circRNA 最初研究的很少，只有很小一部分基因有檢測到circRNA, 當時都認為是剪切錯誤形成的，對于其功能也沒人去研究；學者對人類的成纖維細胞進行轉錄組測序，構建去核糖體文庫， 同時采用了RNase酶消化線性RNA 和 不消化線性RNA的兩種文庫，同時檢測circRNA , 最終檢測到了25000 多種circRNA ，這些circRNA 來源于exon 區， 叫做 ecircRNA, 保守估計，有14%的基因都產生了circRNA. 利用同樣的方法，在小鼠睪丸組織中，鑒定到了69種和人類的circRNA 高度同源的circRNA。circRNA 的表達量，可以被siRNA 調控，推測具有競爭性內源RNA的作用，而且通過生物信息學手段發現，這些ecircRNA 大部分都具有 ALU 重復元件，這些都表明circRNA 并不是隨機的剪切錯誤產生的，而是固有的一類，種類豐富，結構穩定，序列保守的內源性RNA;

真核生物的total RNA 中，非編碼RNA（ncRNA） 占據了95%的比例，盡管在ncRNA 中，rRNA 和 tRNA 占據了絕大部分，但是其他類型的ncRNA , 比如miRNA和 lncRNA , 其研究越來越多，越來越受到重視，科學家通過RNase R 消化線性RNA, 利用高通量測序來研究circRNA, 主要使用了mapsplice 工具。

為了研究哺乳動物細胞中的circRNA , 科學家發明了一種 CircleSeq 的文庫構建方法

首先去除rRNA， 然后用RNAse R 消化線性RNA, 同時還設立了對照組，就是不消化線性RNA的文庫作為對照；

研究發現 RNase R 處理的文庫，可以很好的實現circRNA 富集的效果，更加有利于檢測 低風度的circRNA , 富集效果是普通文庫的10倍以上；

Hiseq 對每個樣本進行高通量測序，數據量為300M,使用mapsplice 軟件比對參考基因組，

對于每一條測序的reads, mapsplice 會一次進行下列 4種比對：

1） 完全來自1個exon , 這樣的reads 直接比對上參考基因組

2）跨越了剪切位點，叫做junction reads, 這樣的reads 在剪切位點的兩側，分別能夠比對上參考基因組；

3）反向剪切 backsplice 生成的reads, 同樣是在剪切位點兩側分別比對，但是比對的順序和線性RNA的順序正好相反；

4）融合轉錄本的序列，融合位點兩側的序列比對上了不同的染色體

參考資料：

http://rnajournal.cshlp.org/content/19/2/141.long#F6

總結

以上是生活随笔為你收集整理的circRNA 中的ALU 重复元件的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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