對于Lammps初學(xué)者，建模的方法主要有以下幾種：1、在Lammps中自行建模，適合金屬等簡單的模型，如果遇到聚合物就比較麻煩了；2、通過第三方軟件建模，例如：Matlab、Python、VMD、Material Studio(MS)等軟件，建完模型轉(zhuǎn)換成data文件導(dǎo)入到Lammps中。今天本文主要是介紹在MS中建聚合物，以12烷為例，導(dǎo)入到Lammps中，再在Lammps中建立金屬模型，以Al為例，再組合生成一個(gè)完整模型，以便于后面開展計(jì)算，同時(shí)在建模的過程中解釋很多新手在學(xué)習(xí)這種組合模型構(gòu)建的困惑。

首先介紹在MS中建聚合物12烷，具體建模方式可以學(xué)習(xí)手冊，這里說12烷在進(jìn)行創(chuàng)建盒子和進(jìn)行幾何優(yōu)化都使用pcff力場，如圖1，然后生成*.car文件，使用Lammps自帶的msi2lmp進(jìn)行文件轉(zhuǎn)換，生成data文件。MS的模型有很多種方法轉(zhuǎn)換到適合Lammps的data文件，本文只針對msi2lmp轉(zhuǎn)換這種方式進(jìn)行描述。在這里面需要解釋為什么在MS里建聚合物，而不在這里建金屬模型。MS有個(gè)巨大的問題是在于這里面的力場和msi2lmp進(jìn)行轉(zhuǎn)換的時(shí)候只有兩種力場可以互相轉(zhuǎn)換：cvff和pcff力場，如圖2。而cvff和pcff力場都是適用于有機(jī)物，如圖3，所以金屬模型在這里轉(zhuǎn)換的時(shí)候需要把鍵都要?jiǎng)h除，否則類似氧化鋁這種金屬之間有Al-O鍵，在cvff和pcff力場中是無法識別的，所以要是建復(fù)雜一點(diǎn)的金屬模型就很麻煩，但是單晶的金屬在這里建都無妨。所以本文最終選擇只在MS中建立12烷，使用pcff力場。

圖 1

圖 2

圖3

通過Lammps建立Al模型，模型in文件如圖4，在這里對于新手的一個(gè)建議就是in文件的書寫一定要規(guī)范，便于以后自己辨認(rèn)。

圖4

現(xiàn)在開始將12烷模型和Al模型合并到一個(gè)模型中去，再輸出data文件，這樣做的目的是將建模和計(jì)算分開，以便于后續(xù)的仿真計(jì)算。代碼如圖5：先給12烷賦予勢函數(shù)，然后讀取12烷和Al模型，兩者通過命令合成一個(gè)模型。再給組合模型一個(gè)混合勢，分別描述12烷、Al模型以及他們之間的相互作用。最后進(jìn)行分組，輸出data文件，模型如圖6所示。

圖5

圖6

至此，組合模型已經(jīng)建立成功。由于作者是Lammps初學(xué)者，如有錯(cuò)誤，還希望各位大佬們指正！另外，在這里非

常感謝哈爾濱工業(yè)大學(xué)沈榮琦博士和中南大學(xué)強(qiáng)元寶碩士在這項(xiàng)學(xué)習(xí)上的幫助！

轉(zhuǎn)載本文請聯(lián)系原作者獲取授權(quán)，同時(shí)請注明本文的來自鏈接！

如果有幫助到你請點(diǎn)贊收藏，加關(guān)注，打個(gè)賞，謝謝~歡迎在評論區(qū)留言，作者不定期回復(fù)！

別不務(wù)（ke）正業(yè)(yan)了，快來眼保健操~

今天請大家欣賞日本女模特——吉岡里帆（圖片和視頻來自吉岡里帆ins)

知乎視頻?www.zhihu.com

如果有幫助到你請點(diǎn)贊收藏，加關(guān)注，打個(gè)賞，謝謝~歡迎在評論區(qū)留言，作者不定期回復(fù)！

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的lammps软件_Lammps模型构建的方法之一：组合模型构建的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網(wǎng)站內(nèi)容還不錯(cuò)，歡迎將生活随笔推薦給好友。