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傻瓜系列教程斷斷續續出了5篇了，依次為：

• 生信寶典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因組序列
• 生信寶典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的調控網絡
• 生信寶典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里發光 - 如何查找基因在發表研究中的表達
• 生信寶典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作網絡在線搜索
• 生信寶典之傻瓜式 (五) 文獻挖掘查找指定基因調控網絡

這次介紹的是如何查找某個轉錄因子在某個細胞系中調控哪些基因。

轉錄因子對基因的調控最直接的方式就是從轉錄因子是否在對應基因啟動子區或鄰近有結合，這是TF ChIP-seq所要解決的問題 (當然ATAC-seq配合motif分析也可以)。

哈佛大學劉小樂教授課題組收集并重頭分析了38,667個TF、Histone、Chromatin Accessibility數據并把每個樣品的質量評估、比對結果、峰圖數據、結合peak和靶基因等數據共享在CISTROME平臺供我們使用。

這樣我們在預實驗和確定研究思路時不需要把數據下載下來、分析一遍，而是直接在平臺搜索、點選即可獲得結果。

CISTROME訪問鏈接是http://cistrome.org/db/ (微信中不允許外鏈，不想拷貝輸入的可以后來回復 cistrome獲取可點擊的鏈接)。

操作很簡單，官網還提供了一個9分鐘視頻，練練英語也不錯。

搜索感興趣的細胞系或TF、Histone

查看某個數據集

點擊某個數據集可查看其實驗信息, 質量信息，在基因組瀏覽器查看峰圖，下載peak和峰圖文件，下載靶基因。

多個樣品的靶基因列表下載下來，可以用高顏值在線繪圖繪制Venn圖，查看交并集情況。

自己處理peak文件，不要忘了可以使用bedtools (簡單好上手)。

查找目標基因是否受調控

在Check a putative target處輸入目的基因，查看其受調控情況，還可以跳轉到基因組瀏覽器，查看更多信息。

多個樣品比較查看

如果關注不同分化水平或不同組織之間轉錄一直結合、組蛋白修飾水平的差別和靶基因的差別，可同時選中目標樣品，一鍵導入UCSC基因組瀏覽器或WashU Browser基因組瀏覽器查看, 生成ChIP類文章不可缺少的reads分布峰圖。

數據批量下載

也可以填寫申請，批量下載關注的數據, 利用我們提供的分析流程進行進一步的分析。

想不想趕一下大牛的分析

在廣大粉絲的期待下，《生信寶典》聯合《宏基因組》于2018年4月14在北京鼓樓推出《ChIP-seq分析專題培訓》，為大家提供一條走進生信大門的捷徑、為同行提供一個ChIP-seq實戰分析學習和交流的機會、助力學員真正理解分析原理和完成實戰分析， 獨創線下集中授課2天+自行練習5天+再集中講解答疑2天+后期學習群的四段式教學，并提供學習視頻，教、學、練、答結合，真正實現獨立分析大數據。

關于學習生物信息學分析的重要性，請閱讀《生物信息9天速成班—成為團隊中不可或缺的人》。

ChIP-seq基本分析流程見流程。課程將在這個基礎上，提供更深入地分析指導。

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的生信宝典之傻瓜式(六)查找转录因子的靶基因的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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