样本、文库、重复、lane、run - 二代测序原理及名词解释
參考:
獨(dú)占鰲頭的Illumina儀器(二代測(cè)序篇)
HiSeq2000測(cè)序原理、流程與儀器
NGS文庫制備的方法比較[心得點(diǎn)評(píng)]
各種測(cè)序文庫構(gòu)建方式
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樣本:就是待測(cè)的DNA、RNA或蛋白序列,樣本來源單一的就是單樣本,樣本來源于多處就是多樣本,一般我們測(cè)序用的樣本都是單樣本,但有時(shí)候有特殊需求,我們會(huì)把一些樣本混合在一起測(cè)序,也就是多樣本測(cè)序。
文庫:二代三代讀長(zhǎng)都是有限的,為此我們必須將全長(zhǎng)的序列打斷成小片段的文庫才能進(jìn)行測(cè)序。總的來說,在NGS分析之前,制備RNA或DNA的主要步驟包括:片段化和/或篩分指定長(zhǎng)度的目標(biāo)序列;將目標(biāo)片段轉(zhuǎn)化成雙鏈DNA;在片段末端連上寡核苷酸接頭;以及定量最終的文庫。
單端測(cè)序和雙端測(cè)序:單端測(cè)序(Single-read)首先將DNA樣本進(jìn)行片段化處理形成200-500bp的片段,引物序列連接到DNA片段的一端,然后末端加上接頭,將片段固定在flow cell上生成DNA簇,上機(jī)測(cè)序單端讀取序列(圖1)。 Paired-end方法是指在構(gòu)建待測(cè)DNA文庫時(shí)在兩端的接頭上都加上測(cè)序引物結(jié)合位點(diǎn),在第一輪測(cè)序完成后,去除第一輪測(cè)序的模板鏈,用對(duì)讀測(cè)序模塊(Paired-End Module)引導(dǎo)互補(bǔ)鏈在原位置再生和擴(kuò)增,以達(dá)到第二輪測(cè)序所用的模板量,進(jìn)行第二輪互補(bǔ)鏈的合成測(cè)序(圖2)。
flowcell:FC,一個(gè)FC就是一個(gè)載玻片狀的載體,它是測(cè)序的場(chǎng)所。
lane:表示測(cè)序芯片上的一條流通槽,測(cè)序文庫與試劑均在里面,測(cè)序信號(hào)的掃描也是按照一條lane上的一個(gè)tile進(jìn)行。一個(gè)FC有多條lane,一般是8條
run:測(cè)序儀運(yùn)行一次
把上面4篇文章看完基本就能理解二代測(cè)序的原理了~
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總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的样本、文库、重复、lane、run - 二代测序原理及名词解释的全部?jī)?nèi)容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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