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前言

我不生產知識，我只是知識的搬運工，以下內容是源于 B站 – 徐州更 的安裝教程：可能是最好的R語言安裝指南嗶哩嗶哩bilibili

個人是覺得 R 的安裝是比較麻煩的，所以我將他講的安裝視頻稍作修飾寫成文檔的形式，方便今后我或者其他人查閱

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一、R 語言是什么？

R語言是用于統計分析、繪圖的語言和操作環境。R是屬于GNU系統的一個自由、免費、源代碼開放的軟件，它是一個用于統計計算和統計制圖的優秀工具。

二、R 下載

1. 官網

官網：https://www.r-project.org/

進入官網，里面是這樣的

R is a free software environment for statistical computing and graphics. It compiles and runs on a wide variety of UNIX platforms, Windows and MacOS. To download R, please choose your preferred CRAN mirror.

點擊 download R

就會進入這個頁面，你能看到很多的鏡像

如果你在中國的話，就選擇中國的鏡像，這樣下載會比較快

你可以就選擇第一個 清華大學開源 的鏡像

什么是鏡像，為什么要選擇中國的鏡像？

鏡像（Mirroring）是一種文件存儲形式，是冗余的一種類型，一個磁盤上的數據在另一個磁盤上存在一個完全相同的副本即為鏡像。

這是百度上的解釋，看起來也比較難懂，說通俗點就是：比如美國有個奶酪工廠，然后中國也建了個奶酪工廠，這兩個國家生產的奶酪都是一樣的，就可以認為這兩個奶酪工廠互為鏡像，假如你想吃奶酪，你會去美國買奶酪還是去就在中國買奶酪呢？那肯定是中國呀，因為近啊，近就快，這就是為什么要選擇中國的鏡像了。

選擇鏡像點進去之后是這樣的，可以看到這里提供了 三個操作系統的下載安裝包

你是在那個系統上使用就下載那個系統對應的安裝包

我這里是要在 windows 下面使用，所以我選擇的是 Download for Windows （建議在 windows 下使用 R）

點進來可以看到這個頁面，再點擊 base 和 Rtools 這兩處鏈接，分別會跳進 R 的 基本 和 工具 下載頁面

2. download base

點擊 base 進來是這樣子的

如果想要下載最新版本的 R ，可以直接點最上面的 下載地址

要想下載歷史版本的 R，點擊這里 Previous releases 進來選擇你想要的版本

比如我就選擇第一個 R 4.1.2 的版本，點擊進來

選擇這個 .exe 下載

保存文件

3. download Rtools

點擊 Rtools 進來是這樣子的

點擊 Older editions 查看所有的版本

你要下載的 Rtools 版本要跟之前下載的 base 版本相一致

比如我之前 base 下載的版本是 4.1.2，那 Rtools 就應該選擇 rtools40-x86_64.exe 進行下載

接著保存

到處 R 與 RTools 的下載就完成了

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三、Rstudio 下載

1. 官網

官網：https://www.rstudio.com

2. download Rstudio

可以點擊 DOWNLOAD FREE DESKTOP IDE 進入下載頁面

選擇 RStudio Desktop – Free 下的 DOWNLOAD

跳轉到這里，點擊下載，這兩處地方都可以

保存

我在 D 盤上新建了個文件夾存之前下載的那三個 可執行文件

下面我也提供了我下載下來的與 R 安裝相關的三個可執行文件
百度網盤下載鏈接
鏈接：網盤鏈接
提取碼：ikya

之后的安裝基本是都是 傻瓜式 安裝

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四、R 安裝

雙擊之前下載好的可執行文件 R-X.X.X-xxx.exe

選擇安裝時使用的語言，確定

下一步

選擇非中文安裝路徑，路徑不建議有空格（如果用安裝在中文路徑下可能會出現問題），我就直接下載到 C 盤了，因為我 C 盤現在還蠻大的，下一步

去除掉不需要的東西（ 我電腦是 64位 的，然后也不需要翻譯），下一步

接受默認選項 下一步

下一步

下一步

開始下載

安裝完成，點擊 結束

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五、Rtools 安裝

雙擊之前下載好的可執行文件 Rtools-XXXXX.exe

next

點擊 next

點擊 Install

開始下載 …

安裝完成，點擊 Finish

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六、Rstudio 安裝

雙擊之前下載好的可執行文件 RStudio-XXXXX.exe

點擊 下一步

同樣安裝目錄不要是中文路徑下

點擊 安裝

安裝中 …

安裝完成，點擊 完成

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七、java 的環境配置

為什么要配置java環境變量？

R 中有些包是依賴于 java 的，如果沒有配置的話有些命令無法使用

可查看該鏈接進行配置 ： java 環境配置(詳細教程)

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八、運行 RStudio

能夠打開就說明 R 語言和 RStudio 都安裝成功了

在 Tools 的 Global Options 可以設置一些全局的屬性，比如說字體、大小等等 …

可以簡單試試畫圖

plot(x=1,y=1)

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十、R 包安裝策略

1. 配置鏡像

1. 修改配置文件

在你 R 的安裝路徑下找到 Rprofile.site 配置全局環境變量的文件（我是默認安裝的，一般可以在C盤的 Program Files 文件夾下找到該配置文件），以記事本的方式打開，將以下配置粘貼上去

## 設置鏡像
local({ 
   r <- getOption("repos")
     r["CRAN"] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"
     options(repos=r)}
     )
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

## 設置下載方式
options("download.file.method"="libcurl")
options("url.method"="libcurl")

如果你保存的時候無法保存，不妨先將這個文件復制到你的桌面，在你桌面上修改好之后替換掉 etc 目錄下的該文件就行了

查看鏡像是否配置成功

輸入命令

getOption("repos")

getOption("BioC_mirror")

出現這個就表示鏡像配置成功

1. 修改全局設置

在 Tools 的 Global Options

選擇 China 的鏡像

2. 簡單命令

命令 + enter ==> 執行

查看 R 包安裝的位置

.libPaths()

查看已安裝的 R包

installed.packages()

查看可安裝 R包

available.packages()

查看某個包是否存在

library(包名)

例如：library(xlsx)

安裝本地 R包

install.packages("輸入你文件的地址",repos = NULL)

例如：
install.packages("~/../Desktop/GO.db_3.7.0.tar.gz",repos = NULL)

查看說明文檔

?install.packages

卸載 R 包

remove.packages("R包名")

例如：
remove.packages("xlsx")

3. 升級 R 包

以下是經常會使用到的包，復制以下命令回車執行就完事

update.packages()

if(!require("xlsx")) install.packages("xlsx")
if(!require("tidyr")) install.packages("tidyr")
if(!require("dplyr")) install.packages("dplyr")
if(!require("ggplot2")) install.packages("ggplot2")
if(!require("data.table")) install.packages("data.table")
if(!require("ggrepel")) install.packages("ggrepel")
if(!require("devtools")) install.packages("devtools")
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager")

可能需要點時間

下載的包都會到該目錄下

4. 安裝Bioconductor上的R包

復制以下命令回車執行就完事

BiocManager::install()

if(!require("DESeq2")) BiocManager::install("DESeq2")
if(!require("clusterProfiler")) BiocManager::install("clusterProfiler")

總結

感謝大佬的分享我才能把 R 艱難的安裝到我的電腦上，對此做出記錄，萬一以后還要下載 R 就不用費時間看視頻了，今后我也分享我學習 R 語言的一些筆記。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的R 语言的安装（详细教程）「建议收藏」(\r\n的区别)的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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