數據資源是未來重要的戰略資源。生物數據積累越來越多，高效規范地將其呈現出來有利于數據的進一步挖掘和利用，之前分享了我們承建的三篇NAR的數據庫，包括中藥數據、海洋天然產物數據和噬菌體預測工具等。這次介紹的是微生物根系細菌分離和培養在線工具，發表于`Nature protocols`，影響因子15。

原文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41596-020-00444-7

Nature Protocols：中科院遺傳發育所白洋組發表文章詳細介紹高通量分離培養和鑒定植物根系細菌的實驗流程與分析方法

植物根系微生物組的研究主要依賴于高通量擴增子和宏基因組測序技術，對微生物組的物種分類和基因組成進行描述。原位分離培養微生物對于揭示微生物在植物生長和健康中的功能非常重要。分離培養的微生物和無菌體系相結合，將揭示根系微生物與植物生長表型之間的因果關系和互作機制，是推動根系微生物組從描述向功能研究發展的重要技術。

白洋組在Nature Protocols?雜志撰寫文章詳細介紹高通量分離培養和鑒定植物根系細菌的實驗流程與分析方法。該方法從新鮮植物根系中高通量分離培養細菌，使用梯度稀釋的方法增加獲得單一細菌的比例，采用雙側標簽PCR擴增法高通量鑒定分離培養細菌的16S rRNA基因(圖1)。為便于數據處理，開發了一個簡單易用的生物信息分析流程Culturome (https://github.com/YongxinLiu/Culturome)和一個圖形用戶界面網絡服務器(http://bailab.genetics.ac.cn/culturome/)。該方法允許任何研究組(2-3個實驗室成員，無需生物信息學專業知識)在8-9周內系統地培養植物根系相關細菌。利用該方法，白洋組系統地建立了植物根系細菌資源庫(Nature, 2015)，揭示擬南芥三萜類化合物選擇性調控根系微生物組的功能和機制(Science, 2019)，以及水稻協同根系微生物組利用土壤氮元素(Nature Biotechnology, 2019)。

圖1. 高通量細菌分離培養和鑒定方法概述

數據平臺界面簡潔大方

此項成果于2021年1月13日在線發表于Nature Protocols?雜志(doi: 10.1038/s41596-020-00444-7)。白洋組張婧贏助理研究員、劉永鑫工程師為共同第一作者，中科院遺傳發育所的白洋研究員、德國馬普植物育種研究所的Paul Schulze-Lefert和Ruben Garrido-Oter研究員為共同通訊作者。白洋研究組的郭曉璇和秦媛參與了本項目。該研究得到了中國科學院戰略性先導科技專項、中國科學院前沿科學重點研究項目、國家自然科學基金面上項目和青年項目、以及中國科學院青年創新促進會的支持。

Jingying Zhang, Yong-Xin Liu, Xiaoxuan Guo, Yuan Qin, Ruben Garrido-Oter, Paul Schulze-Lefert & Yang Bai. (2021). High-throughput cultivation and identification of bacteria from the plant root microbiota. Nature Protocols, doi: https://doi.org/10.1038/s41596-020-00444-7

總結

以上是生活随笔為你收集整理的易汉博承建的数据库再发Nature子刊的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。