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在之前的《推薦一個(gè)快速繪制熱圖的在線工具》、《如何用Origin繪制“聚類”熱圖？》和《如何用Origin繪制熱圖？》三篇文章中，已經(jīng)為大家介紹過使用OmicShare tools和Origin繪制熱圖的方法，無需編程，非常簡(jiǎn)單。而GraphPad Prism也是一個(gè)非常受歡迎的科研作圖軟件，它也可以對(duì)數(shù)據(jù)做歸一化、計(jì)算相關(guān)性、繪制熱圖。

我接下來為大家介紹用GraphPad Prism 繪制熱圖。本文所用的軟件版本為Graphad Prism 8.0（官網(wǎng)：https://www.graphpad.com/）。

數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

打開軟件后，通過雙擊窗口灰色區(qū)域或點(diǎn)Prism(棱鏡)的小三角，新建工程文件，如下圖。

在彈出的向?qū)ы?yè)面選擇表格類型，表格類型選Grouped (選Multiple variables也可以)，Data table選enter or import data into a newtable，Options選第1項(xiàng)（如下圖）。本文用到的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)為矩陣，6個(gè)樣本中30個(gè)基因（表達(dá)量最高）的表達(dá)量，與《推薦一個(gè)快速繪制熱圖的在線工具》的數(shù)據(jù)完全一樣。

接下來將數(shù)據(jù)粘貼到Prism的表格中，雙擊表格的名字(默認(rèn)Data 1)改為top30，如下圖。

表格數(shù)據(jù)填完后接著計(jì)算樣本間的相關(guān)性系數(shù)，點(diǎn)上方選項(xiàng)欄中的Analyze按鈕，分析方法選相關(guān)系數(shù)矩陣，如下：

點(diǎn)OK按鈕后選擇相關(guān)性系數(shù)的計(jì)算方法，默認(rèn)計(jì)算Pearson相關(guān)系數(shù)，為了便于與之前《推薦一個(gè)快速繪制熱圖的在線工具》的熱圖進(jìn)行比較，這里選Spearman相關(guān)系數(shù)。

得到的相關(guān)系數(shù)矩陣如下：

在左側(cè)導(dǎo)航欄中Graphs菜單下點(diǎn)New Graph ...新建圖表，show選擇Grouped，選擇HeatMap，如下圖。

點(diǎn)OK按鈕后，即可看到初步的繪制結(jié)果：

圖表調(diào)整

如果不喜歡熱圖的顏色，雙擊圖表，在Format Graph窗口的Color mapping選項(xiàng)卡下，可自由修改Colormap和顏色范圍，如下圖。

在Graph Settings選項(xiàng)，還可以設(shè)置每個(gè)格子邊框的顏色、粗細(xì)，隱藏?zé)釄D的邊框，如下：

在Labels選項(xiàng)，可以讓格子顯示數(shù)據(jù)，還可以自定義行和列的標(biāo)簽，甚至設(shè)置標(biāo)簽的旋轉(zhuǎn)角度。

Legend（圖例）選項(xiàng)的功能也很強(qiáng)大，可以調(diào)整圖例（主要是顏色條）的方向、位置、樣式等，如下：

這是我自己嘗試調(diào)出的一些圖例樣式，如下，不過有個(gè)小缺點(diǎn)是當(dāng)設(shè)置刻度向外時(shí)，顏色條的兩邊都有刻度，不過也有解決的辦法。

當(dāng)然也可以讓圖例小一點(diǎn)，用鼠標(biāo)調(diào)整后的效果如下：

至于Gaps選項(xiàng)，主要用來給熱圖添加gaps，比如我這里在縱向和橫向都添加2個(gè)gap，設(shè)置方法如下：

得到效果如下：

這種熱圖的配色給人的感覺還是太“熱”了，像廣州的夏天。到這一步，我突然想換 “清涼”一些的顏色，于是得到下圖效果：

綠色是中性色，還可以使用冷色，如藍(lán)色：

圖表導(dǎo)出

圖表調(diào)整滿意后，通過File Export Graph 導(dǎo)出所需格式的圖片，如下圖，前5種是矢量圖格式，無需設(shè)置dpi。建議通過File Save保工程文件，以便反復(fù)調(diào)整。

最后，Graphad Prism可以對(duì)數(shù)據(jù)做z-score歸一化，不過似乎目前不支持聚類熱圖的繪制。當(dāng)然對(duì)于一般的熱圖繪制，GraphadPrism基本可以勝任，如果是想畫聚類熱圖，你也可以使用OmicShare tools、Origin、R等其他更強(qiáng)大工具，今天的內(nèi)容就到這里啦~

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的如何用GraphPadPrism绘制热图的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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