今天培訓(xùn)群里有人問了這么一個問題：這個熱圖上面的樹是根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系畫的嗎？

這個問題不只問過一次，類似的問題也有一些，拿到一個圖不知道各部分是怎么來的。看到樹就以為是進(jìn)化樹，看到點(diǎn)就是差異基因，看到顏色就是表達(dá)。

遇到這種問題，原因一般有 2 點(diǎn)：

主觀原因：對圖的含義不理解，對圖怎么畫出來的不清楚

客觀原因：很多工具包裝太好，輸入一個大對象，出各種圖，不細(xì)了解的人不知道每個圖的輸入數(shù)據(jù)是啥 （后面落腳還是主觀原因）

針對這個圖，如果問“這個樹是根據(jù)系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系出來的嗎？”

首先考慮作圖時(shí)有沒有直接提供給程序系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系 - 如果沒有，那就不是系統(tǒng)進(jìn)化樹。

其次考慮有沒有提供數(shù)據(jù)讓程序推斷系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系，比如有沒有提供序列信息 - 如果沒有，那就不是系統(tǒng)進(jìn)化樹。

再次考慮每個分支是不是標(biāo)準(zhǔn)的物種名字，部分程序可以根據(jù)物種名獲取進(jìn)化關(guān)系 - 如果不是，那就不是系統(tǒng)進(jìn)化樹。

這個圖推測繪制的應(yīng)該是樣本相關(guān)性熱圖，提供的是樣本中基因或 OTU 或其它指標(biāo)的豐度數(shù)據(jù)，計(jì)算相關(guān)性（也可能直接提供相關(guān)性矩陣），再進(jìn)行層級聚類出的熱圖。樹代表的是層級聚類的結(jié)果。

其它圖也是，問出問題時(shí)看下自己的輸入數(shù)據(jù)，給的是什么數(shù)據(jù)，再去解釋圖。

富集分析的圖，每次問起每個點(diǎn)代表什么，會有人說“基因”；顏色代表什么，會有人說“基因表達(dá)量”。這也許就是思維定式，“看到顏色就是表達(dá)”。仔細(xì)看看圖例，想想輸入數(shù)據(jù)。

• Volcano plot | 別再問我這為什么是火山圖

• 圖形解讀系列 | 散點(diǎn)圖也不簡單

• 圖形解讀系列 | 給你5個示例，你能看懂常用熱圖使用嗎？

往期精品(點(diǎn)擊圖片直達(dá)文字對應(yīng)教程)

機(jī)器學(xué)習(xí)

后臺回復(fù)“生信寶典福利第一波”或點(diǎn)擊閱讀原文獲取教程合集

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的这个热图上面的树是根据系统发育关系画的吗？的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網(wǎng)站內(nèi)容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。