mit数据库 matlab,[zz]MIT-BIH开放数据库使用指南
最近因為項目任務要分析心電圖數據,采用的是MIT-BIH開放數據庫(或稱PhysioBank數據庫)。這個數據庫不僅提供了經過篩選的各方面的生理數據集PhysioBank,而且也提供了開源的數據處理和可視化工具PhysioToolkit。對我這樣的非醫學類學生而言,光是看見那些醫學術語就夠頭痛的了,還要掌握這樣一套專門的基于Linux的工具,確實是個不小的挑戰。好在我要完成的部分不需要很深入,所以馬馬虎虎也摸著些門道。不敢說會用,但是起碼碰到問題方向在哪我已經清楚了,這里把這個數據庫的使用簡單介紹一下,方便新來的同學快速上手。當然如果你英語好的話,大可以自己慢慢翻文檔,這也是要深入了解的惟一途徑。
首先說說數據庫。你可以到分類頁面查找有沒有自己感興趣的數據集,上面都有比較詳細的介紹。找到合適的數據后在對應頁面直接將文件另存為就可以下載,當然這是比較笨的辦法。推薦使用wget或者rsync來下載。wget可以用于下載單獨的數據集,這樣速度較快也比較快捷。例如下載mitdb:
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wget -r -np http://physionet.org/physiobank/database/mitdb/
中間的physionet.org可以替換成離你最近的鏡像地址(好像西交的掛了,直接用原鏡像吧),mitdb替換成你要下載的數據集縮寫名稱(可以用PhysioBank
ATM查看數據集對應縮寫)。rsync用來下載所有數據也是非常方便的,方法看這里,當然這樣做似乎沒多大必要。
對應這套數據集維護人員也開發了相應的工具包WFDB,包括三個部分:WFDB庫、WFDB命令行工具和WAVE,主要用于讀取、分析和可視化數據,一些常用的算法如FFT和熵都已經實現。WFDB庫用于在C、C++或者Fortran中讀寫WFDB兼容格式文件,命令行用于直接處理數據,WAVE可以看做其圖形化前端,需要xview支持。軟件應該是C語言編寫,Linux原生支持,Windows需要Cygwin支持,安裝文檔都寫得很詳細了。這套工具很強大,同時也很復雜,文檔在這里,當然需要你對命令行和研究對象都比較熟悉。如果要快速找到自己需要的命令或工具,可以看看這個工具目錄,很有幫助。
如果沒有那么高的要求或者不想碰命令行,那么它提供的MATLAB軟件包還是可以一用,不過功能就差點意思了,只能做基本的數據I/O,后續的算法都要自己實現,只能將就著用。這個頁面除了官方發布的工具其實還有一些第三方編寫的程序實現附加的功能,因為都是開源的,所以可以一看,對自己動手的朋友會有幫助。
這套數據庫確實組織得非常好,甚至還開發了在線數據導出工具。如果你被前面各種軟件名詞嚇到,那么下面這個東東估計就是你所需要的:PhysioBank
ATM,它的作用就是用瀏覽器可視化地預覽或者導出數據,如圖示,左邊選擇數據設置參數,右邊微調選擇輸出模式。利用它,你就可以遠離那些繁瑣工具的困擾,點幾下鼠標就可以方便地查看數據,然后將理想的數據段導出即可。這個方法適合新手使用,直觀、快速才不會拒人于千里之外,哈哈。
如果你使用了該數據庫,并且準備要發文章,那么出于版權考慮,應當注意按照網站的要求進行引用,引用格式見這里。另外如果某些地方有特別注明,那么也應該按照要求進行引用。因為這個數據庫有很強的研究背景,所以有許多論文基于該數據庫發表,不妨看看他人的成果。
如果你在使用過程中還有什么問題,那么我推薦你先看FAQ,大部分問題在這都能找到答案,此外還有一些教程,涉及到方方面面,也可以看看。
關于該數據庫中文的論文還是比較少,但不是沒有,參考文獻已經注明。網絡上討論的也不多,但這兩篇文章不可不看:《MIT-BIH
ECG 心電數據的下載和讀取圖解》、《MIT-BIH
ECG 信號的數據讀取方法和Matlab程序》,對于文件數據格式有較詳細的分析。
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總結
以上是生活随笔為你收集整理的mit数据库 matlab,[zz]MIT-BIH开放数据库使用指南的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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