ubuntu windows 分别安装openslide
為了讀圖,分別在ubuntu 和 windows 下安裝openslide。親測成功
ubuntu
Openslide是醫學圖像一個重要的庫,這里給出三條命令進行安裝
sudo apt-get install openslide-tools
sudo apt-get install python-openslide
pip install openslide-python
可以參考我的另一篇博文?https://blog.csdn.net/weixin_37485708/article/details/86416208?其中有一步是安裝openslide
( 參考?http://www.bubuko.com/infodetail-2316068.html)
windows
(參考:?https://blog.csdn.net/m0_37151059/article/details/79114735)
電腦里應該有 visual studio!!!否則pip時會報錯,說Microsoft Visual C++14.0 is required.....我筆記本安裝的2013版本,電腦里是2015版本,都有這個
就可以按照下面的步驟順利安裝啦!?
1、首先在 https://openslide.org/download/??下載openslide的二進制文件
注意計算機的位數,下載好后解壓即可,然后把 bin 和 lib 加入環境變量的path中,我的如圖所示:
?
2、pip install openslide-python
?可以導入啦!
下面寫的是第一次失敗的嘗試,只作為記錄,大家不要看!!
1、下載openslide
https://openslide.org/download/
安裝openslide-python 直接參考這博客,幾句命令即可?https://www.linuxidc.com/Linux/2017-09/147188.htm?utm_source=tuicool
sudo apt-get install openslide-tools
sudo apt-get install python-openslide
import?openslide?
我選擇openslide3.4.1,下載好后解壓?tar -xvzf openslide-3.4.1.tar.gz -C openslide (指定解壓在openslide文件夾內)
2、安裝一些庫
參考?https://blog.csdn.net/caicai2526/article/details/71366326
1. sudo apt-get install libopenjpeg-dev libsqlite3-dev?
2. sudo apt-get install openslide-tools?
3. sudo apt-get install python-openslide?
4. sudo apt-get install python3-openslide
3、make 安裝openslide
cd /home/cassiel/文檔/openslide/openslide-3.4.1?
./configure
出現error :configure: error: in `/home/cassiel/文檔/openslide/openslide-3.4.1':configure: error: cannot find libjpeg
想起來,前面那一堆庫忘了安裝
1、下載安裝jpeg
?http://www.ijg.org/?同樣解壓到openslide了?tar -xvzf jpegsrc.v9c.tar.gz -C openslide?
從終端進入到 libjpeg 所在目錄,用常規方法即可安裝,命令如下:
????????./configure
?????????make
? ? ? ? ?sudo make install? ? ? ? (注意!一定要用sudo安裝!否則make通過make install通不過)
????????#make test? ? ? ? ? ? ? ? ? (用于測試)
2、安裝zlib?https://blog.csdn.net/qq_21383435/article/details/79539034?
tar -xvzf zlib-1.2.11.tar.gz -C openslide
進入解壓后的文件夾 ./configure ; make ; sudo make install?
3、安裝libtiff?http://download.osgeo.org/libtiff/? 同上 ; libtiff 使用??https://www.cnblogs.com/hujianhua/p/3261013.html
4、安裝 libpng?https://sourceforge.net/projects/libpng/files/?我選擇的版本:1.5.30
?
庫還沒有完全安裝好,但是現在python里面是可以import openslide的(我也很奇怪)明明下載的openslide還沒有make成功呀。
https://blog.csdn.net/weixin_41787032/article/details/79817926
https://blog.csdn.net/weixin_41787032/article/details/79845912
按照這兩個教程,讀出了一個圖片,但是我的opencv還沒有安裝好。
先把環境搞定叭。
如果你也在學習醫學圖像處理,歡迎留言討論!一起學習
另一個在ubuntu下安裝的方法
先下載tar.gz文件,解壓 tar -zxvf .....tar.gz
進入python虛擬環境 source activate tf-gpu
cd 解壓后的文件,里面有個setup.py
python setup,py build
python setup.py install?
安裝結束
?
總結
以上是生活随笔為你收集整理的ubuntu windows 分别安装openslide的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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