這里再講解如何構(gòu)建本地的COBALT多序列比對(duì) ，在Linux 系統(tǒng)的配置步驟如下：

1． 登陸Ftp：ftp://ftp.NCBI .nlm.nih.gov/pub/agarwala/cobalt/，下載cobalt里的所有文件ncftp /pub/agarwala/cobalt > lscdd.aux cdd.freq cdd.phr cdd.psd cdd.psq cobalt.linux READMEcdd.blocks cdd.loo dd.pin cdd.psi cdd.rps patterns README.cobalt

2． 設(shè)置全局變量：setenv COBALT ，這里不設(shè)置也是可以的。下面直接用全路徑就是

3． 準(zhǔn)備你所要比對(duì)的蛋白序列(Fasta 格式)

4． 運(yùn)行的代碼如下($COBALT也可以用全路徑代替)：$COBALT/cobalt.linux -db $COBALT/cdd \ -b $COBALT/cdd.blocks -i \ -p $COBALT/patterns -f $COBALT/cdd.freq

5． 輸出的結(jié)果是Fasta格式。

查看詳細(xì)說(shuō)明，用$COBALT/cobalt.linux –help

更詳細(xì)的說(shuō)明文檔看cobalt文件夾里的README.cobalt。(責(zé)任編輯：admin)

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的linux 两个序列比对,如何用COBALT构建本地的多序列比对（Linux系统）的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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