翻譯：黃小偉，資深大數(shù)據(jù)分析從業(yè)者。目前就職杭州有贊數(shù)據(jù)分析團(tuán)隊(duì)!

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2020年12月，123個(gè)R新包收錄于CRAN（2020年11月份收錄292個(gè)），累計(jì)收錄18,010個(gè)R包！此次選摘了40個(gè)R包（九個(gè)類別），分布結(jié)構(gòu)如下：

以下是本期（總第49期）R新包的核心功能介紹：

一.?計(jì)算方法

1.?FKF.SP: 提供了一種快速靈活的Kalman濾波實(shí)現(xiàn)方法，利用序列處理，然后通過最大似然估計(jì)進(jìn)行有效的參數(shù)估計(jì).

2. rminizinc:?提供與MiniZinc的接口，它是一種免費(fèi)的開源約束建模語言，當(dāng)可以根據(jù)任意約束對問題進(jìn)行建模時(shí)，該語言用于從大量候選對象中識別可行的解決方案.

3.?nosiySBM: 實(shí)現(xiàn)了變分期望最大化算法，將一個(gè)噪聲隨機(jī)塊模型擬合到一個(gè)觀察到的稠密圖上，并進(jìn)行節(jié)點(diǎn)聚類.

4.?qsimulatR: 實(shí)現(xiàn)最多具有24個(gè)量子位的量子計(jì)算機(jī)模擬器，該模擬器提供許多通用門，并允許用戶定義通用單個(gè)量子位門和通用受控單個(gè)量子位門。該軟件包支持繪制電路并將電路導(dǎo)出到Qiskit，這是一個(gè)Python軟件包，可用于在IBM的Quantum硬件上運(yùn)行.

二. 數(shù)據(jù)

1.?eyedata: 提供來自倫敦Moorfields眼科醫(yī)院治療患者的匿名真實(shí)生活開源數(shù)據(jù)集.

2. rgugik: 自動(dòng)化開放數(shù)據(jù)采集，包括來自波蘭大地測量和制圖總部的光柵和矢量數(shù)據(jù).

3.?readrba: 提供工具從澳大利亞儲備銀行的數(shù)據(jù)中下載當(dāng)前和歷史統(tǒng)計(jì)表和預(yù)測，這些數(shù)據(jù)包括廣泛的澳大利亞宏觀經(jīng)濟(jì)和金融時(shí)間序列.

4.?threesixtygiving: 支持對360Giving（英國慈善捐贈數(shù)據(jù)庫）公開數(shù)據(jù)的訪問.

5.?USgas: 支持與美國能源信息管理局的鏈接，提供縣級天然氣需求和概述.

三.基因組學(xué)

1.?polyqtlR: 提供多倍體雙親F1群體數(shù)量性狀基因座（QTL）分析的功能.

2. RPPASPACE: 提供用于分析反相蛋白質(zhì)陣列（RPPA）的工具，該陣列也稱為組織裂解物陣列或簡單裂解物陣列.

3. RVA: 在RNAseq分析中，支持下游可視化和路徑分析的自動(dòng)化實(shí)現(xiàn).

四. 機(jī)器學(xué)習(xí)

1. comparator: 實(shí)現(xiàn)用于比較字符串、序列和數(shù)字向量的函數(shù)，用于集群和記錄鏈接應(yīng)用程序。它包括用于比較序列/字符串的廣義編輯距離、用于標(biāo)記集模糊比較的Monge-Elkan相似性和用于比較數(shù)值向量的L-p距離.

2. DoubleML: 針對部分線性回歸模型、線性工具變量回歸模型、交互回歸模型和交互工具變量回歸模型，實(shí)施Chernozhukov等人（2018）的雙/基于Debiase的機(jī)器學(xué)習(xí)框架.

3.?functClust: 支持將組成交互式系統(tǒng)的組件聚類，以實(shí)現(xiàn)一個(gè)或多個(gè)集體的系統(tǒng)性能.

4.?mlpack: 實(shí)現(xiàn)與mlpack C ++機(jī)器學(xué)習(xí)庫的綁定.

5.?RFCCA: 使用典型相關(guān)分析實(shí)現(xiàn)隨機(jī)林，這是一種根據(jù)主題相關(guān)協(xié)變量估計(jì)兩組變量之間典型相關(guān)的方法.

五.?醫(yī)藥學(xué)

1. babsim.hospital: 實(shí)現(xiàn)了醫(yī)院資源規(guī)劃的離散事件仿真模型。受當(dāng)前COVID-19大流行中衛(wèi)生保健機(jī)構(gòu)所面臨的挑戰(zhàn)的影響，衛(wèi)生部門可以利用它來預(yù)測對重癥監(jiān)護(hù)病床、呼吸機(jī)和人力資源的需求.

2.?healthyR:?提供一個(gè)醫(yī)院數(shù)據(jù)分析工作流工具，包括建模工具和用于查看常見行政醫(yī)院數(shù)據(jù)的工具，如平均住院時(shí)間、再入院率、按服務(wù)項(xiàng)目列出的平均凈付款額等.

3.?metaSurvival: 提供評估匯總生存曲線中的信息并測試層間異質(zhì)性的功能.

六. 科學(xué)

1. cmcR: 實(shí)現(xiàn)了Song（2013）提出的用于彈殼識別的全等匹配單元方法，以及Tong等人提出的方法的擴(kuò)展.

2. envi: 提供使用發(fā)生數(shù)據(jù)、協(xié)變量、基于核密度的估計(jì)和空間相對風(fēng)險(xiǎn)的環(huán)境插值工具。有關(guān)空間相對風(fēng)險(xiǎn)的詳細(xì)信息，請參見Davies et al.（2018），Bithell（1990）用于核密度估計(jì)，Bithell（1991）用于相對風(fēng)險(xiǎn)估計(jì).

3.?PAMpal: 提供加載和處理被動(dòng)聲學(xué)數(shù)據(jù)的工具，包括讀取Pamguard數(shù)據(jù)、處理和導(dǎo)出數(shù)據(jù)的功能.

七. 統(tǒng)計(jì)學(xué)

1. bpcs: 使用Stan實(shí)現(xiàn)成對比較數(shù)據(jù)分析模型，包括隨機(jī)效應(yīng)、預(yù)測因子的廣義模型和Bradley-Terry模型的順序效應(yīng)貝葉斯版本.

2. brolgar: 提供一個(gè)工具框架，用于總結(jié)、可視化和探索縱向數(shù)據(jù)，包括計(jì)算特征和匯總統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)以及對單個(gè)序列進(jìn)行采樣的方法.

3. MASSExtra: 為MASS包提供增強(qiáng)、擴(kuò)展和添加（例如Gramm-Schmidt正交化和廣義特征值問題），并提供方便的默認(rèn)設(shè)置和用戶界面.

4.?motifr: 提供用于多級網(wǎng)絡(luò)中的主題分析的工具，以可視化多級網(wǎng)絡(luò)，對多級網(wǎng)絡(luò)主題進(jìn)行計(jì)數(shù)并將主題出現(xiàn)與基準(zhǔn)模型進(jìn)行比較.

5. OptCirClust: 基于優(yōu)化框架聚類的核心算法，為循環(huán)、周期或框架數(shù)據(jù)提供快速（運(yùn)行時(shí)=O（K N log^2 N）、最佳、可重復(fù)的聚類算法.

6.?pflamelet: 提供計(jì)算持久性Flamelet的函數(shù)，這是一種用于探索Padellini和Brutti（2017）中介紹的尺度空間族拓?fù)洳蛔兞康慕y(tǒng)計(jì)工具.

7.?PRDA: 執(zhí)行Gelman&Carlin（2014）提出的設(shè)計(jì)分析，將功率分析評估與其他推斷風(fēng)險(xiǎn)相結(jié)合.

8.?puls: 通過提供一種使用曲線的子區(qū)域信息對功能數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類的方法來補(bǔ)充fda和fda.use包.

八. 應(yīng)用工具

1. coro: 提供協(xié)同程序，這是一系列可以在以后掛起和恢復(fù)的函數(shù)。這包括異步函數(shù)（等待）和生成器（產(chǎn)生）.

2. dataReporter: 提供用于自動(dòng)生成可自定義數(shù)據(jù)報(bào)告的函數(shù)，該報(bào)告顯示數(shù)據(jù)集中的潛在錯(cuò)誤.

3.?DescrTab2: 提供為連續(xù)變量和分類變量創(chuàng)建描述性統(tǒng)計(jì)表的函數(shù).

4.?libr: 提供創(chuàng)建數(shù)據(jù)庫、生成數(shù)據(jù)字典和模擬數(shù)據(jù)步驟的功能.

5.?outsider: 允許用戶通過使用Docker和聯(lián)機(jī)存儲庫在R中安裝和運(yùn)行外部命令行程序.

6.?srcr: 提供一個(gè)簡單的工具，用于從源代碼中提取連接詳細(xì)信息（包括機(jī)密憑據(jù)），并管理常用數(shù)據(jù)庫連接的配置.

九. 數(shù)據(jù)可視化

1.?ComplexUpset: 提供創(chuàng)建翻轉(zhuǎn)圖的函數(shù)，該函數(shù)提供了對集合重疊可視化的維恩圖的改進(jìn).

2. nmaplateplot: 提供網(wǎng)絡(luò)元分析（NMA）結(jié)果的圖形顯示，該結(jié)果適用于優(yōu)勢比、風(fēng)險(xiǎn)比、風(fēng)險(xiǎn)差異和標(biāo)準(zhǔn)化平均差異等結(jié)果.

3.?PantaRhei: 提供產(chǎn)生Sankey圖的功能，這些圖用于可視化保守物質(zhì)通過系統(tǒng)的流動(dòng).

說明：限于個(gè)人水平，錯(cuò)誤之處難免，煩請批評指正，共同交流~

原文：https://rviews.rstudio.com/2021/01/29/dec-2020-top-40-new-cran-packages/

北京大學(xué)出版社《R語言數(shù)據(jù)分析與可視化從入門到精通》

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（請備注姓名-學(xué)校/企業(yè)-職務(wù)等）

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的精选| 2020年12月R新包推荐(第49期）的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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