文檔介紹：

計算機輔助藥物設計 ------ 基本方法原理概要與實踐詳解作者朱瑞新 2011 年 1 月目錄序前言第一章“計算機輔助藥物設計”與 M OE 概貌一、導言二、“計算機輔助藥物設計”概貌三、 MOE 概貌四、知識拓展五、本章小結六、復****思考題第二章虛擬組合庫設計一、虛擬組合庫設計的運用二、組合化學與虛擬組合庫設計三、虛擬組合庫設計的方法原理四、虛擬組合庫設計的操作要領五、知識拓展六、本章小結七、復****思考題第三章生物大分子結構預測一、生物大分子結構預測的運用二、生物大分子結構測定與生物大分子結構預測三、生物大分子結構預測的方法原理四、生物大分子結構預測的操作要領五、知識拓展六、本章小結七、復****思考題第四章定量構效關系 1 一、定量構效關系的運用二、構效關系與定量構效關系三、定量構效關系的方法原理四、定量構效關系的操作要領五、知識拓展六、本章小結七、復****思考題第五章藥效團模型一、藥效團模型的運用二、活性特征基團和藥效團三、藥效團模型的方法原理四、藥效團模型的操作要領五、知識拓展六、本章小結七、復****思考題第六章分子對接一、分子對接的運用二、分子(生化)水平的高通量篩選技術和分子對接三、分子對接的方法原理四、分子對接的操作要領五、知識拓展六、本章小結七、復****思考題第七章全新藥物設計一、全新藥物設計的運用二、片段組學(基于片段的藥物設計)和全新藥物設計三、全新藥物設計的方法原理四、全新藥物設計的操作要領五、知識拓展 23 六、本章小結七、復****思考題第八章分子動力學、隨機動力學和蒙特卡洛一、分子動力學、隨機動力學和蒙特卡洛的運用二、體系全部性質測定和分子動力學/ 隨機動力學/ 蒙特卡洛三、分子動力學、隨機動力學和蒙特卡洛的方法原理四、分子動力學、隨機動力學和蒙特卡洛的操作要領五、知識拓展六、本章小結七、復****思考題第九章 MO E 中其它實用模塊一、受體- 配體復合物指紋( PLIF ) 二、大分子質子化( Protonate3D ) 三、抗體模建( Antibody Modeler ) 四、知識拓展五、本章小結六、復****思考題參考文獻致謝前言本書系作者在近年來為同濟大學本科生開設的《計算機輔助藥物設計》課程所用講義基礎上,經擴展、補充和修改編寫而成。本書內容涵蓋了“計算機輔助藥物設計”七大研究方向: 1、虛擬小分子生成、 2、大分子結構預測、 3、定量構效關系、 4、藥效團模型、 5分子對接、 6、全新藥物設計和 7、動態模擬(分子動力學/隨機動力學/蒙特卡洛) 。并且第一次系統地對這些技術的操作進行了講解。其中,本書第一章是對“計算機輔助藥物設計”和配合本書實例講解的國際著名軟件 MOE 的全貌進行了介紹;第二章到第八章依次對“計算機輔助藥物設計”的七大研究方向進行了理論和實踐操作的系統介紹;最后一章對 MOE 中三個特色模塊進行了單獨介紹。另外,本書每章還設有一個“知識拓展”,該部分主要是介紹一些更為前沿或熱門的知識,希望能為讀者的相關研究或深入學****起到拋磚引玉的效果。“計算機輔助藥物設計”是門非常綜合且前沿的學科,對于本科生而言系統的理論學****將會嚴重打擊其學****的積極性;同樣如果只是科普性的介紹一些新概念或者介紹一些傳奇故事,而不進行系統的實踐操作,那么學生們的動手能力無法得到很好的訓練,這點對于部分本科畢業即將要走上工作崗位的同學顯得尤為重要。因此本書對于理論部分的介紹盡量做到簡明扼要,而對于實踐操作的講解盡量做到詳細,以期能夠讓讀者一直保持著“強烈的掌握欲望”快速掌握“計算機輔助藥物設計”核心技術。本書是國內第一本專門為本科生撰寫的《計算機輔助藥物設計》教材,此外,本書也將是工業界相關人員和研究生的一本非常合適的參考書。鑒于作者學識淺薄,再加上時間緊迫,書中定有多處不足,甚至錯誤之處,還請各位專家和讀者指出。朱瑞新同濟大學生命科學與技術學院 2011-01-05 第一章“計算機輔助藥物設計”與 MOE 概貌本章內容目錄一、 導言二、 “計算機輔助藥物設計”概貌三、 MOE 概貌四、 知識拓展五、 本章小結六、 復****思考題一、導言“數學就是一門把不同的東西歸結為相同問題的藝術。”——Jules Henri Poincaré (法國數學物理學家, “最后一位數學通才”) “用物理的火炬照亮化學的暗室。”——Friedrich Wilhelm Ostwald (1909 年 Nobel 化學獎得主,物理化學學科奠基人) “計算化學家的時代即將到來。到時,若不是成千也有上百的化學家,為了化學中日益增多的許多細節問題將走向計算機,而不是去實驗室。”——Robert Sanderson Mulliken (1966 年獲諾貝爾化學獎,分子軌道理論

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總結

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