Read depth?Read深度：一個樣本測序得到的reads數；容易和基因組測序的覆蓋度 (多少基因組區域被測到了)和測序深度混淆 (單個核苷酸被測到的次數或所有核苷酸被測到的平均深度)。

Short-read?短讀長：測序得到的長度最大是500 bp的reads，常見的測序片段長度為100-300 bp；本文中的短讀長測序片段代表測到的mRNA片段和降解了的mRNA。

Long-read?長讀長：測序得到的超過1000 bp的reads，本文中代表全長或近乎全長的mRNA。

Direct RNA sequencing?(dRNA-seq): 直接測序RNA而非cDNA的測序技術，通常用于測序全長或近全長的mRNA 。

Multi-mapped reads?多重比對的reads：從轉錄組同源區域測序得到的reads，不能精確確認其轉錄本或基因組的來源。

Synthetic long reads?合成long reads：通過組裝多個短讀長得到長讀長的方法。

唯一分子標識符（UMIs）：在擴增前，構建RNA-seq文庫的時候加入的短序列或barcodes，理想情況下每條轉錄本結合一個唯一的標識符，含有此標識符的reads都來源于此轉錄本，定量時只計算一次。可以用來降低RNA-seq的定量偏好性，在RNA起始量低的單細胞實驗中尤為適用。

Read length?讀長：單個測序reads的長度，short-read RNA測序得到的長度通常是50-150 bp。

Sensitivity?敏感性：樣本中多大比例的轉錄本會被測到，敏感性越高，這一比例越高。它受樣本處理、文庫制備、測序和計算偏好性的影響。

Specificity?特異性：度量差異表達轉錄本被正確鑒定出的比例的方法，它受樣本處理，文庫制備，測序和計算偏好性的影響。

Duplication rates?重復Reads比率：比對到轉錄組相同位置的的測序reads的比例。在RNA-seq文庫中，一些轉錄本可能有高的重復率，因為它們在樣本中表達水平高。高表達的基因的重復率很高，而低表達基因的或許有著最小的重復率。由此RNA-seq面臨著一個挑戰，該技術中大部分重復可能是高表達轉錄本帶來的真實信號，而另一些則是由于擴增和測序偏好性造成的。

Single-end sequencing?單端測序 (SE)：只測序cDNA片段的一端，因其費用低，常用于只關注差異基因表達的項目中。（NGS基礎 - 高通量測序原理）

Paired-end sequencing?雙端測序 (PE)：cDNA片段兩端分別測序，可以測序到cDNA的更多堿基，更好的識別剪接位點，常于差異基因表達分析項目。

生物學重復：對生物來源不同的樣本的多次檢測，比如來自三個個體的組織，用于捕獲生物個體自身的變化；這個變化要么是待研究的對象，要么是噪音。相較之下，技術重復是對同樣的樣本做重復的操作—比如，對一個組織做三次處理。

Expression matrix?表達矩陣：差異表達RNA-seq項目的核心數據文件。每一行代表一個RNA，比如基因或者轉錄本。每一列是一個測序的樣本。矩陣中的數值是每個RNA的reads數。這些可能是對轉錄異構體的計數估計，并通常在后續的分析前先進行標準化轉化。

Spike-in control?內參：按特定濃度添加到樣品中的外源核酸庫。它們通常是預先合成的不同濃度的RNA，用于監測反應效率和技術方法的偏差和假陰性結果。

Spatialomics?空間轉錄組學：能保留給定樣本（通常是組織切片）中每個轉錄本的空間信息的轉錄組分析方法。

Nascent RNA?新生RNA：剛剛轉錄出來的RNA，與已經加工并運輸到細胞質的RNA相對應。

Translatome?翻譯組：細胞、組織或生物體中正在翻譯成蛋白質的mRNA集合。

Structurome?結構組：細胞、組織或生物體中RNA的二級和三級結構集合。

Interactome?互作組：細胞、組織和生物體中分子相互作用的集合，包括有RNA-RNA或者RNA-蛋白質的相互作用。

Differential gene expression (DGE)?差異基因：兩個實驗組中表達顯著變化的基因。