illumina甲基化芯片計算

illumina的軟件（Illumina GenomeStudio軟件）自動就把450k芯片的IDAT原始文件轉換成了甲基化信號文件，一般是3~8列值每個樣本。
使用Illumina的Bead Studio軟件和甲基化模塊v3.2計算每個CpG靶標的β值。
β值=來自甲基化珠粒類型的強度值/（來自甲基化的強度值+來自未甲基化珠粒類型的強度值+ 100）。
然后使用p值對數據進行質量過濾。
p值大于0.01的β值被認為低于最小強度，閾值顯示為“NA”。

minfi包計算

minfi包的一個函數read.450k.exp也可以直接讀取.IDAT文件
平均β=信號B /(信號A +信號B + 100)
通過計算甲基化（信號A）和未甲基化（信號B）等位基因之間的強度比來確定DNA甲基化水平（β值）。
具體地，β值是由甲基化（M對應于信號A）和未甲基化（U對應于信號B）等位基因的強度計算的，熒光信號的比率β= Max（M，0）/ [Max（ M，0）+ Max（U，0）+ 100]。
因此，β值的范圍從0（完全未甲基化）到1（完全甲基化）

具體的β值的意義是：

• 任何等于或大于0.6的β值都被認為是完全甲基化的。
• 任何等于或小于0.2的β值被認為是完全未甲基化的。
• β值在0.2和0.6之間被認為是部分甲基化的。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的甲基化芯片Beta值意义详解，以及minfi包使用的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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