http://blog.genesino.com/2018/03/ampliconseqsumamry/

從2017年11月份到2018年3月份，共進行了5次培訓(xùn)研討活動，內(nèi)容依次為轉(zhuǎn)錄組高級分析、生物信息作圖系列R、Cytoscape及圖形排版、應(yīng)用Python處理生物信息數(shù)據(jù)和作圖、微生物組擴增子分析、應(yīng)用Linux處理生物信息數(shù)據(jù)和分析流程。

從培訓(xùn)網(wǎng)站的課程順序可以看到，最開始設(shè)計是從Linux開始的，隨后是R和Python，這是生物信息分析的三個基礎(chǔ)課程。后面是針對各個專題分別講述。希望通過這么一個循序漸進的過程，利用半年時間，3節(jié)基礎(chǔ)課，1節(jié)專題課的學(xué)習(xí)可以熟悉一門操作，再加上半年的練習(xí)，就可以成為生信基礎(chǔ)和某個專題有些心得和體會的生信能手。假以時日，通一而博它，都可以成為生信分析的高手。

轉(zhuǎn)錄組高級分析

但實際開課是從轉(zhuǎn)錄組高級分析開始的。轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用廣泛、測序門檻低，只要手上有樣品，提取、建庫、測序，公司都可以搞定，價錢又實惠。因此對轉(zhuǎn)錄組分析有需求、對轉(zhuǎn)錄組結(jié)果解讀有需求，對轉(zhuǎn)錄組如何設(shè)計有需求的朋友就會比較多。

轉(zhuǎn)錄組分析流程簡明，易于理解，是學(xué)習(xí)高通量測序的一個好的入門課程。另外在清晰的框架后面，又隱藏著不少需要注意的細節(jié)，具體見轉(zhuǎn)錄組分析的正確姿勢和120分的轉(zhuǎn)錄組考題，你能得多少。

轉(zhuǎn)錄組課程總體上是取得了不錯的結(jié)果。前兩天以集中講練為主，在講述了原理后，進行上機操作。大部分學(xué)員有一定的Linux和R基礎(chǔ)，上手還都是比較快的。但也有一些共性的問題，比如一些步驟原理的理解不到位、一些軟件的參數(shù)不太了解、對Linux路徑概念不太熟悉、想修改參數(shù)又不了解其含義、不熟悉如何查找?guī)椭取?/p>

課堂上，在助教的幫助下，這些問題都得到了解決。但依然還會有部分問題會在后面5天的實戰(zhàn)中和最后2天答疑中被反復(fù)提及。因此在最后的串講和后期錄制的視頻中對這些問題進行了重點論述。

9天下來，總體感覺是大家都進步很大，對轉(zhuǎn)錄組分析的原理有了更深的了解、能獨立完成流程操作，并拓展應(yīng)用到自己的數(shù)據(jù)分析，更實現(xiàn)學(xué)以致用。5月份，我們再次開始了轉(zhuǎn)錄組分析課程，這次邀請了在三代轉(zhuǎn)錄組測序領(lǐng)域分析前沿自己開發(fā)過多個分析軟件的美國愛荷華大學(xué)王老師，同時進行二代+三代的轉(zhuǎn)錄組分析。有需要的朋友，可以提前行動了。

微生物組擴增子分析

在3月份的微生物組擴增子分析中，整體換了一個思路。擴增子測序分析流程基于Usearch (大數(shù)據(jù)使用vsearch)，安裝方便，Windows、Mac和Linux都可以使用。在Windows下，配合Rstudio和gitforwindows實現(xiàn)同時在Rstudio平臺下運行Shell腳本流程和R繪圖。整體流程由多位經(jīng)驗豐富的老師根據(jù)自己的多年體會整理而來，更貼近分析的前沿。

在首次運行流程時，摒棄了以往讓大家輸入的模式，而是改為了在Rstudio界面下點擊運行，完成整個流程的操作。由此帶來的好處時，大家都可以很快親自完成第一遍流程分析，在這一步操作時更多的是體會每一步要做什么，做了什么。有了整體的概念后，再走第二遍流程，可以輸入或自己在點擊運行，去理解每一個命令的含義。這樣基礎(chǔ)好一些的朋友對流程能有更深入理解，去探討流程內(nèi)的程序?qū)懽?#xff1b;基礎(chǔ)弱一些的朋友則可以多次理解這個流程，并探討如何把這個流程應(yīng)用于自己的數(shù)據(jù)。

為了更好地方便學(xué)習(xí)和應(yīng)用，我們寫的流程自動化程度比較高，只需要按要求做好實驗設(shè)計文件，就可以應(yīng)用于自己的數(shù)據(jù)的分析。繪圖腳本也提供了輸入、輸出和調(diào)整參數(shù)，另外還有在線工具可輔助出圖 (www.ehbio.com/ImageGP)。這些腳本無論線上還是線下課程都是提供給大家的。

擴增子分析應(yīng)該是目前最成功的一次研討活動，學(xué)習(xí)熱情高，收獲知識多，適合不同基礎(chǔ)的朋友學(xué)習(xí)。參與培訓(xùn)研討的朋友有高校教授，副教授，他們水平本來就很高了，在相互交流互動中也解決了我們的一些知識盲點。我們在總結(jié)這次培訓(xùn)時，也決定在以后的課程設(shè)置中，更多考慮下課題的整體把握和解讀，更好的升華實戰(zhàn)操作帶來的意義。

生信程序基礎(chǔ)

本來，基本程序知識 Linux、R和Python是用來幫我們提高效率的，但因為不熟悉，卻成了不該存在的攔路虎。對基礎(chǔ)程序的知識欠缺，一方面給基礎(chǔ)操作帶來了不少麻煩，使得本應(yīng)該理解每一步操作的原理和輸入輸出的時候，卻把時間花在了解決基本Linux操作上；另一方面，不會編程沒有限制大家的想象力，卻限制了實現(xiàn)能力。知道要做什么，卻不能從提供的流程的腳本或命令中做下變通真正做出來。

因此就有了三期生物信息作圖系列R、Cytoscape及圖形排版、應(yīng)用Python處理生物信息數(shù)據(jù)和作圖、應(yīng)用Linux處理生物信息數(shù)據(jù)和分析流程基礎(chǔ)課，特色是從生信分析常見數(shù)據(jù)和需求出發(fā)，去講述每一個技術(shù)的知識點和應(yīng)用實踐。而非專業(yè)類編程課程，更多的是程序語言自身出發(fā)，去講解程序語言的特性和應(yīng)用。這樣是很系統(tǒng)，但也存在兩個弊端：

涉及的內(nèi)容太多，一次接受比較困難，而且有些內(nèi)容也不是生信分析常用的；

離生信應(yīng)用遠些，并不能做到快速學(xué)以致用。學(xué)完后可以做提供的基礎(chǔ)類練習(xí)題，卻不能寫出針對生信分析處理的命令和腳本。我們則希望通過這3期課程去解決這個問題。

小半年過去了，5期培訓(xùn)研討活動結(jié)束了。一路走下來，收獲很多友誼，也學(xué)到很多知識。當你在梳理如何把一個分析流程、一個分析細節(jié)說清楚的時候，你對這個事情的認識也上了一個臺階。有幾個朋友一直伴隨我們走過這個過程，有的一直在線下, 更喜歡面對面交流；有的因為人在外地，經(jīng)過2-3次線下研討后，后面通過我們的在線視頻 (http://bioinfo.ke.qq.com)一起學(xué)習(xí)。感謝大家一直以來的信任、支持和陪伴。

為了給大家降低學(xué)習(xí)生信編程的門檻，我們從這三門基礎(chǔ)課中節(jié)選出部分基礎(chǔ)和實戰(zhàn)內(nèi)容，匯總為一個新的生信程序基礎(chǔ)課節(jié)選，方便大家學(xué)習(xí)接觸基礎(chǔ)知識也了解我們的講練風(fēng)格。秉承書非借不能讀也的原則，象征性收取25元的費用 (為了獎勵行動派，我們會每月調(diào)兩次價格，每次增加5元)。如果您覺得有益，可以在購買每一門基礎(chǔ)課時找我們索要8元優(yōu)惠券，彌補相當于課程預(yù)覽付出的費用。

希望大家都能找到適合自己的學(xué)習(xí)方式，解決自己遇到的問題，更好地進行科學(xué)研究。

系列宣傳

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的谈谈数次生信线下活动的收获和体会的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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