現在測序有好幾代測序，包括第一代測序、第二代測序、第三代測序。從測序儀上講：第一代的測序方法，主要是sanger測序，準確性高，測序長度好（1K以上），但是測序通量低，而且價格昂貴。第二代測序儀，主要有illumina的，solid和454幾個常用的測序平臺。第二代測序儀最大的有點就是價格便宜，通量非常高，準確性99%。 但是illumina主要的問題是測序長度短，100bp以上錯誤率就會大大提高。另外兩個可以更長，但是成本也略比illumina高。短序列的reads在做基因組裝的時候，遇到大的重復片段就會很麻煩。第三代的測序儀，即所謂的單分子測序，可以測的長度很高，但是會引入第二代測序很少出現的indel（插入，缺失）的情況。這三代測序基本特點是：一代：通量太低，要拿到足夠的數據就非常費錢。一代的Sanger測序的讀長比較長（可以有七八百），而且比較方便測簡單樣品。缺點是單位價格高，而且樣品必須是單一的。如果不是，你就得通過克隆文庫一類的手段把樣品弄成單一的。這成本和人力就高了去了。二代：通量大，特別是Hiseq，一個lane跑下去估計夠一代的跑好幾個月甚至一年，所以相對來說成本低很多；但是讀段太短，要拼長很困難，所以瓶頸主要在拼接組裝的算法上，因為拼接往往比測序要費時費力的多。二代里面，454前幾個月死掉了。illumina用的較多，現在可以雙端150或者犧牲通量達到雙端250，已經快達到了454的長度。現在illumina用得最多，在基因組、轉錄組等領域都有用。缺點是有的時候單個樣品的測序通量嫌高，barcode不夠用，不能用更多樣品分攤通量。三代現在貌似還不成熟，聽說錯誤率比較高。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的测序成本主要由那几方面因素决定呢？的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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