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圖形化開放式生信分析云平臺(tái)產(chǎn)品開發(fā) - 1 需求分析及技術(shù)實(shí)現(xiàn)
圖形化開放式生信分析云平臺(tái)產(chǎn)品開發(fā) - 2 樣本信息處理
圖形化開放式生信分析云平臺(tái)產(chǎn)品開發(fā) - 3 生信分析流程的進(jìn)化
圖形化開放式生信分析云平臺(tái)產(chǎn)品開發(fā) - 4 生信分析流程的圖形化
圖形化開放式生信分析云平臺(tái)產(chǎn)品開發(fā) - 5 生信分析流程服務(wù)器端運(yùn)行
圖形化開放式生信分析云平臺(tái)產(chǎn)品開發(fā) - 6 生信分析流程批量運(yùn)行與過程控制

在前文中描述了生信分析流程的整個(gè)設(shè)計(jì)、圖形化、服務(wù)器端運(yùn)行、批量運(yùn)行與過程控制（手動(dòng)停止，恢復(fù)運(yùn)行、覆蓋運(yùn)行），本文嘗試解決分析報(bào)告的模板定制與自動(dòng)生成。

軟件獲取：官網(wǎng)sliverworkspace.com免費(fèi)下載個(gè)人版，最新版本 2.0.277363

需求分析：

報(bào)告模板版式設(shè)計(jì)(視圖)：

• 封面
• 配色
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• 頁眉頁腳

分析流程的輸出數(shù)據(jù)(數(shù)據(jù))：

• 通用信息：樣本信息、患者信息、日期信息、檢測項(xiàng)目、報(bào)告編號等等。

[外鏈圖片轉(zhuǎn)存失敗,源站可能有防盜鏈機(jī)制,建議將圖片保存下來直接上傳(img-5as87s3T-1571713440404)(https://i.loli.net/2019/10/18/eiQsRqtD6uwVHKB.png)]

• 分析流程輸出的數(shù)據(jù)：如腫瘤項(xiàng)目中的SNV，CNV，SV等；可以是一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集，也可以是多個(gè)。

  下面是分析流程中SV的輸出結(jié)果：根據(jù)項(xiàng)目需要定義，實(shí)際上還會(huì)加上各種關(guān)聯(lián)的數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)，也可以實(shí)現(xiàn)：

• 分析流程輸出圖表：分析流程輸出的圖表，圖片；最終顯示在報(bào)告上面。

報(bào)告的自動(dòng)生成，就是將分析流程的輸出數(shù)據(jù)用模版填充，并提供下載。

技術(shù)選型

這里可以選擇的技術(shù)大致有兩種：

將數(shù)據(jù)渲染顯示為Web端（即網(wǎng)頁）的形式，需要時(shí)候打印為PDF下載，這是最常用的方式。優(yōu)點(diǎn)是下載之前可以預(yù)覽報(bào)告，便于調(diào)整。缺點(diǎn)是，個(gè)性化定制能力稍差，調(diào)整范圍不大。如果項(xiàng)目很多，則基本上共用一套模板，最多在顏色、字體上做些調(diào)整。就像某老板講的從報(bào)告上一看就知道你用了哪套程序，同質(zhì)化嚴(yán)重

模板格式直接使用Office Word格式，由word設(shè)計(jì)模板版式，下載的時(shí)候填充數(shù)據(jù)，下載之后打開預(yù)覽。優(yōu)點(diǎn)是，畢竟word的使用門檻比設(shè)計(jì)web網(wǎng)頁低得多。設(shè)計(jì)的靈活性大的多。而且，下載之后還可以人工修改、打印成PDF格式。缺點(diǎn)是，下載之前沒有辦法預(yù)覽，沒有web端顯示那么直觀。

經(jīng)過反復(fù)比對，為了提高整個(gè)平臺(tái)的靈活性，避免過度同質(zhì)化，這里采用Office Word文件格式來實(shí)現(xiàn)報(bào)告模板的定制與報(bào)告生成。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)

要將設(shè)計(jì)好的word格式文件，作為模板使用，就需要一套語法，將準(zhǔn)備好的數(shù)據(jù)集用變量顯示，生成報(bào)告的時(shí)候用實(shí)際數(shù)據(jù)替換變量得到報(bào)告。

這里舉一個(gè)簡單的例子：

如下圖，年齡字段這里做了簡單的邏輯判斷，如果patient.patientAge==null顯示為""空字符，如果patient.patientAge!=null則直接顯示patient.patientAge對應(yīng)的數(shù)值。

如下圖：

通用數(shù)據(jù)格式，按照以上形式拼寫：${變量名.屬性名}來表示相應(yīng)的值，對于分析流程輸出的數(shù)據(jù)集，也需要設(shè)計(jì)好語法，與之對應(yīng)。

[外鏈圖片轉(zhuǎn)存失敗,源站可能有防盜鏈機(jī)制,建議將圖片保存下來直接上傳(img-BgUCcxAK-1571713440405)(https://i.loli.net/2019/10/18/or6n4D1guW5adip.png)]

對應(yīng)的數(shù)據(jù)如下圖，實(shí)際上還會(huì)加上各種關(guān)聯(lián)的數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)，如有需要也可以實(shí)現(xiàn)。：

CNV分析輸出的圖片插入模板：

對應(yīng)字段${image[‘cnv_scatter.png’]}輸出報(bào)告后如下圖：

您可以下載PPT或加QQ群:853718264討論

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的图形化开放式生信分析系统开发 - 7 分析报告的模板定制与自动生成的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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