linux中计算高斯的进程,linux下运行高斯比windows的优势
轉引自GaussianFAQ第一章第四節
(1.4)
難道非要用Linux算高斯嗎?Windows算高斯的缺陷是什么?
后續問題:聽說Linux很難的。我是電腦小白,在Windows上都不太懂,只會最基本的操作,看看電影聽聽歌而已。連Windows系統都是別人替我裝的。Linux我能學會嗎?
后續問題:為什么Linux那么難看?看見一行一行的命令,就一點研究它的興趣也沒有了。聽說Linux也是有桌面的,為什么師兄師姐們從來不用Linux的桌面呢?你們所說的那個SSH又是個什么軟件啊?頭大ing……
Quote:
暫時的最佳答案(提供者:密度泛函·小卒)
Linux做高斯計算比Windows優勢大得多。Windows對并行處理、頻繁存取、超大文件、海量運算,都是瓶頸,而這些都將是你運行高斯的大障礙。你現在算個水分子、算個甲烷分子,你用Windows覺得還挺不錯的,但是你的計算量一旦變大,你將會對“Windows做計算”極為失望。
你可以用mem指定你希望能被高斯調用的最大內存。但是,Windows有自己的一套內存調用規則(高斯畢竟是一個應用軟件,Windows則是操作系統。Windows能管著Gaussian)
好了,我形象化的說說這個事兒吧
Gaussian軟件(以下簡稱高斯)說:“我要1G內存!”
Windows操作系統內核(以下簡稱系統)說:“行!如你所愿”
過了一會兒……
高斯:“你給我的1G內存,我咋覺得這么不對勁兒呢?”
系統:“咋就不對勁兒了?”
高斯:“就50多M的內存空間讀寫速度正常,另外950M的內存空間讀寫速度超慢!”
系統騙高斯:“哦,內存條質量不好,湊合著用吧!”
高斯:“NND,主人要做高斯計算,卻買這么慢的內存條,我不干活了!我要怠工!”
于是高斯Link died。
真實情況是:Windows對內存使用的控制是非常苛刻的。高斯申請1G的內存,那么Windows也就拿出50M的真正的內存空間給高斯,剩下950M的都是用硬盤空間來“偽裝”出來虛擬內存。每當有某軟件要求巨大內存的時候,Windows都會用虛擬內存來應付,而軟件就以為這是真內存,還用的不亦樂乎。說白了,Windows不是一個設計用來運行“海量數據頻繁內存讀寫”的程序的操作系統,它為了勉強運行這種程序,他就用虛擬內存來欺騙,事實上是硬盤在起到內存的作用,而硬盤的讀寫速度不到內存的十分之一。這樣造成的直接嚴重后果是:即使電腦資源一樣大,在Windows和Linux下運行同樣的任務,后者往往比前者快3到20倍。這也是我們一直推薦使用Linux的原因。
我給Windows和Linux分別打個比方:Windows是一輛精致的法拉利,很漂亮、很人性化、操作很簡便(其實Windows也有自己的復雜和高明之處,只是你從沒使用過它們),但是她終究是一輛小轎車。而Linux是一輛載重數十噸的斯太爾大卡車。搬運大量貨物(大量數據的海量計算)還是要靠Linux。運送一個小箱子,法拉利和斯太爾沒什么區別,但是如果運送一個集裝箱呢?為了能順利運送集裝箱,請學習Linux
如果你既想享受法拉利的精致,也想得到斯太爾的強大工作能力,你就裝一個SSH軟件吧。【圖5】SSH就像你的忠實信使,在Linux和Windows之間傳達各種指令。你的師兄師姐會教給你如何用好SSH。
另外,不要總想著使用Linux的GUI。其實Linux有比Windows更絢麗的桌面系統,但是它對你的高斯計算毫無意義,而且會占用更多的服務器資源。把這些資源用在你的高斯計算上,比浪費在運行圖形界面上更有意義。DIY是Linux很重要的宗旨之一:合適就選,不合適就不選。這比Windows強制安裝“用戶一輩子也不會需要的許多功能”強多了。
其實吧,現在作為初學者,你也沒必要去管那些面目可憎的命令行,那還是你的師兄師姐的事兒。作為一個新手,你記住,服務器的維護管理自然有你的師兄師姐來完成,你僅僅是使用者,而且是非常初級的使用者——我這樣說,并沒有一點點輕視你的意思,請勿誤解。因此,你所要知道的僅僅是最常用的命令即可:
ssh zzz
進入zzz服務器
exit
離開當前服務器
mkdir
建立文件夾
rmdir
刪除文件夾
ls
列出本文件夾下的所有文件和子文件夾
vi xxx.xxx
建立新文件xxx.xxx
top
打開任務管理器
rm xxx.xxx
刪除文件xxx.xxx
nohup g03 xxx.com xxx.log &
運行高斯文件xxx.com進行計算
cd xxxx
進入xxxx子文件夾
cd ..
返回上層文件夾
formchk xxx.chk xxx.fchk
用xxx.chk生成xxx.fchk
scp xxx.xxx nod:/aaa/bbb/xxx.xxx
將xxx.xxx復制到nod下的/aaa/bbb/文件夾下
cubman
使用高斯的cubman命令
cubegen
使用高斯的cubegen命令
sh xxxx.in
運行批處理命令xxxx.in
ps 某個進程的進程號
查看某個進程的狀態
vi下的命令
i
進入修改狀態
ESC
退出修改狀態
:wq
保存退出
:q!
不保存退出
:set nu
顯示行號
/某個字符串
查找某個字符串
top下的命令
先按u再輸入高斯用戶名再回車
查看高斯所屬的進程
先按u再輸入超級用戶名再回車
查看系統所屬的進程
先按u再輸入空格再回車
查看全部進程
q
退出任務管理器
先按k再輸某個進程對應的pid,然后輸入yes
強制結束某個進程
多說一句:其實Windows也有這種命令行操作模式【圖6】,名叫DOS(不是態密度的縮寫,而是Disk operation system的縮寫。Microsoft的MS-DOS已經發展到7.1版了,當然你裝的WindowsXP SP3自帶的MS-DOS不是真正的DOS,是用XP模擬的命令行操作5.1,不過對于初學者學習dos已經足夠了。Vista我沒用過,我個人從心理上比較排斥它,哪位熟悉Vista的人給個補充,謝謝)有閑時間,在你上網玩游戲聽歌聊天之余,如果能學學DOS,對你加深對電腦的了解,很有益處的
總結
以上是生活随笔為你收集整理的linux中计算高斯的进程,linux下运行高斯比windows的优势的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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