50T内存?百万机时?头一次见这么耗费内存和机时的分析?
朋友發來一個公司的分析報價單,讓我看看。這些分析雖不是太懂,不過也了解一些。人的CIRCOS是畫過的,我的小破服務器(32核,256G內存)處理起來沒任何壓力。一個家族基因鑒定、進化分析據說一臺普通筆記本都可以做。重復序列多時分析是困難些,50T內存,倒顯得我孤陋寡聞了。
之前總有學員問起宏基因組分析需要內存多大,我說300G起(尤其是Kraken1時,沒這么多內存,數據庫索引都建不起來;當然也取決于數據量,一臺幾十G內存的電腦也可以完成宏基因組大部分分析)。學員去問了其它知名博主,得到的回答是“你聽錯了,說的應該是300G硬盤”。那如果看到這個50T的內存會怎么想呢?順手查了下,50T確實也不算高。比如天河2號共有1.4PB內存。這樣看,倒是小巫見大巫了。
1000000 CPU*H應該是100萬CPU時間;假如是并行1000核,算一下需要41天 (1000000 / 1000 / 24 = 41.67),我懷疑我算錯了?
如果用天河2號就快了,312萬個計算核心,也就是20分鐘的時間。
當然天河2號還不是最快的,看看下面這個表
沙特也在前10,有錢真好!不過石油也確實是需要用到大型計算的地方。記得10多年前在中科院計算所上課時,高性能計算老師講過,(那時)國內的超級計算機都在每天哭窮的中石油、中海油等手里。
看到大型機,想起來有次坐公交車遇到一位老先生,軍工做大型機的。聊起來,問我做什么的?我說做IT的(生物信息解釋起來有些麻煩)。老大爺說工資應該不錯吧,有1萬多吧??這就尷尬了,剛說了做IT的就被問到工資,不能給IT丟臉啊,打腫臉充胖子,沒有也不能承認啊,心虛的點個頭,說了句“差不多”。接著又被老大爺刺激了,“我們單位做IT的小伙比你多多了~~~”
往期精品(點擊圖片直達文字對應教程)
機器學習
后臺回復“生信寶典福利第一波”或點擊閱讀原文獲取教程合集
創作挑戰賽新人創作獎勵來咯,堅持創作打卡瓜分現金大獎總結
以上是生活随笔為你收集整理的50T内存?百万机时?头一次见这么耗费内存和机时的分析?的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
- 上一篇: 机器学习算法 - 随机森林之决策树初探(
- 下一篇: 她的癌细胞救了上亿条命,却很少有人知道她