上篇多序列比對軟件Jalview的安裝及使用體驗介紹了Jalview可一站式完成：多序列比較、圖形的美化及編輯；使用的比對方法、算法豐富；圖形美觀、顏色多樣，被不少遺傳領域SCI文章所使用。

本篇進一步介紹用Jalview繪制Sequence logo及系統發育樹。

展示Sequence logo圖

序列標識圖 (Sequence logo)就是序列的殘基Logo，它是以圖形的方式依次繪出序列比對中各個位置上出現的殘基，每個位置上殘基的累積可以反應出該位置上殘基的一致性。每個殘基對應圖形字符的大小與殘基在該位置上出現的頻率成正比。但圖形字符的大小并不等于頻率百分比，而是經過簡單統計計算后轉化的結果。

實操

調整顏色 -?選Clustalx默認色

調整Logo背景

Logo白背景

移動序列的起始位置

有時會遇到序列遮擋到序列標簽的情況 (本例中無遮擋)，這就需要調整序列標簽與序列的空隙。將鼠標放到箭頭所示的位置，可進行拖動。

調整字體

如果想調整字體大小，讓序列在文章中顯示的更加清楚，可按照如下操作 (Format -> Font)。

調整序列的字體、大小和風格

系統發育樹

首先選中比對序列 (下圖紅框)，按照如下操作

Calculate

選擇比對算法

序列的剪輯

文章中一般只展示目標區域，需對序列進行裁剪。首先用鼠標選中裁剪區域 (上方紅色區域)。

再點擊"Edit"，選擇"Deleta"進行刪除

總 結

Jalview的序列標識圖比較美觀，整體的美化和裁剪操作也很方便。導出圖片后 (導出方法可參考之前推文)，可利用AI等工具進一步修圖，例如只保留序列比對圖和序列標識圖，并與前期的家系分析圖和一代測序峰圖合并、保存，最終插入到文章中使用。

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的Jalview | 多序列比对图中显示序列标识的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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