Question 1：什么是ANOSIM分析？

ANOSIM分析（Analysis of Similarities）即相似性分析，主要用于分析高維數據組間相似性，為數據間差異顯著性評價提供依據。在一些高維數據分析中，需要使用PCA、PCoA、NMDS等方法進行降維，但這些方法并不顯示組間差異的顯著性指標，因此可以使用ANOSIM分析解決此問題。
ANOSIM相似性分析是一種非參數檢驗，用來檢驗組間（兩組或多組）差異是否顯著大于組內差異，從而判斷分組是否有意義。首先利用Bray-Curtis算法計算兩兩樣品間的距離，然后將所有距離從小到大進行排序，并計算R和P值。R值用于不同組間屬否存在差異，P值用于說明是否存在顯著差異。

Q2：如何應用ANOSIM？

ANOSIM was used to compare within- and between-group similarity through a distance measure, to test the null hypothesis that the average rank similarity between samples within a group is the same as the average rank similarity between samples belonging to different groups.

參考文獻：
Effect of Different Hemodialysis Methods on Microbiota in Uremic Patients

Q3：如何不使用R語言進行ANOSIM分析？

小編和他的小伙伴們開發了一個在線的作圖小網站——云圖圖（www.cloudtutu.com，免費的哦~），操作步驟如下：
①登錄網址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推薦使用360或者谷歌瀏覽器）
②輸入用戶名和密碼（小編已經為大家填好了，如果不顯示可添加文末二維碼添加小編獲取），輸入驗證碼后即可登錄，不必注冊，直接使用，不必擔心隱私泄露，是不是誠意滿滿~
③登錄后在工具一欄（全部分析）里找到ANOSIM分析，點擊進入；
④請按照界面右側的說明書或者下文進行操作，即可在2分鐘內獲得一張精美的ANOSIM分析圖嘍~
話不多說，我們開始行動吧~

Step 1 上傳數據

※目前平臺僅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上傳。
平臺可對不規范的數據格式進行部分處理，但還是請您盡量按照示例數據的格式調整數據，以便機器可以識別。
a)準備一個數據矩陣（如微生物OTU表、物種豐度表、基因表達量矩陣、代謝物含量表，也可以是測量數據，例如身高、體重、表型等）；
b)表格需要帶表頭和列名，第一行為樣本名，第一列為指標名（如OTU ID，gene name等）。
c)請提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法為：全選excel中的所有內容（ctrl+A），復制到記事本中，將記事本文件另存后上傳該文件。
※傳完文件后一定要填寫說明書下方的分組信息！

Step 2 設置參數

2.1 在界面右側編輯分組信息：需要對所有樣品進行分組，本網站支持在線修改分組名稱。不填寫分組信息無法運算！

Step 3 下載文件

點擊運行后等待5-10秒即可下載結果，平臺提供PDF格式的矢量圖和表格下載。表格中包含了組間相關性的P值和R值可以用于后續分析。

Step 4 作圖后處理

TUTU云平臺提供的是PDF格式的矢量圖，可通過矢量圖處理軟件（Inkscape或AI）進行編輯和調整（如：文字字體，文字大小，圖片分辨率等）。圖形處理軟件和使用方法可掃描文后的二維碼添加小編微信獲取。下載表格文件可以用于后續分析。

結果說明

邊框代表上下四分位數間距(Interquartile range，IQR)，橫線代表中位值，上下觸須分別代表上下四分位以外的1.5倍IQR范圍。Between反應組間差異，A、B、C組分別表示組內差異。如果各個箱線圖的槽口互相不重合，說明各組中位數有差異。

It can be seen from Figure X that there are significant differences in colony distribution between the CK group and the dialysis group; there are also significant differences in colony distribution among the three groups of patients with different dialysis methods. Between represents the difference between groups; others are within groups; the greater the distance is, the greater the difference is; and the thickness is the sample size.

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尊敬的用戶，如果圖圖云平臺在您的科研中有幸提供了些許幫助，我們期望您能在方法學或者致謝中提及我們，引用方法如下：XXXX analysis was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com/#/index), a free online data analysis website. 目前平臺還處于測試階段，使用過程中有任何疑問或者報錯歡迎隨時聯系小編反饋。您的反饋和建議是我們最大的動力~

總結

以上是生活随笔為你收集整理的在线作图丨差异分析——ANOSIM相似性分析的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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