在擴增子數據分析中，有時會發現多個OTU 注釋到了同一個species ,  為什么會出現這種情況呢？

首先既然在OTU水平能分開，說明序列的相似度小于97%,  同一個物種的同一個基因的片段相似度會小于97%嗎？

答案是肯定的；

對細菌，古菌，真菌來說，在species 水平下面，還有1個strain 水平，而同一個species的不同strain, 有可能會相似度小于97%；

以RDP 下載的 Fungi 數據來說，在原始數據中，會有很多類似下面這種的序列

>S000448483 Sparassis crispa; MBUH-PIRJO&ILKKA94-1587/ss5 >S000448484 Sparassis crispa; MBUH-ILKKA88-2036/ss6 >S000415306 Sparassis crispa; MAFF 238626 >S000448480 Sparassis crispa; YCD2470/ss2 >S000448481 Sparassis crispa; YCD2637/ss3 >S000448482 Sparassis crispa; MBUH-SAVOLAINEN/ss4 >S000448487 Sparassis crispa; zw-clarku003/ss9 >S000448488 Sparassis crispa; BMS2857/ss10 >S000448479 Sparassis crispa; YCD2145/ss1 >S000448492 Sparassis crispa; HKAS15728/ss19 >S000448493 Sparassis crispa; HKAS32363/ss2

總結

以上是生活随笔為你收集整理的RDP 数据库简介的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。