本文主要介紹藥物研發(fā)算法科技公司深勢科技是如何實(shí)現(xiàn)低成本在阿里云上構(gòu)建分子模擬MDaaS （Molecular Dynamics as a Service）超算集群。

客戶簡介
公司名稱：深勢科技

公司網(wǎng)址：http://dptech.deepmd.net/

公司介紹：

深勢科技是一家成立于2018年的藥物研發(fā)算法科技公司，致力于運(yùn)用新一代分子模擬MDaaS （Molecular Dynamics as a Service）技術(shù)解決藥物研發(fā)難題，實(shí)現(xiàn)藥物分子的理性發(fā)現(xiàn)和設(shè)計(jì)。

企業(yè)的主要產(chǎn)品Hermite 藥物研發(fā)套件，旨在幫助用戶在第一性原理精度力場基礎(chǔ)上，實(shí)現(xiàn)高通量藥物篩選與優(yōu)化；DP-Cloudserver軟件，旨在幫助用戶更便捷創(chuàng)建基于深度學(xué)習(xí)的原子間勢能和力場模型和運(yùn)行分子動力學(xué)模型，有效解決分子模擬中的準(zhǔn)確性和效率性難以兼顧的問題。

公司由中科院院士領(lǐng)銜，核心團(tuán)隊(duì)來自北京大學(xué)、普林斯頓大學(xué)、上海藥物研究所等高校和科研機(jī)構(gòu)，在機(jī)器學(xué)習(xí)、第一性原理建模、RiD高效采樣、生成算法、力場開發(fā)等方面有著深厚的技術(shù)積累，在小分子藥物設(shè)計(jì)和大分子藥物設(shè)計(jì)領(lǐng)域有著豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)。

公司已在力場開發(fā)、小分子藥物篩選與優(yōu)化、藥物ADMET性質(zhì)預(yù)測、結(jié)合自由能微擾、多肽藥物設(shè)計(jì)等領(lǐng)域提出更加高效和準(zhǔn)確的解決方案，并與諸多來自學(xué)界和工業(yè)界的客戶開展合作。目前已經(jīng)獲得來自知名投資機(jī)構(gòu)的近2000萬元天使投資。

業(yè)務(wù)痛點(diǎn)
深勢科技的業(yè)務(wù)量波動較大，希望可以提供基于作業(yè)負(fù)載的彈性伸縮能力，最大化利用計(jì)算資源；

深勢科技可以有效調(diào)度集群的計(jì)算資源，希望提供跨可用區(qū)的多規(guī)格實(shí)例彈性擴(kuò)容，并且支持不同實(shí)例規(guī)格使用不同的鏡像；

集群的作業(yè)量很大，所以深勢科技希望可以提供作業(yè)粒度的費(fèi)用賬單便于計(jì)費(fèi)；

深勢科技作為一家初創(chuàng)企業(yè)，追求高性價(jià)比，以較低成本完成有效計(jì)算。

為什么選擇阿里云？
主要是領(lǐng)先的產(chǎn)品與靈活的售賣模式。

阿里云是國內(nèi)少有提供云上彈性高性能計(jì)算平臺（EHPC）的云廠商，阿里云EHPC集群的自動伸縮功能，超越傳統(tǒng)超算的“靜態(tài)”資源分配，用戶可根據(jù)負(fù)載實(shí)現(xiàn)按需擴(kuò)容縮容。通過用戶自定義設(shè)置，有效提升作業(yè)的吞吐量，加快作業(yè)處理速度，極大提升集群的利用率。

植根于阿里云自動運(yùn)維與可視化管控技術(shù)，E-HPC提供集群管理、作業(yè)管理、用戶管理和可視化等功能，幫助用戶輕松使用云上HPC集群。阿里云后臺實(shí)現(xiàn)對集群的主動運(yùn)維、熱升級與遷移，讓HPC客戶專注于應(yīng)用與科研本身，無需費(fèi)時(shí)費(fèi)力于集群管理與運(yùn)維，更加便捷地使用超算帶來的便利。

同時(shí)基于費(fèi)用中心的賬單，EHPC提供開源計(jì)費(fèi)工具，支持作業(yè)粒度的費(fèi)用統(tǒng)計(jì)，高效解決計(jì)費(fèi)需求。同時(shí)阿里云的搶占式實(shí)例提供了低成本的算力資源，價(jià)格最低達(dá)到按量付費(fèi)的一折。

解決方案

方案細(xì)節(jié)：

深勢科技通過阿里云彈性高性能計(jì)算的平臺，調(diào)度下層多種算力資源。在選擇算力資源時(shí)，深勢科技多選用了具有低成本優(yōu)勢的搶占式實(shí)例，同時(shí)通過阿里云彈性供應(yīng)解決方案，深勢科技可以一次性獲取所需的算力資源，無需關(guān)注底層實(shí)例。

由于客戶需求多跟著項(xiàng)目周期走，深勢科技的業(yè)務(wù)有不穩(wěn)定的周期性，阿里云彈性高性能計(jì)算平臺（EHPC）的自動伸縮功能，利用云上的彈性，根據(jù)作業(yè)負(fù)載自動管理計(jì)算資源，深勢科技不需要自行管理資源規(guī)模，有助于深勢科技降低運(yùn)維成本。

深勢科技需要計(jì)算每個(gè)用戶、作業(yè)所用資源費(fèi)用，幫助統(tǒng)計(jì)成本；阿里云EHPC的作業(yè)詳情導(dǎo)出功能，可以查看每個(gè)作業(yè)的資源使用量。同時(shí)開發(fā)費(fèi)用統(tǒng)計(jì)工具，結(jié)合費(fèi)用中心賬單可以統(tǒng)計(jì)每個(gè)作業(yè)的計(jì)算費(fèi)用。

阿里云彈性供應(yīng)組是一個(gè)使用搶占式實(shí)例和按量付費(fèi)實(shí)例快速部署實(shí)例集群的方案，支持一鍵部署跨計(jì)費(fèi)方式、跨可用區(qū)、跨實(shí)例規(guī)格族的實(shí)例集群，可以穩(wěn)定提供計(jì)算力，在享受緩解搶占式實(shí)例的回收機(jī)制帶來的不穩(wěn)定因素，免去重復(fù)手動創(chuàng)建實(shí)例的繁瑣操作。

因此，使用彈性供應(yīng)的成本最優(yōu)策略來調(diào)度搶占式實(shí)例資源，指定多個(gè)可用區(qū)和實(shí)例規(guī)格，確保以最優(yōu)價(jià)格完成spot+按量計(jì)算資源的交付。按秒計(jì)費(fèi)，價(jià)格最低至1折。

客戶效益
1、滿足了客戶低成本構(gòu)建高可用算力集群的需求：30%成本實(shí)現(xiàn)海量算力交付：深勢科技利用彈性供應(yīng)的成本優(yōu)化策略，結(jié)合spot實(shí)例的價(jià)格巡檢，以30%的成本完成日均3w+ vCPU資源的交付。

2、EHPC自動運(yùn)維的易用特性，降低了深勢科技的運(yùn)維成本，提升了集群管理效率。

客戶證言
分子模擬為我們提供了認(rèn)識世界的重要工具，而具體實(shí)現(xiàn)這一過程一方面需要優(yōu)質(zhì)的算法，另一方面需要海量的計(jì)算資源。深勢科技采用的“AI+物理建模+HPC”的研發(fā)范式，在算法層面取得了重大突破；而在資源層面，我們要感謝阿里云的彈性高性能計(jì)算服務(wù)在較低成本的基礎(chǔ)上提供了海量的計(jì)算資源。接下來，深勢科技會與阿里云進(jìn)一步緊密合作，將“AI+物理建模+HPC+云計(jì)算”的MDaaS模式推及更多有需求的朋友們。——深勢科技CEO孫偉杰

選用產(chǎn)品
彈性高性能計(jì)算E-HPC

彈性高性能計(jì)算（E-HPC）基于阿里云基礎(chǔ)設(shè)施，為用戶提供一站式公共云HPC/AI平臺服務(wù)，面向科研，生產(chǎn)，教育和行業(yè)大計(jì)算，提供快捷，彈性，安全和與阿里云產(chǎn)品互通的云超算平臺。

更多關(guān)于彈性高性能計(jì)算E-HPC的介紹，請參見彈性高性能計(jì)算E-HPC產(chǎn)品詳情頁。

云服務(wù)器ECS

云服務(wù)器（Elastic Compute Service，簡稱ECS）是阿里云提供的性能卓越、穩(wěn)定可靠、彈性擴(kuò)展的IaaS（Infrastructure as a Service）級別云計(jì)算服務(wù)。云服務(wù)器ECS免去了您采購IT硬件的前期準(zhǔn)備，讓您像使用水、電、天然氣等公共資源一樣便捷、高效地使用服務(wù)器，實(shí)現(xiàn)計(jì)算資源的即開即用和彈性伸縮。阿里云ECS持續(xù)提供創(chuàng)新型服務(wù)器，解決多種業(yè)務(wù)需求，助力您的業(yè)務(wù)發(fā)展。

更多關(guān)于云服務(wù)器ECS的介紹，參見云服務(wù)器ECS產(chǎn)品詳情頁。

搶占式實(shí)例

搶占式實(shí)例是云服務(wù)器ECS一種特殊的實(shí)例，相對于按量付費(fèi)實(shí)例價(jià)格有一定的折扣，其價(jià)格以小時(shí)為周期根據(jù)供需情況不同而變化，最低可至按量付費(fèi)的一折，旨在為用戶降低部分場景下使用ECS實(shí)例的成本。

更多關(guān)于搶占式實(shí)例的介紹，參見搶占式實(shí)例文檔頁。

GPU 云服務(wù)器

提供 GPU 算力的彈性計(jì)算服務(wù)，具有超強(qiáng)的計(jì)算能力，服務(wù)于深度學(xué)習(xí)、科學(xué)計(jì)算、圖形可視化、視頻處理多種應(yīng)用場景。阿里云作為亞洲第一的云服務(wù)提供商，隨時(shí)為您提供觸手可得的算力，有效緩解計(jì)算壓力，提升您的業(yè)務(wù)效率，助您提高企業(yè)競爭力。

原文鏈接
本文為阿里云原創(chuàng)內(nèi)容，未經(jīng)允許不得轉(zhuǎn)載。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的阿里云超算异构Spot集群，助力深势科技30%成本驱动MDaaS海量算力的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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