如果在運行分子動力學的時候，軌跡文件的步長設置的太短，或者輸出文件輸出的太頻繁，這樣會導致生成的nc文件非常大，此時可以對軌跡進行處理，提取比較少的幀。

1 假設軌跡文件共有8000幀，從第一幀到第八千幀，每4幀提取一幀。以DNA納米管為例，加入其起始的拓撲文件為end.prmtop，跑出來的軌跡文件為prod.nc（共8000幀）。

（1）對軌跡進行處理：（并且將軌跡文件里的）

>parm end.prmtop

>trajin prod.nc 1 8000 4 （意思是讀取第一幀到第8000幀，并且只是每四幀讀取一次）

>trajout prod_new.nc nc

>go (此時會生成一個新的軌跡文件prod_new.nc，共兩千幀)

>strip :WAT,SOL（除去軌跡文件中殘基為WAT和EOL的殘基）

>trajout prod_new_no_solvent.nc nc

>go（此時會生成一個新的軌跡文件，prod_new_solvent.nc，共2000幀，且沒有溶劑，也就是乙醇和水）

>quit

（2）新生成的沒有溶劑的軌跡文件由于沒有乙醇分子和水分子，因此原子數目肯定和end.prmtop不匹配，因此我們要生成一個新的prmtop文件，可以按照下列方法進行

>parm end.prmtop

>parmstrip :WAT,SOL

（>parmbox nobox）（這一步我們不用，因為盒子還是要的）

>parmwrite out end_new.prmtop

>go

>quit

總結

以上是生活随笔為你收集整理的cpptraj对于轨迹的浓缩的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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