【转载】生物软件之DNA分析
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【转载】生物软件之DNA分析
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DNA分析????????????JaMBW 1.1 分子生物學(xué)軟件包。
ANNHYB 4.938 用來(lái)幫助進(jìn)行PCR引物設(shè)計(jì)與基因探針設(shè)計(jì)的軟件。
Chromas 2.32 ABI格式文件顯示與編輯軟件。
DNAProbe 核苷酸序列設(shè)計(jì)工具。
DnaSP 4.10.9 基因多態(tài)性分析軟件。
DFW 2.51 trail DNA分析軟件。
Artemis R9 以Java語(yǔ)言寫(xiě)成的序列查看工具。
ACT R6 以Java語(yǔ)言寫(xiě)成的序列比較查看器。
GDA 1.1 主要用來(lái)進(jìn)行不連續(xù)基因數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析。
Sequencher 4.7 Demo 序列拼接軟件。
MeltCalc 2.06 自動(dòng)計(jì)算DNA序列熱力學(xué)數(shù)據(jù)的Excel電子表格宏軟件。
ConsInspector 3.3 DNA蛋白結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)識(shí)別軟件。
GenomePixelizer 2003.10.1版 幫助理解基因組中的簇基因(clustering gene)之間的相互關(guān)系的軟件。
Gene Construction Kit 2.5 Demo 管理并顯示克隆策略中的分子構(gòu)建過(guò)程軟件。
GenescanView 1.2 查看基因掃描(genescan)格式.fsa文件的小軟件。
Sequin 7.77 數(shù)據(jù)庫(kù)GenBank, EMBL, DDBJ 查詢軟件。
DNAuser 1.0 DNA序列處理軟件。
GenomeComp 1.3 中科院生物物理所生物信息實(shí)驗(yàn)室推出的可視化的微生物基因組比較工具
Apollo 1.6.5 Java語(yǔ)言開(kāi)發(fā)的基因組注釋顯示編輯軟件
SNPHunter 1.75 SNP(單核苷酸多態(tài)性)查找軟件。
SSRHunter 1.3 SSR(Simple Sequence Repeat,即簡(jiǎn)單序列重復(fù),又稱(chēng)微衛(wèi)星DNA)位點(diǎn)查找軟件。
iCE 3.5 Java語(yǔ)言編寫(xiě)的顯示基因指紋圖及相關(guān)數(shù)據(jù)的軟件
MB6.84 免費(fèi)的DNA分析軟件
FinchTV 1.4 免費(fèi)的DNA圖譜分析軟件;
Sequence Scanner v1.0 顯示分析ABI基因分析儀DNA圖譜數(shù)據(jù)軟件,
CodonCode Aligner 2.0.1 DNA測(cè)序trace圖編輯、突變分析、contig編輯、序列拼接軟件。
WinGene 2.31 分析核酸序列的多用工具軟件;
BioLign 4.0.6 還增加免費(fèi)序列拼接軟件;
PIC_Calc 0.6 多態(tài)信息含量計(jì)算程序。
SequenceViewer 1.0 DNA序列圖形顯示軟件;
SERIAL CLONER 1.2 DNA序列分析工具軟件
Xplorer 2.4.2 DNA圖譜查看分析軟件
生物化工
brd.zip 生物反應(yīng)器(發(fā)酵罐)設(shè)計(jì)軟件。
BioStat 4.3 BioStat B發(fā)酵罐控制程序。
PenSim v2.0 青霉素發(fā)酵模擬軟件。
BioProSim 4.0 發(fā)酵實(shí)時(shí)模擬軟件。
SuperPro Designer 6.0評(píng)估版 計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)特別是生物工藝設(shè)計(jì)的軟件包。
FRAE 2.01 發(fā)酵記錄分析專(zhuān)家。
進(jìn)化分析
phylip 3.65 進(jìn)化樹(shù)分析軟件,并可繪制進(jìn)化樹(shù)。
TreeView 1.6.6 進(jìn)化樹(shù)處理軟件。
GeneTree 1.3 比較基因與種系進(jìn)化樹(shù)的程序。
NDE 0.5.0 用來(lái)編輯NEXUS格式文件的程序。
TreeMap 1.0 用來(lái)可視地比較主、從進(jìn)化樹(shù)的程序。
Spectrum 分析進(jìn)化信息而不用將之轉(zhuǎn)化為進(jìn)化樹(shù)的軟件。
Phyltools 1.32 計(jì)算與處理進(jìn)化樹(shù)數(shù)據(jù)的軟件。
tree-puzzle 5.2 核酸序列、蛋白序列相似性分析及進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建工具。
ATV 1.92 JAVA語(yǔ)言編寫(xiě)的顯示"New Hampshire"與NHX格式的進(jìn)化樹(shù)文件軟件。
TREECON 1.3b Demo 構(gòu)建和繪制進(jìn)化樹(shù)的軟件包。
ProBiosys 0.9 比較表現(xiàn)型分類(lèi)法數(shù)據(jù)和分析計(jì)算核酸序列數(shù)據(jù)距離值的軟件。
COMPONENT 2.0 分析進(jìn)化樹(shù)免費(fèi)軟件。
NJplot 小巧的顯示進(jìn)化樹(shù)的免費(fèi)軟件NJplot。
MEGA 4.0 免費(fèi)分子進(jìn)化遺傳分析軟件
PAUP 4 PAUP的快速使用手冊(cè)
TreeSAAP 3.2 蛋白序列進(jìn)化分析軟件;
mesquite 2.0 進(jìn)化分析軟件
PAL 1.51 進(jìn)化分析java程序庫(kù);
Vanilla 1.2 使用PAL編寫(xiě)的進(jìn)化分析命令行程序;
SplitsTree 4.8 JAVA程序編寫(xiě)的分析和顯示進(jìn)化數(shù)據(jù)軟件;
TCS 1.21 JAVA程序所寫(xiě)的進(jìn)化網(wǎng)絡(luò)分析軟件;
GEODIS 2.5 進(jìn)化分析軟件;
RDP 3b22 重組分析軟件
FastME 1.0 快速精確的進(jìn)化樹(shù)軟件;
REAP DOS下的進(jìn)化分析軟件包;
T-REX 4.01 進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建分析軟件;
FSTAT 2.9.3.2 基因差異分析軟件;
ProfDist 0.9.7 構(gòu)建大進(jìn)化樹(shù)軟件
STC 1.2 新的算法構(gòu)建進(jìn)化分析軟件,
SymmeTREE 命令行差異分析軟件
Phylogenetic Visualization tool 進(jìn)化樹(shù)顯示工具
TREEFINDER 200706版 計(jì)算進(jìn)化分析軟件
PHASE 2.0 序列進(jìn)化分析軟件;
BAMBE 2.01b 分子生物進(jìn)化分析軟件;
MODELTEST 3.7 核苷酸替換DNA進(jìn)化最優(yōu)模型分析軟件
MTgui 1.5 MODELTEST圖形操作介面軟件
Clann 3.02 以色列科學(xué)家編寫(xiě)進(jìn)化樹(shù)分析軟件;
Phylogenetic Independence 2.0 進(jìn)化獨(dú)立性分析軟件 ;
Jevtrace2 v3.12b JAVA語(yǔ)言寫(xiě)的進(jìn)化分析軟件;
NimbleTree 2.6 建立進(jìn)化樹(shù)軟件;
Phyl-O-Gen 1.1 構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)軟件;
BEAST 1.4.6 貝葉斯進(jìn)化分析軟件
MESA 1.9.23 宏進(jìn)化分析和模擬軟件;
TreeJuxtaposer 2.1 進(jìn)化樹(shù)比較分析軟件;
TreeExplorer 2.12 進(jìn)化樹(shù)繪制顯示軟件;
TreeMe 03/2007 進(jìn)化樹(shù)生成和顯示軟件;
DNATREE 1.2 DNA序列進(jìn)化分析軟件
Genie 3.0 系譜間隔分析軟件
Pebble v1.0 進(jìn)化分析軟件;
ArboDraw 進(jìn)化樹(shù)繪圖軟件
PhyloDraw 0.82 進(jìn)化樹(shù)繪圖軟件.
MrBayes 3.1.2 進(jìn)化樹(shù)分析軟件;
Network 4.201 進(jìn)化樹(shù)生成軟件;
PhyDE 0.993 進(jìn)化數(shù)據(jù)編輯器;
PRAP 1.21 Parsimony ratchet分析軟件
圖像處理
Image Tool 3.0 科學(xué)用途的處理圖像軟件。
Image J 1.38 用Java語(yǔ)言寫(xiě)成的科學(xué)用途的處理圖像軟件。
Cross Checker 2.91 基因指紋圖分析軟件。
ALFmap 1.22 ALF (Amersham Pharmacia) 圖像格式轉(zhuǎn)換軟件。
Band Leader 3.0 凝膠圖像處理軟件。
Scion Image 4.03 圖像處理與分析工具。
OSIRIS 4.19 通用醫(yī)學(xué)圖像處理與分析軟件。
Melanie Viewer 6.0 免費(fèi)Melanie圖像查看器。
TotalLab v2006c 評(píng)估版 圖像分析軟件。
LabImage 2.71 評(píng)估版 凝膠圖像分析軟件。
QuantiScan 3.0 Demo 使用簡(jiǎn)單功能專(zhuān)一的凝膠掃描、分析軟件。
Engauge Digitizer 4.1 圖形數(shù)字化軟件。可以將曲線圖轉(zhuǎn)化為數(shù)據(jù)與等式。
Graph Digitizer version 2.16 圖形數(shù)字化軟件。
Peak Explorer 2.11 處理試驗(yàn)圖譜圖像軟件。
電泳圖譜繪制器1.0 處理電泳圖譜圖像軟件。
Volocity LE 4.2.1 免費(fèi)顯微圖像處理軟件。
GetData 2.22 圖像數(shù)字化處理軟件。
Bersoft Image Measurement 5.1 圖像數(shù)字化處理軟件。
DigitizeIt 1.5 圖像數(shù)字化處理軟件。
CellC v1.11 微生物顯微圖像處理軟件。 http://www.helixnet.cn/bbs/forum-69-1.html
總結(jié)
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