短链脱氢酶催化合成奥利司他中间体的机制研究
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合作單位:Zhejiang Ocean University
參考文獻:Yuping Tang, Yafeng Zhou, Qiaojun Zhao, et al.. Process Biochemistry, 2020. DOI: 10.1016/j.procbio.2020.02.015 (IF = 3.06)
本文首次報道采用生物酶法通過MOT來制備奧利司他中間體(R)-MHOT,該研究成果為奧利司他的綠色合成奠定了基礎。
背景:
奧利司他(Orlistat)是一種有效的,特異性的,長效胃腸道脂肪酶抑制劑,可以通過抑制脂肪酶來減少飲食中脂肪的吸收,進而減輕體重。目前,奧利司他的獲得途徑主要分兩種:以天然產物利普斯他汀(Lipstatin)為起始物進行結構修飾得到;或者采用天然產物全合成方法。然而,利普斯他汀難以提取,導致患者難以負擔昂貴的醫藥費用。而全合成方法可以減少花費,是目前制備奧利司他的主要方法。
(R)-MHOT是合成奧利司他過程中非常關鍵的中間體,目前獲得(R)-MHOT的方法主要有化學合成和生物合成兩種?;瘜W方法由于ee值低,花費高等缺點難以大規模生產,因此生物合成方法是目前最具前景的合成方法。
近年來,還原酶在手性化合物的合成中發揮著重要的作用,大量的手性化合物都可以采用還原酶來合成。然而目前還沒有還原酶不對稱還原MOT產生(R)-MHOT的相關報道。本文根據之前研究的成果,采用NaSDR-G145A/I199L酶催化還原MOT產生(R)-MHOT,產量達到50 g/L。并采用分子模擬方法對該酶與MOT的結合模式及突變體產率增加的機制進行了深入研究。
方案設計:
作者先構建得到NaSDR及G145A/I199L突變體重組蛋白,并在不同溫度,pH等條件下測試酶對MOT的催化效率。最后采用分子模擬方法,研究了酶及突變體與MOT的最適催化構象,并解釋了突變體產率增加的原因。
主要結果:
在非線性回歸的分析基礎上,NaSDR和NaSDR-G145A/I199L催化MOT的Km值分別為0.08和0.11 mM,而野生型和突變體的kcat值分別為0.90/s和2.91/s,突變之后該酶的催化效率提高了3倍以上。
表1 NaSDR和NaSDR-G145A/I199L催化的動力學參數
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通過測試不同pH和不同實驗溫度對酶活性的影響,發現在pH=7和35℃附近,該酶具有較好的催化能力,如下圖所示。
圖1 pH(a)和溫度(b)對NaSDR-G145A/I199L活性的影響
最后,本文采用分子對接方法研究了NaSDR和NaSDR-G145A/I199L催化MOT的最佳構象進行了研究。首先采用同源模建方法得到蛋白的三維結構并進行合理性評估。再將MOT分別對接到NaSDR和NaSDR-G145A/I199L的催化活性位點,結果如圖2所示。從圖中可以看出,MOT主要可以結合在蛋白的疏水空腔中,與輔酶NADH具有較近的距離,適合催化反應的發生。
圖2 蛋白結構評估的拉氏圖(a)和ERRAT值分布(b),MOT在NaSDR(c)和NaSDR-G145A/I199L(d)活性位點的結合模式
為了進一步研究突變前后MOT與蛋白的結合差異以及引起催化效率變化的主要原因,圖3分析了MOT與周圍氨基酸殘基的相互作用情況。從圖中可以看出,MOT主要結合在由Ile89, Val144, Met195, Leu196, Val214, Phe260 和NADH組成的疏水性口袋中。Ser143和Tyr156可以作為氫鍵供體與MOT形成氫鍵相互作用。而突變體中,Gly145突變為Ala145,Ile199突變為Leu199,可以進一步增強活性位點的疏水性質,進而增強MOT與突變體的結合能(由-5.02增加到-5.61 kcal/mol)。并且在突變之后,MOT中的羰基碳原子與NADH的催化距離由3.00 ?減小到2.73 ?,進一步證明了突變之后更有利于MOT的催化反應。
圖3 MOT與NaSDR(a)和NaSDR-G145A/I199L(b)活性位點氨基酸殘基的相互作用,MOT在突變前后關鍵的催化距離變化(c)
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總的來講,本文通過實驗證明了NaSDR-G145A/I199L在35℃、中性條件下催化MOT產生(R)-MHOT的產量達到了50 g/L,并通過分子模擬方法從原子層面解釋了突變體產量提升的可能原因。定點突變或定向進化技術可以進一步提高該酶的催化能力,并用于大規模制備中間體(R)-MHOT。
總結
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