (最后1小時為集中討論時間，最后一天會稍微提前一些，多留出時間討論，也方便老師乘車返回)
報到時間：上課當天

授課地點

北京市西城區(qū)鼓樓西大街41號院1號樓223

課程價格

1. 開課兩周前報名 4500 元/人 (住宿自行解決，提供培訓期間午餐)

2. 名額有限，每次課程報名滿40人后自動關閉報名通道

3. 提供易漢博基因科技實習機會或工作機會

注意事項 *

1. 需自備筆記本電腦。推薦使用win10系統(tǒng)，4G以上內存。如果使用其它操作系統(tǒng)，以培訓軟件能安裝運行為主。

2. 課程實踐根據(jù)需要會提供云計算平臺。

3. 培訓班所有數(shù)據(jù)，文檔為內部資料，僅供參閱，未經允許不得翻印外傳登刊。

4. 上課期間禁止錄音，錄像。

5. 成功付款的學員，若臨時有緊急事情不能到來的，可申請延期，更換后續(xù)培訓班；也可申請退款。

6. 若臨時有事不能參加，請?zhí)崆奥?lián)系。開課前兩周退報，預付款全退。開課前兩周內，預付款退800元，開課前一周內，預付款退500，開課前兩天，預付款不退。

7. 不可先延期再退款。

更多課程的詳細介紹，請掃描下方二維碼。

易生信同時推出多門相關課程，連報優(yōu)惠——同時選2門課，95折；三門課9折，4門及以上85折。還可與團購同時優(yōu)惠！推薦擴增子(入門)+宏基因組(進階)按順序學習，祝你分析水平更上一層樓，成為實驗中不可或缺的人，趕快報名吧！。

訪問 http://www.ehbio.com/Training/ 或點擊閱讀原文跳轉報名頁

總結

以上是生活随笔為你收集整理的微生物组-扩增子16S分析第9期(报名直播课免费参加线下2020.8)的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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