一般來(lái)說(shuō)網(wǎng)絡(luò)圖都是R語(yǔ)言導(dǎo)出數(shù)據(jù)放入cytoscape里面繪制，今天想試試在R語(yǔ)言內(nèi)部去畫，確實(shí)有相應(yīng)的R包(igraph)可以做，不是專門針對(duì)PPI網(wǎng)絡(luò)來(lái)的，自己組織一下數(shù)據(jù)可以畫。

尤其是基因數(shù)量比較少的情況下，還是很好用的，省掉手動(dòng)點(diǎn)鼠標(biāo)的重復(fù)操作。要是基因數(shù)量多了，可能會(huì)有基因重疊，得把圖導(dǎo)出去修改，就不如cytoscape里直接拖動(dòng)方便了。

1.輸入數(shù)據(jù)

string_interactions.tsv是從string網(wǎng)頁(yè)下載的PPI網(wǎng)絡(luò)輸出結(jié)果文件。圖上基因的顏色是按照上下調(diào)來(lái)分配的，在這個(gè)例子里基因上下調(diào)信息是編的，實(shí)際應(yīng)用時(shí)可以從差異分析結(jié)果中得到。

2.樣圖

3.代碼如下

library(igraph) links= read.delim("string_interactions.tsv") network <- graph_from_data_frame(d=links[,c(1:2,13)], directed=F)  deg <- degree(network, mode="all")nodes <- data.frame(     name=unique(links$X.node1),     group=c( rep("up",6),rep("down",5))) network <- graph_from_data_frame(d=links, vertices=nodes, directed=F) my_color = c("#

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的R 语言PPI网络的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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