分子克隆科研利器SnapGene,测序验证好帮手
首先需要下載軟件(文末下載),然后安裝,打開軟件后的界面如下:
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01
創(chuàng)建DNA文件
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可以點(diǎn)擊New DNA File輸入自己從數(shù)據(jù)庫上下載的序列,或測序得到的系列,對于質(zhì)粒,Topology選擇circular(環(huán)形),
勾選Detect common features,將一些質(zhì)粒共有的常見的特征加入其中,也可以輸入蛋白序列(New Protein File),或是點(diǎn)擊Import?from?Genebank,輸入NCBI中某序列的access?number,點(diǎn)擊OK。以NCBI上大腸桿菌為例,輸入NC_000913,便可以得到細(xì)菌的完成圖,此時(shí)彈出如下窗口:
圖1
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從該圖可以看到細(xì)菌的基因組大小為4,641,652bp,即4.6Mb左右,通過該圖,直觀的給我們展示了細(xì)菌基因組大小
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02
軟件界面窗口介紹
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以圖1窗口為例,左下角視窗放大如下
圖1是在map視窗下的顯示界面,選擇sequence視窗,可以得到詳細(xì)的堿基序列信息,結(jié)果如下
圖2
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前面講到對于質(zhì)粒,選擇環(huán)狀,勾選Detect common features,一些質(zhì)粒共有的常見特征會在軟件中展示出來,圖2導(dǎo)入NCBI中細(xì)菌基因組數(shù)據(jù)后,細(xì)菌基因組中常見的特征也展示出來了,從圖中可以直觀的看到紅紫色標(biāo)簽就是該菌編碼的一個(gè)蛋白序列,從起始密碼子到終止密碼子。
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?選擇Enzymes,可以看到該菌含有的所有酶切位點(diǎn),該圖中沒有限制性酶切位點(diǎn),都是多酶切位點(diǎn)(紅色箭頭標(biāo)出)
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來源:51xxziyuan.com
總結(jié)
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