一．下載并安裝這個軟件

下載地址進下面，但是下載源碼安裝總是很困難，我直接下載bin文件可執行程序。

解壓進入目錄

首先make

然后make?install即可

安裝總是失敗，我也不知道怎么回事，懶得解決了。

直接去我老師那里把這個程序拷貝進來了。

也可以直接下載bin程序

二．準備測試數據

類似于這樣的幾個文庫的左右兩端測序數據。

我這里用一個小樣本的單端數據做測試

三，參考命令

You?may?run?it?like?this:

總共就四個步驟，介紹如下。

./pregraph_sparse?[parameters]

./SOAPdenovo-63mer?contig?[parameters]

./SOAPdenovo-63mer?map?[parameters]

./SOAPdenovo-63mer?scaff?[parameters]

i)?preparing?the?pregraph.?This?step?is?similar?to?velveth?for?velvet.

ii)?Determining?contigs.?This?step?is?similar?to?velvetg?for?velvet.

iii)?Mapping?back?reads?on?to?contigs.

iv)?Assembling?contigs?into?scaffolds.

SOAPdenovo-63mer??sparse_pregraph??-s?config_file?-K?45?-p?28?-z?1100000000?-o?outPG

SOAPdenovo-63mer?contig??-g?outPG

SOAPdenovo-63mer?map?-s?config_file?-g?outPG?-p?28

SOAPdenovo-63mer??scaff?-g?outPG?-p?28

官網給出的步驟如下

這個命令還需要一個配置文件

max_rd_len=99?設置最大reads長度，具體情況具體定義

[LIB]?第一個文庫數據

avg_ins=225

reverse_seq=0

asm_flags=3

rank=1

q1=runPE_1.fq

q2=runPE_2.fq

[LIB]?第二個文庫數據

avg_ins=2000

reverse_seq=1

asm_flags=2

rank=2

q1=runMP_1.fq

q2=runMP_2.fq

也可以全部一次性的搞一個命令

all?-s?config_file?-K?63?-R?-o?graph_prefix?1>ass.log?2>ass.err

我簡單修改了一下參考博客的代碼跟官網的代碼，然后運行了我自己的代碼

/home/jmzeng/bio-soft/SOAPdenovo2-bin-LINUX-generic-r240/SOAPdenovo-127mer

all?-s?config_file?-K?63?-R?-ograph_prefix?1>ass.log?2>ass.err

反正我也不懂，就先跑跑看咯

我選取的是7個單端數據，所以我的配置文件是

max_rd_len=500

[LIB]

avg_ins=225

reverse_seq=0

asm_flags=3

rank=1

p=SRR072005.fa

p=SRR072010.fa

p=SRR072011.fa

p=SRR072012.fa

p=SRR072013.fa

p=SRR072014.fa

p=SRR072029.fa

四．輸出數據解讀

好像我的數據都比較小，就7個三百多兆的fasta序列，幾個小時就跑完啦

四個步驟都有輸出數據

好像組裝效果慘不忍睹呀！共86萬的contig，50多萬的scaffold

scaffolds>100? 505473 99.60%

scaffolds>500? 113523 22.37%

scaffolds>1K?? 48283 9.51%

scaffolds>10K? 0 0.00%

scaffolds>100K 0 0.00%

scaffolds>1M?? 0 0.00%

這其實都相當于沒有組裝了，因為我的測序判斷本來就很多是大于500的！

可能是我的kmer值選取的不對

Kmer為63跑出來的效果不怎么好，86萬的contig，50萬的scaffold的

Kmer為35跑出來的效果更慘，203萬的contig，近60萬的scaffold。

我覺得問題可能不是這里了，可能是沒有用到那個20k和3k的雙端測序庫，唉，其實我習慣了illumina的測序數據，不太喜歡這個454的

感覺組裝好難呀，業余時間搞不定呀，希望有高手能一起交流，哈哈，我自己再慢慢來試試。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的基因组组装程序linux,基因组组装软件SOAPdenovo安装使用的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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