多個(gè)基因集富集結(jié)果展示

通常我們會(huì)同時(shí)對(duì)多個(gè)基因集分別進(jìn)行富集分析，結(jié)果放在一起展示。這時(shí)我們需要在富集結(jié)果后面加一列，標(biāo)記該結(jié)果是哪個(gè)基因集的富集，在Excel中可以很方便地操作。如下面動(dòng)圖所示，分組的名字自己根據(jù)實(shí)際取名即可。

有了這個(gè)多組基因富集后整合起來的數(shù)據(jù)，就可以用BIC繪圖了。數(shù)據(jù)粘貼就不展示了，直接看參數(shù)選擇。

與單組富集結(jié)果相比，最大的改動(dòng)就在：

• 新增的Group列而非 log_odds_ratio列作為橫軸(X-axis)信息

提交后獲得結(jié)果。圖中每個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)富集的條目，在Y軸有對(duì)應(yīng)標(biāo)記。每一列是一組基因的富集結(jié)果。三組共有的富集在最上面，2組共有的富集在中間，每組特有的富集在底部。每個(gè)點(diǎn)的大小代表用于分析的基因集中匹配到該通路的基因數(shù)目，顏色代表富集程度。

如果希望在顯示多組時(shí)，依然保留log_odds_ratio的信息，也可以。這里換一套數(shù)據(jù)更好展示(因?yàn)镚roup2、Group3是模擬數(shù)據(jù)，直接從Group1中抽取出來的，所以繪制出來會(huì)存在重疊)

GOID Ontology Term Level q m t k log_odds_ratio p Group GO:0006730 biological_process one-carbon metabolic process 4 340 57 45240 13378 1.012309306 0.001481151 Group1 GO:0007154 biological_process cell communication 2 2169 6843 45240 13378 0.100137585 0.007326261 Group1 GO:0007165 biological_process signal transduction 5 1955 6136 45240 13378 0.107606604 0.006325629 Group1 GO:0023052 biological_process signaling 1 2100 6613 45240 13378 0.102820905 0.006590727 Group1 GO:0044700 biological_process single organism signaling 2 2100 6613 45240 13378 0.102820905 0.006590727 Group1 GO:0050896 biological_process response to stimulus 1 3251 10438 45240 13378 0.074846633 0.012472089 Group1 GO:0006730 biological_process one-carbon metabolic process 4 340 57 45240 13378 1.212309306 0.001481151 Group2 GO:0007154 biological_process cell communication 2 2169 6843 45240 13378 0.200137585 0.007326261 Group2 GO:0007165 biological_process signal transduction 5 1955 6136 45240 13378 0.207606604 0.006325629 Group2 GO:0023052 biological_process signaling 1 2100 6613 45240 13378 0.302820905 0.006590727 Group2 GO:0007165 biological_process signal transduction 5 1955 6136 45240 13378 0.307606604 0.006325629 Group3 GO:0023052 biological_process signaling 1 2100 6613 45240 13378 0.202820905 0.006590727 Group3

• log_odds_ratio列依然作為橫軸(X-axis)信息

• 新增的Group列作為Shape variable，用不同的形狀表示不同的組

• Shape variable order是可選項(xiàng)，調(diào)節(jié)組的順序，默認(rèn)不填寫或按需設(shè)置都可

• 修改下顏色，用colorPicker設(shè)置，前面工具有介紹

提交后獲得結(jié)果。圖中每個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)富集的條目，在Y軸有對(duì)應(yīng)標(biāo)記。這些條目按其log_odds_ratio的值排序后展示，log_odds_ratio高的條目在Y軸上方展示；每個(gè)點(diǎn)的大小代表用于分析的基因集中匹配到該通路的基因數(shù)目，顏色代表富集程度。點(diǎn)的形狀則代表其所屬的組信息。

但是這個(gè)圖出現(xiàn)了一個(gè)問題，圖例顯示不全。最簡(jiǎn)單的解決辦法就是把圖的寬度和高度調(diào)大。

結(jié)果就正常了，可以下載PDF版、PPT版（如果選了參數(shù)）和對(duì)應(yīng)的R代碼

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的多个基因集富集结果泡泡图绘制展示的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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