从蛋白质结构到功能的生物信息学研究 From Protein Structure to Function with Bioinformatics PDF
本書是關于蛋白質結構生物信息學,以及它如何幫助理解和預測蛋白質功能。它涵蓋了基于結構的方法,這些方法可以根據整體褶皺、蛋白質表面的特征、小型三維圖案的出現、蛋白質與蛋白質的相互作用以及動態特性來分配和解釋蛋白質的功能。這類方法有助于從新的實驗結構中提取最大的價值,但通常可以應用于蛋白質模型。因此,該書還全面涵蓋了預測或推斷蛋白質結構的方法,涵蓋了從球狀蛋白和它們的膜駐留對應物到淀粉樣結構和內在無序蛋白的所有結構類別。
本書分為兩大部分,第一部分涉及生成或推斷蛋白質結構的方法,第二部分涉及基于結構的功能注釋。每一章都是由該領域的世界專家撰寫。第一部分涵蓋了從傳統的同源模型和折疊識別到基于片段的自發方法,并包括第二版中新增加的一章,即利用進化協方差進行結構預測。膜蛋白和內在無序蛋白各有一章,而兩個新的章節涉及淀粉樣結構和預測蛋白-蛋白相互作用模式的方法。第二部分包括涉及蛋白質褶皺內功能多樣性的章節,以及根據表面特性和重復出現的主題分配功能的方法。其他章節包括蛋白質動力學在蛋白質功能中的關鍵作用以及使用自動服務器進行功能推斷。本書最后有兩章涉及結構預測的案例研究,分別基于晶體結構和蛋白質模型,提供了前面提到的方法在現實世界中使用的大量例子。
本書以研究生和學術研究人員為對象。最明顯的是蛋白質生物信息學家和結構生物學家感興趣,但也應作為生物學家的指南,強調結構生物信息學可以提供他們感興趣的蛋白質的見解。
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總結
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