DNA“条形码”瞄准生物大发现
在婆羅洲,意大利維羅納大學進化生物學家 Marta Paterno 正在為便攜式 DNA 測序器準備樣本
圖片來源:PIERRE ESCOUBAS
中國科學報訊幾個世紀以來,生物學家一直在煞費苦心地以緩慢的步伐識別新物種,描述樣本的生理特征,并經(jīng)常試圖在命名和發(fā)表物種之前將其納入生命樹。如今,他們已經(jīng)開始嘗試能否在幾小時內便將一個標本確定為新物種,而且很快就會以極低的成本實現(xiàn)這一目標。這是一場由短鏈脫氧核糖核酸(DNA)驅動的革命——這段 DNA 被稱為“條形碼”,旨在向人們熟悉的產(chǎn)品標識符致敬。結合快速、廉價的 DNA 測序器,這些“條形碼”的差異足以提供識別物種的標記。
“生物多樣性科學正在進入一個黃金時代。”加拿大圭爾夫大學 Paul Hebert 說。6 月 16 日,他領導的一個團隊將發(fā)起一項耗資 1.8 億美元的全球行動,旨在識別超過 200 萬種新的多細胞生物。其他研究小組也采用了這種方法,在實驗室里,甚至直接在野外對新物種的樣本進行梳理。目前,全世界的物種消失速度比發(fā)現(xiàn)速度還要快,因此生物學家對這項技術表示歡迎。
“多年來,我一直夢想著改變這些規(guī)則,把一個便攜式基因組實驗室?guī)У綐颖舅诘牡胤健?rdquo;意大利維羅納大學遺傳學家 Massimo Delledonne 說。他最近利用條形碼技術在婆羅洲島的森林中很快便發(fā)現(xiàn)了一個蝸牛新物種。“野外條形碼技術現(xiàn)在已經(jīng)為黃金時段做好了準備。”
生物多樣性專家估計,地球上有 870 萬到 2000 萬種植物、動物和真菌,但迄今為止,只有 180 萬種得到了正式描述。而昆蟲是一個未被發(fā)現(xiàn)的物種領域。一直在用小型 DNA 測序器開發(fā)條形碼技術的新加坡國立大學生物學家 Rudolf Meier 表示:“總體而言,它們在陸地棲息地的生物量可能超過所有野生脊椎動物的總和。”
2003 年,Hebert 提出了 DNA 條形碼的概念——從一個樣本中測序不到 1000 個線粒體 DNA 堿基,就可以區(qū)分生物物種。過了一段時間,這個想法流行起來,但此時 Hebert 和其他愛好者已開始從已知物種中編譯條形碼。例如,在 2010 年,他領導了一個名為“國際生命條形碼”(iBOL)的團隊。
這一耗資 8000 萬美元的項目以圭爾夫為中心,旨在建立一個已知物種及其識別序列的參考圖書館。它現(xiàn)在已有超過 730 萬個條形碼(每個物種都有不止一個),并且被證明是一種資源,不僅可以用來識別已知生物體,還可以用來記錄它們與其他物種之間的相互作用,包括基于特定樣本中的不同條形碼判斷是誰吃掉了誰。
如今,在 30 個國際合作伙伴的資金和實物服務的支持下,iBOL 即將開始為期 7 年的后續(xù)工作。該項目名為 BIOSCAN,將在全球 2500 個地點收集樣本并研究物種間的相互作用,旨在將其參考圖書館擴大到 1500 萬條條形碼記錄,其中 90% 來自未描述的物種。
Hebert 說,這些數(shù)據(jù)將為監(jiān)測污染、土地利用變化和全球變暖對生物多樣性的影響奠定基礎。最終,“我們將能夠像追蹤天氣一樣追蹤地球上的生命”。
此外,Hebert 表示,與 iBOL 之前專注于為已知物種提取條形碼的做法不同,“這次的主要目標之一將是發(fā)現(xiàn)新物種”。如果軟件無法將一個樣本的條形碼序列與現(xiàn)有物種匹配,它將立即標記該樣本,從而進行更密切的遺傳和視覺檢查,并可能將其識別為新物種。
過去,科學家可能要花費數(shù)年甚至數(shù)十年的時間才能確認某些生物體是新物種。例如,某些蒼蠅物種僅在雄性生殖器的形狀上有明顯差異。
Hebert 預測,定制的生物信息和測序儀可以一次讀取足夠的堿基,從而獲得完整的條形碼,這將使成本保持在一個較低水平——包括收集、保存、DNA 提取、測序和后續(xù)分析在內,每個樣本大約 1 美元。他預計,測序部分的總成本最終將降至每個樣本約 0.02 美元。(趙熙熙)
總結
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