1.簡介

SSRMMD (Simple Sequence Repeat Molecular Marker Developer) 是用Perl語言編寫的軟件，可以從組裝序列(FASTA格式，例如：基因組或轉(zhuǎn)錄組)中檢測(cè)完美的SSR位點(diǎn)和候選的多態(tài)性SSR。該軟件還包含了一個(gè)名為connectorToPrimer3的程序，此程序提供了SSRMMD到Primer3的接口，使得可以輕松地進(jìn)行批量SSR引物設(shè)計(jì)。

2.軟件下載與安裝

下載地址：https://github.com/GouXiangJian/SSRMMD

安裝方法：不管是在linux還是在windows中運(yùn)行，都是解壓即用。

3.軟件使用：SSR位點(diǎn)檢測(cè)

3.1在linux中運(yùn)行

[重要參數(shù)]

解壓軟件后，將當(dāng)前工作目錄切進(jìn)軟件內(nèi)部(cd SSRMMD-master)，在命令行輸入perl SSRMMD.pl -h，即可查看該軟件的幫助文檔，其中有幾個(gè)參數(shù)對(duì)于SSR位點(diǎn)的檢測(cè)比較重要，例如：

-f1 : 用于檢測(cè)SSR位點(diǎn)的FASTA格式的文件 (必須提供該參數(shù)!)

-e : 指定檢測(cè)SSR位點(diǎn)的方法 (默認(rèn)設(shè)置: 0, 可選的值: 0 [這種方法速度更快], 1 [這種方法類似于MISA軟件使用的方法])

-mo : SSR基序的閾值 (默認(rèn)設(shè)置: 1=10,2=7,3=6,4=5,5=4,6=4 [其中, 等號(hào)左邊是基序的長度, 等號(hào)右邊是最小重復(fù)次數(shù)])

-l : SSR的側(cè)翼序列的長度 (默認(rèn)設(shè)置: 100)

-ss : 是否輸出SSR的統(tǒng)計(jì)文件 (默認(rèn)設(shè)置: 0, 可選的值: 0 [表示不輸出], 1 [表示輸出])

-t : 運(yùn)行軟件時(shí)使用的線程數(shù) (默認(rèn)設(shè)置: 1)

[運(yùn)行示例]

以軟件自帶的例子文件example1.fa舉例，如果想要：(1) 修改SSR基序的閾值設(shè)置，(2) 將SSR的側(cè)翼序列設(shè)置為200bp，(3) 輸出SSR的統(tǒng)計(jì)文件，(4) 使用2線程來運(yùn)行程序，則命令行可以這樣輸入：

perl SSRMMD.pl -f1 example/input/example1.fa -mo 2=6,3=5,4=4 -l 200 -ss 1 -t 2

[運(yùn)行輸出]

運(yùn)行完成后，會(huì)在當(dāng)前目錄下創(chuàng)建一個(gè)名為SSRMMDOUT的目錄，里面包含SSR信息文件example1.fa.SSRs，以及SSR統(tǒng)計(jì)文件example1.fa.stat。

3.2在windows中運(yùn)行

如果想在windows中用上述同樣的命令運(yùn)行SSRMMD，則需要事先安裝Perl的解釋器，下載地址為：https://www.perl.org/。好消息是，該軟件包中提供了一個(gè)已經(jīng)編譯好的版本SSRMMD.exe，位于bin目錄中。因此，可以直接使用它而不必再安裝Perl的解釋器了。

解壓軟件后，將當(dāng)前工作目錄切進(jìn)軟件內(nèi)部(cd SSRMMD-master/bin)，在命令行輸入SSRMMD.exe -h，即可查看該軟件的幫助文檔。

[運(yùn)行示例]

若用上述同樣的參數(shù)配置來運(yùn)行，則命令行可以這樣輸入：

SSRMMD.exe -f1 ../example/input/example1.fa -mo 2=6,3=5,4=4 -l 200 -ss 1 -t 2

[運(yùn)行輸出]

類似地，運(yùn)行完成后，會(huì)在當(dāng)前目錄下創(chuàng)建一個(gè)名為SSRMMDOUT的目錄，里面包含SSR信息文件example1.fa.SSRs，以及SSR統(tǒng)計(jì)文件example1.fa.stat。

4.軟件使用：多態(tài)性SSR篩選

4.1在linux中運(yùn)行

[重要參數(shù)]

如果想要進(jìn)一步篩選多態(tài)性SSR，則必須準(zhǔn)備兩個(gè)fasta格式的組裝文件。SSRMMD會(huì)在這兩個(gè)文件之間，對(duì)SSR的側(cè)翼序列率先進(jìn)行保守性評(píng)估，隨后進(jìn)行唯一性評(píng)估。

類似地，幫助文檔中有幾個(gè)參數(shù)對(duì)于多態(tài)性SSR篩選比較重要，例如：

-me : 指定檢測(cè)側(cè)翼序列保守性的算法 (默認(rèn)設(shè)置: NO, 可選的值: NO [僅僅使用HASH, 該方法非常快, 但是只能檢索出側(cè)翼序列絕對(duì)保守的SSR], LD [使用Levenshtein-Distance算法], NW [使用Needleman–Wunsch算法])

-d : 當(dāng)參數(shù)-me設(shè)置為LD時(shí), 設(shè)置由Levenshtein-Distance算法計(jì)算的側(cè)翼序列保守性的閾值 (默認(rèn)設(shè)置: 0.05)

-i : 當(dāng)參數(shù)-me設(shè)置為NW時(shí), 設(shè)置由Needleman-Wunsch算法計(jì)算的側(cè)翼序列保守性的閾值 (默認(rèn)設(shè)置: 0.95)

-st : 指定檢測(cè)側(cè)翼序列唯一性的計(jì)算方式 (默認(rèn)設(shè)置: 0, 可選的值: 0 [節(jié)約時(shí)間], 1 [節(jié)約內(nèi)存])

[運(yùn)行示例]

以軟件自帶的例子文件example1.fa和example2.fa舉例，如果想要：(1) 使用Needleman–Wunsch算法來評(píng)估側(cè)翼序列的保守性，(2) 以節(jié)約時(shí)間的方式來評(píng)估側(cè)翼序列的唯一性，(3) 使用2線程來運(yùn)行程序，則命令行可以這樣輸入：

perl SSRMMD.pl -f1 example/input/example1.fa -f2 example/input/example2.fa -p 1 -me NW -st 0 -t 2

[運(yùn)行輸出]

運(yùn)行完成后，會(huì)在當(dāng)前目錄下創(chuàng)建一個(gè)名為SSRMMDOUT的目錄，里面包含SSR信息文件example1.fa.SSRs和example2.fa.SSRs，以及多態(tài)SSR記錄文件example1.fa-and-example2.fa.compare。

4.2在windows中運(yùn)行

[運(yùn)行示例]

若用上述同樣的參數(shù)配置來運(yùn)行，則命令行可以這樣輸入：

SSRMMD.exe -f1 ../example/input/example1.fa -f2 ../example/input/example2.fa -p 1 -me NW -st 0 -t 2

[運(yùn)行輸出]

類似地，運(yùn)行完成后，會(huì)在當(dāng)前目錄下創(chuàng)建一個(gè)名為SSRMMDOUT的目錄，里面包含SSR信息文件example1.fa.SSRs和example2.fa.SSRs，以及多態(tài)SSR記錄文件example1.fa-and-example2.fa.compare。

5.軟件使用：批量SSR引物設(shè)計(jì)

5.1在linux中運(yùn)行

目錄connectorToPrimer3中的腳本connectorToPrimer3.pl可以輕松地將SSRMMD與Primer3結(jié)合起來，以實(shí)現(xiàn)批量SSR引物設(shè)計(jì)。在命令行輸入perl connectorToPrimer3/connectorToPrimer3.pl -h，即可查看該腳本的幫助文檔。

若用默認(rèn)的參數(shù)配置設(shè)計(jì)引物，則命令行可以這樣輸入：

#Design primers for all SSRs (SSRMMD option '-p' = 0)

perl connectorToPrimer3/connectorToPrimer3.pl -i SSRMMDOUT/example1.fa.SSRs -o all.txt

#Design primers for candidate polymorphic SSRs (SSRMMD option '-p' = 1)

perl connectorToPrimer3/connectorToPrimer3.pl -i SSRMMDOUT/example1.fa-and-example2.fa.compare -o poly.txt -s 2

5.2在windows中運(yùn)行

類似地，腳本connectorToPrimer3.pl也有一個(gè)已經(jīng)編譯好的版本connectorToPrimer3.exe，位于bin目錄中。

若用默認(rèn)的參數(shù)配置設(shè)計(jì)引物，則命令行可以這樣輸入：

#Design primers for all SSRs (SSRMMD option '-p' = 0)

connectorToPrimer3.exe -i SSRMMDOUT/example1.fa.SSRs -o all.txt

#Design primers for candidate polymorphic SSRs (SSRMMD option '-p' = 1)

connectorToPrimer3.exe -i SSRMMDOUT/example1.fa-and-example2.fa.compare -o poly.txt -s 2

總結(jié)

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